+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7no1 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the mature RSV CA lattice: T=3 CA icosahedron | |||||||||||||||
要素 | Capsid protein p27, alternate cleaved 1 | |||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Retrovirus / Rous sarcoma virus / capsid protein / IP6 | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / nucleic acid binding / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / nucleic acid binding / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Obr, M. / Ricana, C.L. / Nikulin, N. / Feathers, J.-P.R. / Klanschnig, M. / Thader, A. / Johnson, M.C. / Vogt, V.M. / Schur, F.K.M. / Dick, R.A. | |||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, 米国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of the mature Rous sarcoma virus lattice reveals a role for IP6 in the formation of the capsid hexamer. 著者: Martin Obr / Clifton L Ricana / Nadia Nikulin / Jon-Philip R Feathers / Marco Klanschnig / Andreas Thader / Marc C Johnson / Volker M Vogt / Florian K M Schur / Robert A Dick / 要旨: Inositol hexakisphosphate (IP6) is an assembly cofactor for HIV-1. We report here that IP6 is also used for assembly of Rous sarcoma virus (RSV), a retrovirus from a different genus. IP6 is ~100-fold ...Inositol hexakisphosphate (IP6) is an assembly cofactor for HIV-1. We report here that IP6 is also used for assembly of Rous sarcoma virus (RSV), a retrovirus from a different genus. IP6 is ~100-fold more potent at promoting RSV mature capsid protein (CA) assembly than observed for HIV-1 and removal of IP6 in cells reduces infectivity by 100-fold. Here, visualized by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, mature capsid-like particles show an IP6-like density in the CA hexamer, coordinated by rings of six lysines and six arginines. Phosphate and IP6 have opposing effects on CA in vitro assembly, inducing formation of T = 1 icosahedrons and tubes, respectively, implying that phosphate promotes pentamer and IP6 hexamer formation. Subtomogram averaging and classification optimized for analysis of pleomorphic retrovirus particles reveal that the heterogeneity of mature RSV CA polyhedrons results from an unexpected, intrinsic CA hexamer flexibility. In contrast, the CA pentamer forms rigid units organizing the local architecture. These different features of hexamers and pentamers determine the structural mechanism to form CA polyhedrons of variable shape in mature RSV particles. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7no1.cif.gz | 90.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7no1.ent.gz | 55 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7no1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/7no1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/7no1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 12486MC 7no0C 7no2C 7no3C 7no4C 7no5C 7no6C 7no7C 7no8C 7no9C 7noaC 7nobC 7nocC 7nodC 7noeC 7nofC 7nogC 7nohC 7noiC 7nojC 7nokC 7nolC 7nomC 7nonC 7nooC 7nopC 7noqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24773.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (strain Prague C) (ラウス肉腫ウイルス) 株: Prague C / 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03322 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rous sarcoma virus - Prague C / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
ウイルス殻 | 名称: T=3 icosahedron |
緩衝液 | pH: 8 |
緩衝液成分 | 濃度: 1 M / 名称: sodium phosphate / 式: NaPi |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot time = 2.5s blot force = 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 63000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 2394 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2309 / 詳細: Three rounds of auto-picking and 2D classification | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 406 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7NO0 Accession code: 7NO0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |