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- PDB-7ntn: The structure of RRM domain of human TRMT2A at 2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ntn
タイトルThe structure of RRM domain of human TRMT2A at 2 A resolution
要素tRNA (uracil-5-)-methyltransferase homolog A
キーワードTRANSFERASE / tRNA binding / methyltransferase / TRMT2a / polyQ aggregation
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (uracil(54)-C5)-methyltransferase activity, S-adenosyl methionine-dependent / tRNA (uracil54-C5)-methyltransferase / C-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA processing / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
TRMT2A, RNA recognition motif / tRNA (uracil(54)-C(5))-methyltransferase, metazoa type / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (uracil-5-)-methyltransferase homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.016 Å
データ登録者Davydova, E. / Janowski, R. / Witzenberger, M. / Niessing, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research ドイツ
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Small-molecule modulators of TRMT2A decrease PolyQ aggregation and PolyQ-induced cell death.
著者: Margreiter, M.A. / Witzenberger, M. / Wasser, Y. / Davydova, E. / Janowski, R. / Metz, J. / Habib, P. / Sahnoun, S.E.M. / Sobisch, C. / Poma, B. / Palomino-Hernandez, O. / Wagner, M. / ...著者: Margreiter, M.A. / Witzenberger, M. / Wasser, Y. / Davydova, E. / Janowski, R. / Metz, J. / Habib, P. / Sahnoun, S.E.M. / Sobisch, C. / Poma, B. / Palomino-Hernandez, O. / Wagner, M. / Carell, T. / Jon Shah, N. / Schulz, J.B. / Niessing, D. / Voigt, A. / Rossetti, G.
履歴
登録2021年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (uracil-5-)-methyltransferase homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7279
ポリマ－9,2141
非ポリマー5148
水55831
1
A: tRNA (uracil-5-)-methyltransferase homolog A
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,458216
ポリマ－221,13124
非ポリマー12,326192
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation33_554y,z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation34_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation36_654-y+1,-z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation41_555x,z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation42_654-x+1,z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation43_655-x+1,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation44_554x,-z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation53_554z+1/2,x,y-1/21
crystal symmetry operation54_565z+1/2,-x+1,-y+1/21
crystal symmetry operation55_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation69_555z+1/2,y,-x+1/21
crystal symmetry operation70_564z+1/2,-y+1,x-1/21
crystal symmetry operation71_554-z+1/2,y,x-1/21
crystal symmetry operation72_565-z+1/2,-y+1,-x+1/21
Buried area44210 Å2
ΔGint-1069 kcal/mol
Surface area82210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.450, 131.450, 131.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

21A-205-

CL

31A-322-

HOH

41A-329-

HOH

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要素

#1: タンパク質 tRNA (uracil-5-)-methyltransferase homolog A / HpaII tiny fragments locus 9c protein


分子量: 9213.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT2A, HTF9C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IZ69, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.22M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate (pH 4.5) and 26 % PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0093 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.016→50 Å / Num. obs: 6872 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.45 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 36.42
反射 シェル解像度: 2.016→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Num. unique obs: 1079 / CC1/2: 0.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: sequence

解像度: 2.016→46.475 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 360 5.24 %
Rwork0.2051 6512 -
obs0.2072 6872 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.09 Å2 / Biso mean: 52.1131 Å2 / Biso min: 24.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.016→46.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数624 0 29 31 684
Biso mean--84.23 53.2 -
残基数----77
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.975938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.363564
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.0161-2.30780.30221320.22292072
2.3078-2.90760.27891190.26052128
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 55.576 Å / Origin y: 34.0871 Å / Origin z: 15.2121 Å
111213212223313233
T0.3167 Å20.0548 Å2-0.0767 Å2-0.3005 Å2-0.0165 Å2--0.2542 Å2
L2.2568 °2-0.184 °2-1.638 °2-1.2317 °20.8929 °2--1.6543 °2
S0.0467 Å °-0.1747 Å °-0.0441 Å °-0.007 Å °0.0877 Å °-0.0661 Å °0.0527 Å °0.2028 Å °0.0005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA70 - 146
2X-RAY DIFFRACTION1allZ4 - 107
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 4
4X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 11
5X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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