PDB-7nq3: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N4-((1R,5S,6r)-3-oxabic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nq3

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N4-((1R,5S,6r)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl)-6-((S)-methoxy(phenyl)methyl)-N2-methylpyridine-2,4-dicarboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of a Series of N -Methylpyridine-2-carboxamides as Potent and Selective Inhibitors of the Second Bromodomain (BD2) of the Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Proteins.
著者: Harrison, L.A. / Atkinson, S.J. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Levernier, E. / Lewis, A. / Lugo, D. / Messenger, C. / Michon, A.M. / Mitchell, D.J. / Preston, A. / ...

履歴

登録	2021年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nq3.cif.gz	46.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nq3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nq3_validation.pdf.gz	715.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nq3_full_validation.pdf.gz	715.5 KB	表示
XML形式データ	7nq3_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	7nq3_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7npyC 7npzC 7nq0C 7nq1C 7nq2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z8p-d 6z7f-d 6zb2-d 7nq0-d 5ffy-d 6c7q-d 4j1p-d 3p1d-1 5dbm-1 5mqe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.101, 52.529, 32.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-781- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ULQ / 6-[(~{S})-methoxy(phenyl)methyl]-~{N}2-methyl-~{N}4-[(1~{S},5~{R})-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]pyridine-2,4-dicarboxamide 分子量: 381.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→52.53 Å / Num. obs: 15547 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.016 / Net I/σ(I): 43.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Mean I/σ(I) obs: 16.4 / Num. unique obs: 1733 / CC_1/2: 0.975 / % possible all: 74.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.603→42.456 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 1.369 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	741	4.795 %
R_work	0.1578	14711	-
all	0.16	-	-
obs	-	15452	92.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.345 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.016 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.361 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.603→42.456 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	928	0	40	218	1186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.173	1.655	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.26	1.627	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.801	5	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.411	21.607	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.668	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.783	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.101	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.142	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.148	1.983	461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.131	1.974	460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.028	4.425	578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.03	4.439	579
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.402	2.207	551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.4	2.207	552
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.371	4.755	780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.37	4.755	781
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.815	20.382	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.813	20.376	1276

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.603-1.644	0.207	37	0.172	696	0.174	1181	0.943	0.952	62.066	0.144
1.644-1.689	0.298	47	0.17	950	0.175	1205	0.916	0.955	82.7386	0.142
1.689-1.738	0.193	50	0.169	991	0.17	1107	0.956	0.956	94.0379	0.142
1.738-1.791	0.187	54	0.161	1025	0.163	1128	0.963	0.965	95.656	0.142
1.791-1.85	0.147	49	0.159	985	0.158	1076	0.968	0.965	96.0966	0.14
1.85-1.915	0.17	44	0.162	952	0.162	1034	0.965	0.959	96.325	0.146
1.915-1.987	0.226	36	0.16	960	0.163	1027	0.942	0.955	96.9815	0.148
1.987-2.068	0.195	43	0.154	892	0.156	966	0.955	0.962	96.7909	0.148
2.068-2.16	0.157	37	0.146	879	0.147	937	0.968	0.968	97.7588	0.146
2.16-2.265	0.205	43	0.145	841	0.148	904	0.94	0.967	97.7876	0.148
2.265-2.387	0.241	28	0.149	811	0.152	853	0.942	0.964	98.3587	0.155
2.387-2.531	0.24	45	0.152	740	0.156	800	0.939	0.965	98.125	0.159
2.531-2.705	0.174	43	0.152	728	0.153	779	0.963	0.966	98.973	0.162
2.705-2.921	0.177	38	0.152	677	0.153	732	0.965	0.965	97.6776	0.163
2.921-3.198	0.192	30	0.145	617	0.147	658	0.952	0.967	98.3283	0.157
3.198-3.573	0.188	37	0.145	542	0.148	608	0.962	0.971	95.2303	0.165
3.573-4.121	0.181	28	0.154	489	0.156	545	0.968	0.969	94.8624	0.195
4.121-5.035	0.184	19	0.166	417	0.167	462	0.958	0.965	94.3723	0.202
5.035-7.072	0.204	23	0.208	326	0.207	375	0.943	0.946	93.0667	0.256
7.072-42.456	0.248	10	0.231	192	0.232	240	0.933	0.934	84.1667	0.265

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