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- PDB-7nmd: Human Major Histocompatibility Complex A24 Allele presenting QLPRLFPLL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nmd
タイトルHuman Major Histocompatibility Complex A24 Allele presenting QLPRLFPLL
要素
  • GLN-LEU-PRO-ARG-LEU-PHE-PRO-LEU-LEU
  • Human MHC Class I, beta 2 microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC Class I / A24 / Diabetes related super antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K. / Cole, D.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Major Histocompatibility Complex A24 Allele presenting QLPRLFPLL
著者: Rizkallahp, P.J. / Sewell, A.K. / Cole, D.K.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Human MHC Class I, beta 2 microglobulin
C: GLN-LEU-PRO-ARG-LEU-PHE-PRO-LEU-LEU
D: MHC class I antigen
E: Human MHC Class I, beta 2 microglobulin
F: GLN-LEU-PRO-ARG-LEU-PHE-PRO-LEU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,21926
ポリマ－89,5106
非ポリマー1,71020
水4,306239
1
A: MHC class I antigen
B: Human MHC Class I, beta 2 microglobulin
C: GLN-LEU-PRO-ARG-LEU-PHE-PRO-LEU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,81215
ポリマ－44,7553
非ポリマー1,05712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Human MHC Class I, beta 2 microglobulin
F: GLN-LEU-PRO-ARG-LEU-PHE-PRO-LEU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,40711
ポリマ－44,7553
非ポリマー6538
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.543, 48.662, 123.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31778.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411J078
#2: タンパク質 Human MHC Class I, beta 2 microglobulin / Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド GLN-LEU-PRO-ARG-LEU-PHE-PRO-LEU-LEU


分子量: 1097.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 259分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M TRIS (pH 7.5), 15% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→74.01 Å / Num. obs: 43149 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.313.61.2171140631790.40.7411.43198.3
10.06-73.993.40.05718435430.9680.0380.06913.699.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.92 Å74.01 Å
Translation3.92 Å74.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BCK

2bck


解像度: 2.25→74.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 21.485 / SU ML: 0.244 / SU R Cruickshank DPI: 0.3268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 2050 4.8 %RANDOM
Rwork0.2094 ---
obs0.2121 41059 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.07 Å2 / Biso mean: 47.57 Å2 / Biso min: 24.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20 Å20.84 Å2
2---1.29 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→74.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6306 0 104 239 6649
Biso mean--74.43 46.1 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0136577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.668890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1941.58413638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0385766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.24721.429406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.191151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2311558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021602
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 141 -
Rwork0.316 2978 -
obs--96.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1784-1.42850.23280.9980.20362.71650.03250.3058-0.13060.0378-0.04290.01510.0925-0.40730.01040.0552-0.0098-0.12140.16620.00510.294923.6224-12.593713.1229
22.0831-0.1976-2.03362.51622.10288.6625-0.1505-0.3720.01940.6225-0.00760.34420.5227-0.31690.15810.23710.0222-0.07990.19320.00610.403127.8954-13.270849.1702
33.1627-0.12662.03792.6571-0.3685.7674-0.0709-0.13080.23570.17570.0795-0.3093-0.51440.3321-0.00860.1268-0.0475-0.14520.0707-0.01210.347337.8732-0.507133.4322
43.2477-1.04970.34371.1338-0.23672.17290.1448-0.0591-0.15680.0733-0.09480.077-0.04140.3348-0.050.0792-0.0346-0.1180.2952-0.04510.270862.280510.457212.3327
52.49010.5759-0.49752.90581.04098.4191-0.1155-0.31680.0910.55870.02030.20350.37920.03960.09520.2257-0.0551-0.13640.55110.01890.366667.1616.749448.3372
62.7303-0.30222.44142.0641-0.62736.4613-0.0675-0.1670.40070.4289-0.1725-0.4105-0.79570.95970.240.2906-0.3226-0.18530.7171-0.03650.388977.247220.392433.2753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 180
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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