PDB-7nq5: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3-(2-(benzyloxy)phenyl)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nq5

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 3-(2-(benzyloxy)phenyl)-5-methyl-1H-1,2,4-triazole

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Template-Hopping Approach Leads to Potent, Selective, and Highly Soluble Bromo and Extraterminal Domain (BET) Second Bromodomain (BD2) Inhibitors.
著者: Aylott, H.E. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Hayhow, T.G. / Messenger, C. / Mitchell, D. / Phillipou, ...

履歴

登録	2021年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nq5.cif.gz	65 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nq5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nq5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nq5_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nq5_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7nq5_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7nq5_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nq7C 7nq8C 7nq9C 7nqiC 7nqjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z7f-d 6zb2-d 4kv4-d 4ouf-1 6ffe-d 5eic-1 5xhk-d 3nx0-1 1bmg-d 4qew-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.311, 52.646, 31.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ULB / 3-methyl-5-(2-phenylmethoxyphenyl)-4~{H}-1,2,4-triazole 分子量: 265.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→42.35 Å / Num. obs: 15561 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.71 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2281 / CC_1/2: 0.412 / % possible all: 79.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.6→42.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.238 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1875	751	4.848 %
R_work	0.152	14739	-
all	0.154	-	-
obs	-	15490	93.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.099 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	926	0	56	219	1201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.228	1.649	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.61	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.832	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.103	21.356	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.82	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.87	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.145	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.79	1.587	468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.735	1.58	467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.308	3.552	589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.309	3.563	590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.179	1.946	574
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.178	1.948	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.983	4.142	803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.982	4.146	804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.853	17.774	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.85	17.774	1279

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.599-1.641	0.27	38	0.282	721	0.281	1162	0.624	0.737	65.3184	0.242
1.641-1.686	0.301	50	0.24	930	0.243	1180	0.789	0.851	83.0508	0.189
1.686-1.734	0.196	46	0.191	1023	0.192	1127	0.951	0.937	94.8536	0.162
1.734-1.788	0.216	62	0.178	1010	0.18	1104	0.933	0.949	97.1014	0.148
1.788-1.846	0.168	45	0.167	996	0.167	1071	0.951	0.955	97.1989	0.138
1.846-1.911	0.184	41	0.162	957	0.163	1020	0.961	0.958	97.8431	0.13
1.911-1.983	0.171	42	0.141	963	0.142	1024	0.966	0.966	98.1445	0.117
1.983-2.064	0.169	40	0.137	900	0.139	958	0.96	0.969	98.1211	0.111
2.064-2.155	0.171	36	0.129	877	0.131	928	0.967	0.974	98.3836	0.111
2.155-2.26	0.203	45	0.129	824	0.132	886	0.954	0.972	98.0813	0.111
2.26-2.382	0.159	30	0.131	808	0.132	852	0.968	0.972	98.3568	0.112
2.382-2.526	0.165	47	0.132	742	0.134	807	0.962	0.974	97.7695	0.114
2.526-2.7	0.147	41	0.135	699	0.136	767	0.975	0.973	96.4798	0.121
2.7-2.915	0.181	37	0.138	663	0.141	719	0.962	0.972	97.3574	0.123
2.915-3.192	0.202	30	0.138	614	0.141	656	0.953	0.967	98.1707	0.123
3.192-3.566	0.207	34	0.136	558	0.14	608	0.958	0.975	97.3684	0.126
3.566-4.113	0.152	32	0.138	504	0.138	540	0.977	0.977	99.2593	0.135
4.113-5.025	0.211	20	0.142	417	0.146	459	0.954	0.97	95.207	0.144
5.025-7.057	0.209	25	0.216	329	0.216	371	0.94	0.944	95.4178	0.208
7.057-42.354	0.218	10	0.196	204	0.197	240	0.963	0.965	89.1667	0.207

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.5499 Å / Origin y: 10.0623 Å / Origin z: 0.5022 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0094 Å²	0.0025 Å²	0.0091 Å²	-	0.0015 Å²	0.0013 Å²	-	-	0.0138 Å²
L	0.7989 °²	0.0687 °²	0.267 °²	-	0.3808 °²	0.0305 °²	-	-	0.1001 °²
S	0.0253 Å °	0.0008 Å °	0.0044 Å °	-0.0045 Å °	-0.0155 Å °	-0.0025 Å °	-0.001 Å °	-0.0021 Å °	-0.0098 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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