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- PDB-7nru: Structure of a natural chimera of meningococcal factor H binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nru
タイトルStructure of a natural chimera of meningococcal factor H binding protein belonging to NL096 strain
要素Factor H binding protein variant 1-2,3.x
キーワードPROTEIN BINDING / meningococcal antigen / natural chimera
機能・相同性Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / cell outer membrane / Factor H binding protein variant A62_001
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21998357323 Å
データ登録者Veggi, D. / Malito, E. / Bottomley, M.J.
引用
ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of a cross-protective natural chimera of factor H binding protein from meningococcal serogroup B strain NL096.
著者: Veggi, D. / Malito, E. / Lo Surdo, P. / Pansegrau, W. / Rippa, V. / Wahome, N. / Savino, S. / Masignani, V. / Pizza, M. / Bottomley, M.J.
#1: ジャーナル: Patent / 年: 2020
タイトル: Neisseria meningitidis compositions and methods thereof
著者: Jansen, K.U. / Anderson, A.S. / Absalon, J. / Aste-Amezaga, J.M. / Beeslaar, J.F. / Cooper, D. / Farley, J.E. / Fletcher, L.D. / Harris, S.L. / Jones, T.R. / Kanevsky, I. / Khandke, L. / ...著者: Jansen, K.U. / Anderson, A.S. / Absalon, J. / Aste-Amezaga, J.M. / Beeslaar, J.F. / Cooper, D. / Farley, J.E. / Fletcher, L.D. / Harris, S.L. / Jones, T.R. / Kanevsky, I. / Khandke, L. / Liberator, P. / Perez, J.L. / Phelan, L.M. / Zlotnick, G.W.
履歴
登録2021年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Factor H binding protein variant 1-2,3.x
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0923
ポリマ－27,9001
非ポリマー1922
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11900 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)125.680, 42.610, 44.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Factor H binding protein variant 1-2,3.x / Factor H binding protein variant A62_001 / Factor H binding protein variant A62_002


分子量: 27900.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: fhbp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C0JF81
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M tri-sodium citrate, 3.2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.219→23.37 Å / Num. obs: 65693 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 10.1827524357 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.22→1.264 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 9280

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KVD

3kvd


解像度: 1.21998357323→23.3683816098 Å / SU ML: 0.0836274587195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3571381526 / 位相誤差: 15.1064659749
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.165911504385 3315 5.04996648589 %
Rwork0.141822105155 62329 -
obs0.143044838589 65644 95.1983177435 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.576031317 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21998357323→23.3683816098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1817 0 10 264 2091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01120101094831939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.156915051162621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0971800465012292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00710912870033345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6975346417739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.22-1.23740.192595162611200.1640855721332495X-RAY DIFFRACTION91.9479606188
1.2374-1.25590.1621593432441460.1560242467382515X-RAY DIFFRACTION92.0124481328
1.2559-1.27550.2003210430491340.1509754653892474X-RAY DIFFRACTION92.1554770318
1.2755-1.29640.1690537204141330.1458353291872535X-RAY DIFFRACTION92.9940745904
1.2964-1.31880.210263198421450.1445053985792506X-RAY DIFFRACTION93.5426958363
1.3188-1.34270.1894748744471460.1408924539182568X-RAY DIFFRACTION94.1380506417
1.3427-1.36860.1586481316671090.1391746178452534X-RAY DIFFRACTION93.3262711864
1.3686-1.39650.1720653247361210.1346231877462508X-RAY DIFFRACTION91.475295755
1.3965-1.42690.1636547248481580.131837145012548X-RAY DIFFRACTION95.0140449438
1.4269-1.460.1733598586151450.1254866338242578X-RAY DIFFRACTION95.2764170749
1.46-1.49660.1677858357391430.1302329813122603X-RAY DIFFRACTION96.1148057403
1.4966-1.5370.1521235426191510.1221697368782613X-RAY DIFFRACTION95.7063711911
1.537-1.58220.1417058654841290.1224230089432626X-RAY DIFFRACTION96.0264900662
1.5822-1.63330.1460672484741280.1227467557122623X-RAY DIFFRACTION96.2898144907
1.6333-1.69160.1611014019391340.1290169786082562X-RAY DIFFRACTION94.7960618847
1.6916-1.75940.1708827618721720.1315075244042609X-RAY DIFFRACTION96.4285714286
1.7594-1.83940.1692732817291130.1350346987372586X-RAY DIFFRACTION94.2388268156
1.8394-1.93630.1720330636621230.1343560479192623X-RAY DIFFRACTION94.6896551724
1.9363-2.05760.1373396467511420.1236789632642660X-RAY DIFFRACTION98.4193888303
2.0576-2.21630.1551965826651630.126560305292675X-RAY DIFFRACTION98.2686980609
2.2163-2.43920.1604702658821200.1412172186152703X-RAY DIFFRACTION98.0548801667
2.4392-2.79160.1632828936451440.1530238394672685X-RAY DIFFRACTION97.2164948454
2.7916-3.51520.1728381384841580.1582185873062674X-RAY DIFFRACTION96.9863013699
3.5152-23.3680.1744252987291380.1579604363992826X-RAY DIFFRACTION99.4964753273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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