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- PDB-7nnj: Crystal Structure of NUDT4 (Diphosphoinositol polyphosphate phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nnj
タイトルCrystal Structure of NUDT4 (Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2) in complex with 4-O-Bn-1-PCP-InsP4 (AMR2105)
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2
キーワードHYDROLASE / NUDIX / 1-InsP7 analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-5-diphosphate-1,3,4,6-tetrakisphosphate diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / endopolyphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity ...inositol-5-diphosphate-1,3,4,6-tetrakisphosphate diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / endopolyphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / snoRNA binding / calcium-mediated signaling / intracellular signal transduction / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-UJN / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.755 Å
データ登録者Dubianok, Y. / Arruda Bezerra, G. / Raux, B. / Diaz Saez, L. / Riley, A.M. / Potter, B.V.L. / Huber, K.V.M. / von Delft, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative875510 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of NUDT4 (Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2) in complex with 4-O-Bn-1-PCP-InsP4 (AMR2105)
著者: Riley, A.M. / Raux, B. / Diaz Saez, L. / Dubianok, Y. / Arruda Bezerra, G. / von Delft, F. / Huber, K.V.M. / Potter, B.V.L.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2
B: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,54111
ポリマ－32,3772
非ポリマー1,1659
水1,892105
1
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4516
ポリマ－16,1881
非ポリマー2625
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0915
ポリマ－16,1881
非ポリマー9024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.181, 40.772, 197.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 2 / DIPP-2 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 2 / Nucleoside diphosphate-linked ...DIPP-2 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 4 / Nudix motif 4


分子量: 16188.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT4, DIPP2, KIAA0487, HDCMB47P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NZJ9, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-UJN / [oxidanyl-[(2S,3R,5S,6S)-4-phenylmethoxy-2,3,5,6-tetraphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]methylphosphonic acid / [oxidanyl-[(2~{S},3~{R},5~{S},6~{S})-4-phenylmethoxy-2,3,5,6-tetraphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 748.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26O23P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.75 M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.755→98.844 Å / Num. obs: 24365 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 31.52 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 21.7 / Num. measured all: 617285
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.755-1.92625.12.73063412190.610.5472.7561.556.1
5.541-98.84421.60.0426322121810.0090.04170.7100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.55 Å98.84 Å
Translation6.55 Å98.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TLU

5tlu


解像度: 1.755→39.932 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1266 5.2 %
Rwork0.1949 23093 -
obs0.1976 24359 72.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.57 Å2 / Biso mean: 47.3846 Å2 / Biso min: 19.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.755→39.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2082 0 70 105 2257
Biso mean--63.88 49.09 -
残基数----264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.072954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.794809
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.755-1.82530.383250.31421424
1.8253-1.90840.2892320.290176722
1.9084-2.0090.3176720.2657170249
2.009-2.13490.32611390.2573271877
2.1349-2.29970.30531680.237338897
2.2997-2.53110.33291990.22873523100
2.5311-2.89720.24512220.22853526100
2.8972-3.64980.26371940.18633579100
3.6498-39.90.19752350.16073748100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.48635.57634.19516.28095.4646.83570.29590.026-0.11950.3653-0.1792-0.08450.3473-0.0174-0.14090.31020.0564-0.06140.1316-0.01020.2853-1.219-17.71844.8237
29.0551-0.95510.37457.1213-0.83399.22620.26630.0258-0.2332-0.3574-0.14570.7229-0.0639-1.193-0.00830.2392-0.0253-0.1130.33960.02650.2712-15.9286-24.632234.8249
34.5310.0196-0.05843.7393-1.71145.47970.1776-0.2484-0.14240.2877-0.0245-0.14250.0065-0.2446-0.18530.2515-0.0059-0.06520.1170.00310.2135-6.2468-27.103346.2551
46.0081-2.15731.645810.11075.42068.7929-0.45750.17130.6265-0.48270.27530.4821-1.5960.2580.34170.4772-0.0334-0.00920.19020.05190.2896-0.2435-14.518837.8487
53.45771.6941.30894.8386-0.82775.04830.4629-0.188-0.03650.444-0.11810.75640.4944-0.6752-0.33590.3466-0.0272-0.03670.23710.00670.3543-9.8364-27.764840.9362
65.5296-0.05321.29717.30741.39388.74120.06730.12870.2098-0.6108-0.01280.7956-0.4126-1.0228-0.02610.30860.0481-0.11230.37840.05330.3664-16.4998-22.269329.2175
78.3966-3.117-2.40656.94752.80027.26540.13130.65380.0723-0.4963-0.0180.1323-0.68140.1944-0.14180.36720.0094-0.07280.27420.05520.2096-5.7771-19.311929.5021
83.98640.0729-4.67481.0108-0.37134.4067-0.11490.2363-0.20010.05780.0868-0.0863-0.1538-0.20320.08480.23660.0284-0.02320.65080.05850.338113.7966-8.71753.703
98.69160.25095.0919.1804-8.20462.0529-0.3073-0.08920.57240.1934-0.32460.7890.1116-0.61590.40570.64690.36920.24950.85860.05190.5947-2.9848-5.521723.304
102.9392-1.58163.61443.6596-1.81975.22790.23880.1573-0.4270.13240.1705-0.53570.27710.4295-0.39920.41050.1081-0.05190.61040.00730.430312.5685-16.875120.5787
114.59010.48291.71285.19593.78317.6975-1.4225-0.0761-0.6844-1.1811.2755-0.24450.11370.16320.02510.08870.07510.03840.91970.1590.338.61-12.2929-0.1824
120.6551.7991-0.39733.2572-0.56073.4579-0.2086-0.0012-0.12310.07280.38860.11650.1258-0.2757-0.18370.22530.07320.00830.53960.09890.3932.6197-13.72089.5367
130.7395-0.74161.5476.6215-2.58524.1825-0.9978-1.09280.685-0.50281.5828-1.3311-1.72971.98740.02980.2416-0.0208-0.08170.6885-0.07090.386116.4514-2.8689.3258
140.372-0.0972-1.51835.1892-2.21624.5929-0.00570.8220.09180.260.48610.3789-0.1708-0.2349-0.42130.26270.1269-0.05710.68510.08710.29684.3165-8.760411.3679
153.0256-0.86551.23140.2041-0.43860.61620.71651.4881-1.5769-0.55680.002-0.1990.42280.6061-0.67990.42270.02710.00590.7088-0.0840.82014.7167-25.00416.4163
168.28565.00461.34888.15091.45353.76430.0937-0.8085-0.18081.2382-0.12310.1793-0.2802-0.1251-0.03260.55810.15250.01760.59220.11840.317.8029-10.565626.1234
173.165-5.9484-0.092.7988-1.36584.3469-0.1358-0.49550.44510.74740.1395-0.7596-0.2680.2215-0.05750.39440.0355-0.09470.44820.04790.478513.7988-3.835419.9684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 26 )A9 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 49 )A27 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 79 )A50 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 90 )A80 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 91 through 115 )A91 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 116 through 132 )A116 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 133 through 146 )A133 - 146
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 8 through 26 )B8 - 26
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 27 through 32 )B27 - 32
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 33 through 49 )B33 - 49
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 50 through 58 )B50 - 58
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 59 through 79 )B59 - 79
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 80 through 90 )B80 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 91 through 103 )B91 - 103
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 104 through 116 )B104 - 116
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 117 through 129 )B117 - 129
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 130 through 145 )B130 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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