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- PDB-7nsa: Triphosphate tunnel metalloenzyme from Sulfolobus acidocaldarius ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nsa
タイトルTriphosphate tunnel metalloenzyme from Sulfolobus acidocaldarius in complex with pyrophosphate and calcium
要素Triphosphate tunnel metalloenzyme Saci_0718
キーワードHYDROLASE / TTM / CYTH / pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenylyl cyclase CyaB / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYROPHOSPHATE 2- / Conserved Archaeal protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Vogt, M.S. / Essen, L.-O. / Banerjee, A.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB987 ドイツ
Volkswagen FoundationAz96727 ドイツ
German Research Foundation (DFG)707228-809188 ドイツ
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The archaeal triphosphate tunnel metalloenzyme SaTTM defines structural determinants for the diverse activities in the CYTH protein family.
著者: Vogt, M.S. / Ngouoko Nguepbeu, R.R. / Mohr, M.K.F. / Albers, S.V. / Essen, L.O. / Banerjee, A.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The archaeal triphosphate tunnel metalloenzyme Sa TTM defines structural determinants for the diverse activities in the CYTH protein family
著者: Vogt, M.S. / Nguepbeu, R.R.N. / Mohr, M.K.F. / Albers, S.V. / Essen, L.O. / Banerjee, A.
履歴
登録2021年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triphosphate tunnel metalloenzyme Saci_0718
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1726
ポリマ－23,6991
非ポリマー4735
水2,252125
1
A: Triphosphate tunnel metalloenzyme Saci_0718
ヘテロ分子

A: Triphosphate tunnel metalloenzyme Saci_0718
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,34512
ポリマ－47,3982
非ポリマー94710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3940 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.545, 60.545, 141.627
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

ACT

21A-201-

ACT

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Triphosphate tunnel metalloenzyme Saci_0718 / Conserved Archaeal protein / Adenylate cyclase


分子量: 23698.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: Saci_0718
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q4JAT2

-
非ポリマー , 6種, 130分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir: 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium acetate pH 4.6, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol Protein buffer: 200 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.02 Å / Num. obs: 19769 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 37.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 1955 / CC1/2: 0.729

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimlessデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NS9

7ns9


解像度: 1.95→46.02 Å / SU ML: 0.2067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.1382
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 1017 5.14 %
Rwork0.225 18751 -
obs0.226 19768 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1462 0 27 125 1614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01771510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.92232024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1127223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1094589
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.050.28941300.30322633X-RAY DIFFRACTION99.25
2.05-2.180.2661490.27172617X-RAY DIFFRACTION99.18
2.18-2.350.29081570.25142608X-RAY DIFFRACTION99.18
2.35-2.590.25171560.23852648X-RAY DIFFRACTION99.05
2.59-2.960.26371430.24362673X-RAY DIFFRACTION98.67
2.96-3.730.22351440.2152699X-RAY DIFFRACTION98.78
3.73-46.020.23591380.2052873X-RAY DIFFRACTION98.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.61654845071.975701648340.9878253647343.366007603732.269873928393.31099128977-0.04234789687770.358098081006-0.0268010776634-0.2153059766320.0669177646809-0.206378973739-0.1719537791390.20136447868-7.08380944793E-50.2087495591310.0246401233695-0.002565459340310.447688606994-0.1281895861220.30168930341849.876628118646.12441966950.711551666
22.967391277191.433053263630.3485212180732.09362511337-0.7551892387851.62463887266-0.117894214161-0.0215766592940.433651136401-0.1633956864580.08828642406670.247438838615-0.25327440605-0.173521708901-0.001144575475690.326301736643-0.00419746546660.01129114448640.511575789802-0.1250805757930.43980284778744.564114656850.639057410152.5007237865
32.496757263551.715662197211.058203254181.35965906240.1439226859742.29646620590.09371492223160.00609992590221-0.123049432781-0.06014992475630.137506273199-0.2321748440950.1571729166010.3032038803320.1066287118360.2292385222920.0639425969326-0.06265009956130.377171814895-0.1317377982170.30569363529339.051342901933.319755918844.5644189806
40.6728202247420.2217619673660.6774993999180.8724181323690.6406964673380.9614987679840.2541970099720.1054598823690.0324933525875-0.2679381348750.048102473855-0.221427038577-0.1649459851620.7192990435150.002006788942880.4265380525330.0323678250199-0.02517578043420.597320863364-0.1597525215520.40674468880245.389930380836.876013567938.9981684154
52.843365833011.495972451291.658524708361.723376305732.058571487873.190190661790.209464896583-0.2137512640890.08958588523880.325209991065-0.1062610524970.2251231829110.4833013420760.08940329360360.02357082637630.2129215823130.0579093853741-0.04915154190760.336054311319-0.05163448981550.25407272711137.295717844635.567514663447.0604291552
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 128 through 176 )128 - 176127 - 175
22chain 'A' and (resid 2 through 28 )2 - 281 - 27
33chain 'A' and (resid 29 through 69 )29 - 6928 - 68
44chain 'A' and (resid 70 through 89 )70 - 8969 - 88
55chain 'A' and (resid 90 through 127 )90 - 12789 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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