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- PDB-7nup: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 complexed with a mixed hyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nup
タイトルEndoplasmic reticulum aminopeptidase 2 complexed with a mixed hydroxamic and sulfonyl ligand
要素Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
キーワードHYDROLASE / Hydroxamic inhibitor / complex / aminopeptidase / Zinc containing enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / peptide catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptide binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / peptide catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptide binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity / endopeptidase activity / adaptive immune response / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy ...Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-USK / Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Mpakali, A. / Giastas, P. / Stratikos, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 complexed with a mixed hydroxamic and sulfonyl ligand
著者: Mpakali, A. / Giastas, P. / Stratikos, E.
履歴
登録2021年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
C: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
D: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,30261
ポリマ－445,7014
非ポリマー15,60157
水1,928107
1
A: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,78022
ポリマ－111,4251
非ポリマー4,35521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,76015
ポリマ－111,4251
非ポリマー4,33514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,97112
ポリマ－111,4251
非ポリマー3,54511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,79112
ポリマ－111,4251
非ポリマー3,36511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.273, 127.186, 133.412
Angle α, β, γ (deg.)90.920, 90.080, 90.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 / Leukocyte-derived arginine aminopeptidase / L-RAP


分子量: 111425.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERAP2, LRAP / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q6P179, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ

-
糖 , 5種, 32分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 132分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物
ChemComp-USK / (3~{S})-4-(4-hydroxyphenyl)-~{N}-oxidanyl-3-[5-[[(5-phenylthiophen-2-yl)sulfonylamino]methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]butanamide


分子量: 513.589 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N5O5S2
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M of each halide (sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide), 0.1M MES/imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.664 Å / Num. obs: 73659 / % possible obs: 83.24 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.921 / Net I/σ(I): 1.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.142 Å / Num. unique obs: 1151 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 35

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AB0

5ab0


解像度: 3.1→48.664 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 3482 4.73 %
Rwork0.1818 70177 -
obs0.1858 73659 83.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 354.84 Å2 / Biso mean: 56.5113 Å2 / Biso min: 1.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→48.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28861 0 958 107 29926
Biso mean--82.2 35.75 -
残基数----3589
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1-3.14250.3619690.2623115135
3.1425-3.18740.4223740.2749153845
3.1874-3.23490.47221080.31174052
3.2349-3.28550.41531250.2892227869
3.2855-3.33930.34531760.2468279082
3.3393-3.39690.3321770.2528300290
3.3969-3.45860.418590.275633857
3.4586-3.52520.33381350.2363290190
3.5252-3.59710.32161340.2155328098
3.5971-3.67530.30151040.2179264678
3.6753-3.76070.27041510.197336198
3.7607-3.85470.30321280.1997333097
3.8547-3.95890.31761170.1877205361
3.9589-4.07540.2951800.1729330399
4.0754-4.20680.251440.1581330598
4.2068-4.35710.24871920.148333399
4.3571-4.53140.21382260.1383326198
4.5314-4.73750.20311390.1385335199
4.7375-4.9870.20871240.1362338299
4.987-5.29910.21731230.1505341099
5.2991-5.70770.30092000.1761329099
5.7077-6.2810.28391570.1942331499
6.281-7.18740.26331410.1933332598
7.1874-9.04590.21581770.1596331798
9.0459-48.6640.20891720.1737317895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2006-0.0239-0.01850.5855-0.25821.07840.0594-0.0102-0.102-0.1034-0.03470.09040.0715-0.155-0.02720.2212-0.0393-0.03730.1745-0.05810.212712.86080.5797-11.7232
21.75550.78180.49842.20580.4591.413-0.0491-0.273-0.58260.14290.0057-0.15870.42580.11510.01840.34530.0605-0.02230.31460.11250.410734.7978-19.460111.8379
31.38370.46040.13131.2197-0.50151.6109-0.0063-0.27920.21790.06860.04540.0285-0.04480.0591-0.03140.2464-0.0425-0.02620.3005-0.05630.211730.842112.750414.6021
41.7717-0.1002-0.82480.8065-0.15621.75930.1063-0.11810.1177-0.1051-0.0514-0.0833-0.09830.4345-0.05030.2138-0.052-0.01260.37230.00490.200461.9171-3.940654.8819
52.20510.942-0.88051.9256-0.43211.54420.2108-0.20790.59530.1282-0.03090.167-0.9758-0.2073-0.13020.670.04690.07730.3979-0.17980.513541.390818.727978.484
61.16130.3119-0.26581.45490.4371.91660.0769-0.1299-0.11640.1314-0.02810.0510.2063-0.0719-0.03120.2873-0.0565-0.01850.319-0.01240.196442.7569-14.867381.6918
71.8629-0.68-0.09782.54540.14720.8190.15690.33440.2249-0.4158-0.1525-0.389-0.14780.12950.01810.38620.0570.06830.27760.05790.297628.2481-75.1275-22.3295
81.3795-0.2577-0.10711.70780.15650.87380.3096-0.01390.64170.2711-0.01410.0338-0.2351-0.1607-0.20080.64220.04440.11130.25470.00250.694813.9836-49.5147-8.8997
90.91240.2275-0.27592.4296-0.48411.04250.0721-0.23640.24740.8630.10860.7037-0.4637-0.1208-0.08370.78370.02640.22590.4288-0.04640.56835.7473-66.69477.8264
102.5738-0.4896-0.29952.2226-0.98321.9472-0.00150.3197-0.2615-0.3261-0.00150.30390.1645-0.47720.02130.37340.0423-0.03350.4228-0.08050.270239.2933-54.948444.3093
112.0653-0.00790.81641.5094-0.20221.34580.1974-0.1757-1.0004-0.0539-0.0367-0.12230.49780.298-0.04560.54920.16930.0410.40150.12810.81865.1664-74.150855.4193
121.8211-0.29840.91311.3808-0.3271.4743-0.2453-0.5375-0.23290.33760.1373-0.2189-0.0033-0.02070.10950.50130.1004-0.02370.68610.16390.474171.9804-60.051675.3008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 49 through 500 )A49 - 500
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 501 through 712 )A501 - 712
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 713 through 963 )A713 - 963
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 51 through 500 )B51 - 500
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 501 through 672 )B501 - 672
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 673 through 962 )B673 - 962
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 52 through 385 )C52 - 385
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 386 through 605 )C386 - 605
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 606 through 960 )C606 - 960
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 51 through 271 )D51 - 271
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 272 through 638 )D272 - 638
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 639 through 962 )D639 - 962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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