PDB-7nq7: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-N-ethyl-3-(1-methyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nq7

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-N-ethyl-3-(1-methyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)-4-(1-phenylethoxy)benzamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Template-Hopping Approach Leads to Potent, Selective, and Highly Soluble Bromo and Extraterminal Domain (BET) Second Bromodomain (BD2) Inhibitors.
著者: Aylott, H.E. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Hayhow, T.G. / Messenger, C. / Mitchell, D. / Phillipou, ...

履歴

登録	2021年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nq7.cif.gz	64.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nq7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nq7_validation.pdf.gz	737.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nq7_full_validation.pdf.gz	737.9 KB	表示
XML形式データ	7nq7_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	7nq7_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nq5C 7nq8C 7nq9C 7nqiC 7nqjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zb2-d 6ffe-d 6ffd-d 5mqe-2 6z7f-d 5ig6-d 2yz1-1 7nqi-d 6ffg-d 4j1p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.615, 52.296, 31.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-782- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-UL8 / ~{N}-ethyl-3-(1-methyl-1,2,3-triazol-4-yl)-4-[(1~{S})-1-phenylethoxy]benzamide 分子量: 350.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→28.55 Å / Num. obs: 12655 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.83 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2459 / CC_1/2: 0.587 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.7→28.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 4.797 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	633	5.05 %
R_work	0.1706	11902	-
all	0.174	-	-
obs	-	12535	90.768 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.325 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.227 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.193 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.033 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	931	0	38	218	1187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.298	1.646	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.292	1.624	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.88	5	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.643	21.186	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.438	15	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.673	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.417	2.722	476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.399	2.712	475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.352	6.102	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.355	6.117	603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.704	3.111	570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.703	3.111	570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.809	6.736	805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.808	6.735	806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.866	26.726	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.864	26.729	1303

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.742	0.25	42	0.25	818	X-RAY DIFFRACTION	84.7291
1.742-1.79	0.299	40	0.227	814	X-RAY DIFFRACTION	88.3144
1.79-1.842	0.253	51	0.206	790	X-RAY DIFFRACTION	89.6589
1.842-1.898	0.234	45	0.201	776	X-RAY DIFFRACTION	89.7268
1.898-1.961	0.233	42	0.177	766	X-RAY DIFFRACTION	89.6781
1.961-2.029	0.213	32	0.18	747	X-RAY DIFFRACTION	90.5814
2.029-2.106	0.272	40	0.173	730	X-RAY DIFFRACTION	90.6949
2.106-2.192	0.212	36	0.163	715	X-RAY DIFFRACTION	91.6972
2.192-2.289	0.15	43	0.15	662	X-RAY DIFFRACTION	91.3212
2.289-2.401	0.23	33	0.16	646	X-RAY DIFFRACTION	92.1303
2.401-2.53	0.276	29	0.163	633	X-RAY DIFFRACTION	92.7171
2.53-2.684	0.228	27	0.152	605	X-RAY DIFFRACTION	92.3977
2.684-2.869	0.209	30	0.166	562	X-RAY DIFFRACTION	93.2283
2.869-3.098	0.234	37	0.174	513	X-RAY DIFFRACTION	92.9054
3.098-3.393	0.14	25	0.14	490	X-RAY DIFFRACTION	93.1284
3.393-3.793	0.299	24	0.154	451	X-RAY DIFFRACTION	94.8104
3.793-4.377	0.242	13	0.155	414	X-RAY DIFFRACTION	92.0259
4.377-5.356	0.219	19	0.164	343	X-RAY DIFFRACTION	94.2708
5.356-7.554	0.287	18	0.207	279	X-RAY DIFFRACTION	95.1923
7.554-28.55	0.348	7	0.178	148	X-RAY DIFFRACTION	79.0816

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.5676 Å / Origin y: 9.9088 Å / Origin z: 0.4983 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0096 Å²	-0.0073 Å²	0.0079 Å²	-	0.0279 Å²	-0.0012 Å²	-	-	0.0082 Å²
L	0.8949 °²	-0.0801 °²	0.1398 °²	-	0.3196 °²	0.0914 °²	-	-	0.0569 °²
S	0.0252 Å °	0.0126 Å °	0.01 Å °	-0.0036 Å °	-0.0203 Å °	-0.0052 Å °	0.002 Å °	-0.0012 Å °	-0.0049 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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