PDB-7nqb: X.ray structure of the oxaliplatin/beta-lactoglobulin adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nqb

タイトル

X.ray structure of the oxaliplatin/beta-lactoglobulin adduct

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Beta-lactoglobulin / Oxaliplatin / metal-based drugs / drug delivery / protein-metalation

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Merlino, A. / Loreto, D. / Ferraro, G.

引用

ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2022
タイトル: Protein-Based Delivery Systems for Anticancer Metallodrugs: Structure and Biological Activity of the Oxaliplatin/ beta-Lactoglobulin Adduct.
著者: Monti, D.M. / Loreto, D. / Iacobucci, I. / Ferraro, G. / Pratesi, A. / D'Elia, L. / Monti, M. / Merlino, A.

履歴

登録	2021年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nqb.cif.gz	79.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nqb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nqb_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nqb_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7nqb_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	7nqb_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zsrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

BBB: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

36.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry, According to mass spectrometry the protein is monomeric
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Beta-lactoglobulin

登録者が定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.870, 112.580, 38.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.637, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18301.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M KCl, 0.04M HEPES, 35% v/v pentaerythritol propoxylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→56.3 Å / Num. obs: 17918 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.3 Å² / CC_1/2: 0.958 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.01→56.3 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2486 / CC_1/2: 0.939 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
MOSFLM		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZSR

6zsr

解像度: 2.01→56.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 6.658 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2845	772	4.442 %
R_work	0.2123	16607	-
all	0.216	-	-
obs	-	17379	97.635 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.961 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.105 Å²	-0 Å²	-0.076 Å²
2-	-	0.054 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.085 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→56.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2521	0	1	64	2586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.643	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.174	1.577	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.398	5	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.574	25.862	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.696	15	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.786	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.071	2.455	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.067	2.453	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.337	3.668	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.337	3.669	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.492	2.841	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.486	2.841	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.093	4.116	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.092	4.116	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.122	29.239	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.122	29.251	2648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.062	0.396	45	0.256	935	X-RAY DIFFRACTION	76.9835
2.062-2.119	0.293	45	0.259	1200	X-RAY DIFFRACTION	92.7029
2.119-2.18	0.257	53	0.247	1133	X-RAY DIFFRACTION	99.9158
2.18-2.247	0.347	41	0.229	1201	X-RAY DIFFRACTION	99.9195
2.247-2.32	0.331	48	0.222	1077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.402	0.361	40	0.24	1126	X-RAY DIFFRACTION	99.8288
2.402-2.492	0.278	41	0.234	1033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.492-2.594	0.317	45	0.213	1013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.594-2.709	0.279	41	0.203	972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.709-2.841	0.292	41	0.195	907	X-RAY DIFFRACTION	99.6845
2.841-2.994	0.239	38	0.208	902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.994-3.175	0.325	59	0.215	821	X-RAY DIFFRACTION	99.7732
3.175-3.393	0.282	54	0.207	748	X-RAY DIFFRACTION	99.8755
3.393-3.664	0.274	45	0.201	709	X-RAY DIFFRACTION	99.8676
3.664-4.012	0.258	32	0.19	675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.012-4.483	0.172	33	0.165	606	X-RAY DIFFRACTION	99.688
4.483-5.171	0.392	19	0.189	548	X-RAY DIFFRACTION	99.8239
6.32-8.882	0.306	19	0.217	348	X-RAY DIFFRACTION	99.458

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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