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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nru | ||||||
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タイトル | Structure of a natural chimera of meningococcal factor H binding protein belonging to NL096 strain | ||||||
要素 | Factor H binding protein variant 1-2,3.x | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / meningococcal antigen / natural chimera | ||||||
機能・相同性 | Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, C-terminal / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Factor H binding protein variant A62_001 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21998357323 Å | ||||||
データ登録者 | Veggi, D. / Malito, E. / Bottomley, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022 タイトル: Structural characterization of a cross-protective natural chimera of factor H binding protein from meningococcal serogroup B strain NL096. 著者: Veggi, D. / Malito, E. / Lo Surdo, P. / Pansegrau, W. / Rippa, V. / Wahome, N. / Savino, S. / Masignani, V. / Pizza, M. / Bottomley, M.J. #1: ジャーナル: Patent / 年: 2020 タイトル: Neisseria meningitidis compositions and methods thereof 著者: Jansen, K.U. / Anderson, A.S. / Absalon, J. / Aste-Amezaga, J.M. / Beeslaar, J.F. / Cooper, D. / Farley, J.E. / Fletcher, L.D. / Harris, S.L. / Jones, T.R. / Kanevsky, I. / Khandke, L. / ...著者: Jansen, K.U. / Anderson, A.S. / Absalon, J. / Aste-Amezaga, J.M. / Beeslaar, J.F. / Cooper, D. / Farley, J.E. / Fletcher, L.D. / Harris, S.L. / Jones, T.R. / Kanevsky, I. / Khandke, L. / Liberator, P. / Perez, J.L. / Phelan, L.M. / Zlotnick, G.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nru.cif.gz | 158.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nru.ent.gz | 121.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nru_validation.pdf.gz | 431.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nru_full_validation.pdf.gz | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7nru_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nru_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nru | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3kvdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27900.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: fhbp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C0JF81 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 % |
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結晶化 | 温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M tri-sodium citrate, 3.2M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.219→23.37 Å / Num. obs: 65693 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 10.1827524357 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.264 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 9280 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KVD 解像度: 1.21998357323→23.3683816098 Å / SU ML: 0.0836274587195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3571381526 / 位相誤差: 15.1064659749 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.576031317 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.21998357323→23.3683816098 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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