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- PDB-7nux: Crystal structure of the TIR domain of human TLR1 (crystallised w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nux
タイトルCrystal structure of the TIR domain of human TLR1 (crystallised without ZN2+ ions)
要素Toll-like receptor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / TOLL-LIKE RECEPTOR (Toll様受容体) / TIR DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Beta defensins / Toll-like receptor 2 binding / マクロファージ / Regulation of TLR by endogenous ligand / lipopeptide binding ...Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Beta defensins / Toll-like receptor 2 binding / マクロファージ / Regulation of TLR by endogenous ligand / lipopeptide binding / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / Toll様受容体 / positive regulation of interleukin-8 production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of interleukin-6 production / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / signaling receptor activity / ER-Phagosome pathway / receptor complex / 炎症 / 免疫応答 / 脂質ラフト / 自然免疫系 / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ゴルジ体 / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll様受容体 / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily ...Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll様受容体 / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Vakhrameev, D.D. / Luginina, A.P. / Shevtsov, M.B. / Lushpa, V.A. / Mineev, K.S. / Borshchevskiy, V.I.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federationagreement #075-00337-20-03, project FSMG-2020-0003 ロシア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Modulation of Toll-like receptor 1 intracellular domain structure and activity by Zn 2+ ions.
著者: Lushpa, V.A. / Goncharuk, M.V. / Lin, C. / Zalevsky, A.O. / Talyzina, I.A. / Luginina, A.P. / Vakhrameev, D.D. / Shevtsov, M.B. / Goncharuk, S.A. / Arseniev, A.S. / Borshchevskiy, V.I. / Wang, X. / Mineev, K.S.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0751
ポリマ－19,0751
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.260, 101.260, 68.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 1 / / Toll/interleukin-1 receptor-like protein / TIL


分子量: 19074.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR1, KIAA0012 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q15399, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 170 mM Ammonium acetate, 85 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v glycerol (#9 from HR2-122 Hampton) Growth at +4 for 3-4 months.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→50.63 Å / Num. obs: 7879 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 37.5 % / Biso Wilson estimate: 53.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.02972 / Net I/σ(I): 21.19
反射 シェル解像度: 2.47→2.558 Å / Num. unique obs: 752 / CC1/2: 0.836 / CC star: 0.954 / Rpim(I) all: 0.2996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FYV

1fyv


解像度: 2.47→50.63 Å / SU ML: 0.4535 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 32.3443
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 398 5.05 %
Rwork0.2292 7478 -
obs0.2317 7876 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→50.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1296 0 0 11 1307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00131342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.39071825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0396198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7587482
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.558 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3795 46 -
Rwork0.3164 753 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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