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- PDB-7nwr: Structure of BT1526, a myo-inositol-1-phosphate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nwr
タイトルStructure of BT1526, a myo-inositol-1-phosphate synthase
要素Inositol-3-phosphate synthase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / inositol-1-phosphate / NAD / inositol lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-3-phosphate synthase activity / inositol biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase, GAPDH-like / Myo-inositol-1-phosphate synthase / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Inositol-3-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Basle, A. / Tang, G. / Marles-Wright, J. / Campopiano, D.
資金援助2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V001620/1
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V00168X/1
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Characterization of inositol lipid metabolism in gut-associated Bacteroidetes.
著者: Heaver, S.L. / Le, H.H. / Tang, P. / Basle, A. / Mirretta Barone, C. / Vu, D.L. / Waters, J.L. / Marles-Wright, J. / Johnson, E.L. / Campopiano, D.J. / Ley, R.E.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Inositol-3-phosphate synthase
A: Inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6005
ポリマ－101,2502
非ポリマー1,3503
水5,963331
1
B: Inositol-3-phosphate synthase
A: Inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子

B: Inositol-3-phosphate synthase
A: Inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,20010
ポリマ－202,5004
非ポリマー2,7006
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area21900 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area54960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.805, 104.563, 124.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-502-

NA

21A-739-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 4 - 429 / Label seq-ID: 24 - 449

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11BA
22AB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Inositol-3-phosphate synthase / / Myo-inositol-1-phosphate synthase


分子量: 50625.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BatF92_28780, DW011_10900, DWY18_07415, DXA83_12175, GAG59_16320, GAN91_05515, GAN99_14790, GAO00_21425, HMPREF2534_03028, SAMN02910322_01983
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A139K9L9
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM Sodium Formate 100 mM Bis Tris propane pH 6.5 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→58.85 Å / Num. obs: 59644 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 13.6 % / Num. unique obs: 4334 / CC1/2: 0.541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
xia2データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QVT

3qvt


解像度: 2→58.847 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.022 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 2989 5.018 %
Rwork0.183 56578 -
all0.185 --
obs-59567 99.963 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.185 Å2-0 Å20 Å2
2--0.145 Å2-0 Å2
3---0.041 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→58.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6738 0 89 331 7158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0127000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.6379502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.395851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.99423.353340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.903151219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.071533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.23306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.24764
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2360.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2160.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5413.2423407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3944.854254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6673.5063592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0785.1285247
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.16744.43410723
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0560.0514246
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.055650.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.055650.05009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0520.3082110.28641150.28743270.7850.78599.97690.277
2.052-2.1080.3122140.27940370.2842540.8120.82999.92950.268
2.108-2.1690.2752130.24639220.24841370.8660.87199.95170.228
2.169-2.2360.32030.2337690.23439730.860.88699.97480.209
2.236-2.3090.3261980.2437020.24439010.8520.89199.97440.215
2.309-2.390.2291730.21336170.21437920.9190.91599.94730.184
2.39-2.480.2761960.21234210.21536190.8930.91299.94470.182
2.48-2.5810.2671630.19233290.19534940.910.93599.94280.163
2.581-2.6960.2291670.18632030.18833710.9380.94299.97030.159
2.696-2.8270.2331630.18330670.18532300.9360.9481000.156
2.827-2.9790.2611530.20128970.20330500.9090.9371000.174
2.979-3.160.2461330.20627890.20829220.9130.931000.183
3.16-3.3770.2731410.19726210.20127630.920.93999.96380.176
3.377-3.6470.2081350.16724200.16925550.950.9661000.154
3.647-3.9930.1821110.15622640.15723750.9650.9721000.144
3.993-4.4620.1741170.13720490.13921660.9720.9771000.129
4.462-5.1470.16990.1218240.12219230.9760.9821000.114
5.147-6.2920.202880.16215510.16516390.9670.9681000.152
6.292-8.8480.14680.14812380.14813060.9770.9811000.142
8.848-58.8470.203430.1657430.1677890.9620.97599.61980.158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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