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Yorodumi- PDB-7nsn: Multi-domain GH92 alpha-1,2-mannosidase from Neobacillus novalis:... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nsn | ||||||
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Title | Multi-domain GH92 alpha-1,2-mannosidase from Neobacillus novalis: mannoimidazole complex | ||||||
Components | GH92 alpha-1,2-mannosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / glycans / alpha-mannosidase / glycoside hydrolase family 92 / carbohydrate-binding module family 32 | ||||||
Function / homology | Chem-MVL Function and homology information | ||||||
Biological species | Neobacillus novalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | ||||||
Authors | Kolaczkowski, B.M. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Davies, G.J. / Wilson, K.S. / Moeler, M.S. / Meyer, A.S. / Westh, P. / Jensen, K. / Krogh, K.B.R.M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023 Title: Structural and functional characterization of a multi-domain GH92 alpha-1,2-mannosidase from Neobacillus novalis. Authors: Kolaczkowski, B.M. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Davies, G.J. / Moller, M.S. / Meyer, A.S. / Westh, P. / Jensen, K. / Wilson, K.S. / Krogh, K.B.R.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nsn.cif.gz | 538.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nsn.ent.gz | 416.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nsn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7nsn_validation.pdf.gz | 998.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7nsn_full_validation.pdf.gz | 1018.7 KB | Display | |
Data in XML | 7nsn_validation.xml.gz | 89.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7nsn_validation.cif.gz | 127.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2wzsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 155300.016 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: The first CBM32 domain in subunit B is disordered and therefore residues B79 to B227 are missing from the model. Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neobacillus novalis (bacteria) / Production host: Bacillus subtilis (bacteria) #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | The first CBM32 domain in subunit B is disordered and therefore residues B79 to B227 are missing ...The first CBM32 domain in subunit B is disordered and therefore residues B79 to B227 are missing from the model. | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 21% PEG 3350, 0.1 M bis-Tris-propane pH 6.6, 0.2M sodium citrate, MMS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91587 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91587 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→47.923 Å / Num. obs: 141182 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 5.1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2wzs Resolution: 2.29→47.923 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 10.034 / SU ML: 0.216 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.227 / Details: Hydrogens have not been used
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.923 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→47.923 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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