PDB-7nsn: Multi-domain GH92 alpha-1,2-mannosidase from Neobacillus novalis:...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nsn

タイトル

Multi-domain GH92 alpha-1,2-mannosidase from Neobacillus novalis: mannoimidazole complex

要素

GH92 alpha-1,2-mannosidase

キーワード

HYDROLASE / glycans / alpha-mannosidase / glycoside hydrolase family 92 / carbohydrate-binding module family 32

機能・相同性

Chem-MVL

機能・相同性情報

生物種

Neobacillus novalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Kolaczkowski, B.M. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Davies, G.J. / Wilson, K.S. / Moeler, M.S. / Meyer, A.S. / Westh, P. / Jensen, K. / Krogh, K.B.R.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and functional characterization of a multi-domain GH92 alpha-1,2-mannosidase from Neobacillus novalis.
著者: Kolaczkowski, B.M. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Davies, G.J. / Moller, M.S. / Meyer, A.S. / Westh, P. / Jensen, K. / Wilson, K.S. / Krogh, K.B.R.M.

履歴

登録	2021年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年4月10日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nsn.cif.gz	538.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nsn.ent.gz	416.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nsn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nsn_validation.pdf.gz	998.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nsn_full_validation.pdf.gz	1018.7 KB	表示
XML形式データ	7nsn_validation.xml.gz	89.2 KB	表示
CIF形式データ	7nsn_validation.cif.gz	127.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wzsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH92 alpha-1,2-mannosidase

B: GH92 alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

312 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GH92 alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
156 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GH92 alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
156 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.605, 151.937, 114.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	190 - 1410	190 - 1410
2	2	SER	SER	B	B	41 - 1410	41 - 1410

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	GH92 alpha-1,2-mannosidase 分子量: 155300.016 Da / 分子数: 2 断片: The first CBM32 domain in subunit B is disordered and therefore residues B79 to B227 are missing from the model. 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neobacillus novalis (バクテリア) 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MVL / (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL / Mannoimidazole / 5,6,7,8-テトラヒドロ-5α-(ヒドロキシメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-6β,7α,8α-トリオ-ル分子量: 200.192 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	The first CBM32 domain in subunit B is disordered and therefore residues B79 to B227 are missing ...The first CBM32 domain in subunit B is disordered and therefore residues B79 to B227 are missing from the model.
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 21% PEG 3350, 0.1 M bis-Tris-propane pH 6.6, 0.2M sodium citrate, MMS

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.29→47.923 Å / Num. obs: 141182 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.131 / R_rim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
12.54-47.92	3.2	0.046	15.5	865	0.993	0.046	0.064	93.9
2.29-2.33	3	0.777	1.1	7109	0.505	0.763	1.09	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wzs

2wzs

解像度: 2.29→47.923 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 10.034 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2458	6947	4.922 %
R_work	0.2053	134197	-
all	0.207	-	-
obs	-	141144	97.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.923 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.719 Å²	0 Å²	-4.093 Å²
2-	-	-0.854 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.199 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.923 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20140	0	89	561	20790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	20765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.533	1.639	28114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.254	5	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.222	24.06	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.452	15	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.692	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	9007
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	13994
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.927	3.243	10407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.344	4.853	12966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.548	3.345	10358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.139	4.921	15148
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.701	42.296	30873
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.069	0.05	40258

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06899	0.05012
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06899	0.05012

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.29-2.349	0.353	506	0.332	10020	0.333	10597	0.536	0.562	99.33	0.328
2.349-2.414	0.335	479	0.315	9748	0.316	10317	0.662	0.68	99.1277	0.308
2.414-2.483	0.331	494	0.304	9492	0.305	10081	0.712	0.728	99.0576	0.296
2.483-2.56	0.351	457	0.282	9191	0.285	9757	0.746	0.775	98.8829	0.271
2.56-2.643	0.327	502	0.286	8775	0.288	9473	0.765	0.781	97.931	0.272
2.643-2.736	0.296	418	0.261	8477	0.263	9132	0.818	0.834	97.4047	0.247
2.736-2.839	0.287	425	0.256	8278	0.258	8853	0.844	0.848	98.3057	0.24
2.839-2.954	0.313	376	0.247	8071	0.25	8551	0.836	0.861	98.7838	0.233
2.954-3.085	0.278	408	0.229	7636	0.232	8153	0.871	0.889	98.6631	0.216
3.085-3.235	0.246	362	0.211	7314	0.212	7800	0.908	0.92	98.4103	0.2
3.235-3.409	0.273	305	0.209	6906	0.212	7399	0.895	0.927	97.4591	0.201
3.409-3.615	0.238	304	0.198	6495	0.199	7064	0.928	0.941	96.2486	0.193
3.615-3.863	0.238	344	0.179	6119	0.183	6607	0.935	0.951	97.8205	0.176
3.863-4.17	0.185	320	0.143	5735	0.145	6185	0.959	0.969	97.8981	0.142
4.17-4.564	0.163	296	0.125	5241	0.127	5686	0.967	0.974	97.3795	0.127
4.564-5.097	0.162	256	0.115	4683	0.118	5140	0.97	0.978	96.0895	0.117
5.097-5.875	0.195	248	0.142	4139	0.145	4566	0.958	0.969	96.0797	0.142
5.875-7.168	0.203	197	0.168	3563	0.17	3882	0.958	0.967	96.8573	0.168
7.168-10.026	0.185	157	0.142	2734	0.145	3018	0.967	0.976	95.7919	0.15
10.026-47.923	0.164	93	0.162	1581	0.162	1768	0.972	0.97	94.6833	0.174

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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