PDB-7nqd: Prim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nqd

タイトル

Prim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinitoga sp. 1137

要素

TPR_REGION domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / AEP Archaeo-Eukaryotic Primase Apo Prim-Pol Primase-Polymerase Primase Polymerase

機能・相同性

: / TOTE conflict system, Archaeo-Eukaryotic Primase domain / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / GTP binding / metal ion binding / TOTE conflict system primase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Marinitoga sp. 1137 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Li, A.W.H. / Doherty, A.J.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S008691/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M008800/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/P007031/1	英国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for the initiation of DNA primer synthesis.
著者: Li, A.W.H. / Zabrady, K. / Bainbridge, L.J. / Zabrady, M. / Naseem-Khan, S. / Berger, M.B. / Kolesar, P. / Cisneros, G.A. / Doherty, A.J.

履歴

登録	2021年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年5月25日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / struct / struct_ref_seq_dif Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2022年6月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nqd.cif.gz	214.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nqd.ent.gz	144.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nqd_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nqd_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	7nqd_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	7nqd_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nqeC 7nqfC 7p9jC 7qazC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TPR_REGION domain-containing protein

B: TPR_REGION domain-containing protein

52.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TPR_REGION domain-containing protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TPR_REGION domain-containing protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.380, 97.380, 109.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 113 through 115 or (resid 116...
d_2	ens_1	(chain "B" and ((resid 113 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLN	LYS	A	1 - 70
d_1	2	ens_1	GLU	GLU	A	73 - 207
d_2	1	ens_1	GLN	VAL	B	1 - 165
d_2	2	ens_1	LYS	GLU	B	172 - 211

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.161212573714, -0.949905996525, 0.267748209783), (-0.904488166652, -0.250749387892, -0.345001305589), (0.394856508701, -0.186556538982, -0.899602687468)ベクター: ...

#1: タンパク質	TPR_REGION domain-containing protein 分子量: 26197.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinitoga sp. 1137 (バクテリア) 株: DSM 14283 / JCM 11233 / KA3 / 遺伝子: Marpi_0402 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2J4R1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1M PCTP 25% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.97→45.79 Å / Num. obs: 12181 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.75 % / B_iso Wilson estimate: 79.5 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.219 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.237 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.97→3.02 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.752 / Num. unique obs: 605 / CC_1/2: 0.3 / R_pim(I) all: 0.717 / R_rim(I) all: 1.896 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.97→45.79 Å / SU ML: 0.4397 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.2046
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	604	4.97 %
R_work	0.216	11558	-
obs	0.2172	12162	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.97→45.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3361	0	0	0	3361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	3428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6196	4625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0472	508
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.2839	1244

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.932048685477 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.97-3.27	0.3401	159	0.3001	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.27-3.74	0.2927	162	0.2526	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.74-4.71	0.2389	158	0.2036	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-45.79	0.1857	125	0.1909	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.745287131562	0.668178021947	0.56186896356	0.716104606989	0.20165209811	1.23730638375	-0.0531599050449	-0.23682252127	0.402608624613	0.0564188554482	-0.13919783521	-0.334191906691	-0.0293463890689	-0.425879464188	-6.63422583805E-5	0.508417984227	0.00669276590373	-0.00406320472454	0.532595174676	0.0128561574215	0.567325097966	25.0114591439	26.8773166296	8.89429588392
2	0.928704432832	0.259385954589	0.660166160108	0.855979926875	-0.3100284107	0.288341981639	-0.182622473721	-0.136620366994	-0.409613915953	-0.116445134878	0.128121375099	0.0689887832895	0.0279775006075	0.097462821151	3.01834651201E-6	0.575462361835	0.00427569798705	0.00948832488345	0.564442711415	-0.0278146088688	0.534168747603	23.6711944386	5.5278269433	8.57490786259
3	0.78166776088	-0.733196530119	0.262693105071	2.25031912857	0.161799272521	0.974603289554	-0.00986077255315	0.0123972486437	0.0302511399587	-0.161066752927	0.0299863200562	-0.182731445844	0.0349735289319	0.0633933122496	2.68967551149E-5	0.609871639745	-0.0471976901487	0.0353608250013	0.550196442038	0.0167557238572	0.533851354693	27.1888011088	10.5412921538	9.89738483719
4	0.0423556020319	-0.170885318147	0.0819841165687	0.0204617480272	0.00354452969116	0.0674334756614	-0.718787672236	-0.132092319164	-1.40557290338	0.799383917058	0.125459217127	0.575181098308	0.508993928923	0.592571991949	-0.0890498172724	0.68786926669	0.115718426689	0.13165313076	0.709446141951	-0.0883945123852	0.866444336783	25.047375597	6.17487175647	-30.538691532
5	0.748712826127	0.160756526648	-0.21981692064	0.618758333729	0.389679252543	0.358317099172	0.00119438036508	0.0380931061351	-0.0566402778432	-0.184447397411	-0.00145257704355	0.374317968641	0.00900894993354	-0.286393479808	-0.00436149599923	0.565634316863	0.0369238355966	0.0462227057134	0.774879379729	-0.01867442275	0.634158468599	20.4965792583	14.6064595215	-28.3348847271
6	0.426621497134	0.0935506209583	-0.181851111154	1.03798622643	0.631404164296	0.582629070114	0.11526932745	0.141106363526	0.236163652855	-0.265340075221	-0.358403831982	-0.280276210945	0.171752711274	0.153534685673	1.88029473934E-5	0.563195092589	0.0241794751257	0.107911913768	0.582025603928	0.00211094853268	0.796226531513	41.2603208859	18.8293959141	-25.0481771387
7	-0.0148321029989	0.032059644161	-0.00232279102601	0.0138765854573	-0.0118467823037	0.164060535522	-0.162188790026	0.10486623549	0.324525988145	0.136068548511	-0.148676887211	-1.26498218472	-0.515417449608	0.0679855561648	-0.000210891030328	0.568369622066	-0.0346803565611	0.0538027400941	0.532617263905	-0.122407430518	1.30389657789	42.3196793885	26.132403058	-21.5596016734
8	0.758354982344	0.631010179111	0.532651713534	1.49367683251	0.372781712705	0.338889080026	-0.100569258643	-0.337051221046	0.43900160883	-0.092566323884	-0.154236554036	-0.239565423131	0.139109528655	0.58051321858	-0.000227220245984	0.594278379884	0.10731207172	0.126006912695	0.70783607746	0.0418812931652	0.612282451888	31.6774984427	18.5662500989	-30.3590393451
9	0.387712207182	-0.225332791388	0.145385963359	0.248881850328	0.0324007345822	0.0653463925017	0.0111791117779	0.151486079161	-0.343155221028	0.107933818102	-0.257339619246	-0.2958558959	0.388589689969	0.864012940424	0.000536045134562	0.718525726585	0.0662491665949	0.122327585072	0.716418409919	-0.0610569325066	0.692915478731	41.6424013784	5.83719808312	-22.0696189917

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 113 through 172 )	A	A	113 - 172	1 - 60
2	2	chain 'A' and (resid 173 through 250 )	A	A	173 - 250	61 - 135
3	3	chain 'A' and (resid 251 through 328 )	A	A	251 - 328	136 - 207
4	4	chain 'B' and (resid 113 through 129 )	B	B	113 - 129	1 - 17
5	5	chain 'B' and (resid 130 through 172 )	B	B	130 - 172	18 - 60
6	6	chain 'B' and (resid 173 through 250 )	B	B	173 - 250	61 - 133
7	7	chain 'B' and (resid 251 through 262 )	B	B	251 - 262	134 - 145
8	8	chain 'B' and (resid 263 through 302 )	B	B	263 - 302	146 - 185
9	9	chain 'B' and (resid 303 through 330 )	B	B	303 - 330	186 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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