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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nl8
タイトルCrystal structure of a shortened IpgC variant in complex with 3-methylbenzohydrazide
要素Chaperone protein IpgC
キーワードCHAPERONE / IpgC / Dimer / Shigella / Mutant / Magnesium / Chlorine / 3-methylbenzohydrazide
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methylbenzohydrazide / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chaperone protein IpgC
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a shortened IpgC variant in complex with 3-methylbenzohydrazide
著者: Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein IpgC
B: Chaperone protein IpgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,35012
ポリマ－32,6212
非ポリマー72910
水3,207178
1
B: Chaperone protein IpgC
ヘテロ分子

A: Chaperone protein IpgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,35012
ポリマ－32,6212
非ポリマー72910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_565x-y,-y+1,-z+1/31
Buried area2740 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.530, 57.530, 159.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASPASP(chain 'A' and (resid 23 through 28 or resid 30...AA23 - 2715 - 19
12ALAALATYRTYR(chain 'A' and (resid 23 through 28 or resid 30...AA30 - 4022 - 32
13TYRTYRTYRTYR(chain 'A' and (resid 23 through 28 or resid 30...AA42 - 7234 - 64
14METMETPHEPHE(chain 'A' and (resid 23 through 28 or resid 30...AA74 - 9766 - 89
15ASPASPVALVAL(chain 'A' and (resid 23 through 28 or resid 30...AA103 - 13095 - 122
16GLNGLNASPASP(chain 'A' and (resid 23 through 28 or resid 30...AA132 - 148124 - 140
21ALAALAASPASP(chain 'B' and (resid 23 through 28 or resid 30...BB23 - 2715 - 19
22ALAALATYRTYR(chain 'B' and (resid 23 through 28 or resid 30...BB30 - 4022 - 32
23TYRTYRTYRTYR(chain 'B' and (resid 23 through 28 or resid 30...BB42 - 7234 - 64
24METMETPHEPHE(chain 'B' and (resid 23 through 28 or resid 30...BB74 - 9766 - 89
25ASPASPVALVAL(chain 'B' and (resid 23 through 28 or resid 30...BB103 - 13095 - 122
26GLNGLNASPASP(chain 'B' and (resid 23 through 28 or resid 30...BB132 - 148124 - 140

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chaperone protein IpgC


分子量: 16310.492 Da / 分子数: 2 / 変異: M1_E9del, D152_E155del / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ipgC, ippI, CP0129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2U4

-
非ポリマー , 7種, 188分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-45L / 3-methylbenzohydrazide / 3-メチルベンズヒドラジド


分子量: 150.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N2O
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG 4000, 0.05 M TRIS (pH 7.0), 0.3 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 42121 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 22.42 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.59→1.67 Å / Num. unique obs: 6695 / CC1/2: 0.932 / Rsym value: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
XDS1.02データ削減
XDS1.02データスケーリング
PHASER7.0.047位相決定
Coot0.8.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SCB

6scb


解像度: 1.59→47.56 Å / SU ML: 0.1669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.741
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 2103 5 %
Rwork0.1911 39965 -
obs0.1925 42068 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→47.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2118 0 41 178 2337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71883100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.07621357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.630.30411360.26182579X-RAY DIFFRACTION97.8
1.63-1.670.27091380.24632630X-RAY DIFFRACTION99.71
1.67-1.710.27011390.2312632X-RAY DIFFRACTION99.6
1.71-1.760.29351370.21822612X-RAY DIFFRACTION99.85
1.76-1.820.22741400.21842641X-RAY DIFFRACTION99.75
1.82-1.880.22471400.19732658X-RAY DIFFRACTION99.79
1.88-1.960.24511370.19322614X-RAY DIFFRACTION99.75
1.96-2.050.25861410.18632661X-RAY DIFFRACTION99.82
2.05-2.160.20811380.18692635X-RAY DIFFRACTION99.82
2.16-2.290.21561400.17832675X-RAY DIFFRACTION99.79
2.29-2.470.21251400.17732655X-RAY DIFFRACTION99.93
2.47-2.720.20351420.19072707X-RAY DIFFRACTION99.89
2.72-3.110.21021430.19462699X-RAY DIFFRACTION99.58
3.11-3.920.21351430.17922725X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.519144300170.572281540235-0.8354615662790.297858423714-0.8344347526244.718814418590.0422379130183-0.182858180976-0.0881638433997-0.463288562253-0.1810749834930.828240376345-0.881141361477-0.3402884806620.0812945706890.3201968300220.158622764427-0.1115323015880.315462693265-0.05571913637480.506099445463-8.0187049914440.677065300224.4462618103
20.0450057409902-0.0661037632126-0.01325333625840.08354757966890.06632634332270.0494450681106-0.29180295511-0.0369943958720.125065656911-0.01773824528850.04296875576210.433678204256-0.551357336841-0.5812925138260.002031899947740.4002858315850.0206203646907-0.05276097598110.312513698102-0.009179442419990.2808411023612.6690613355841.339134546120.8031210467
30.286624892893-0.1595532152630.1552509739630.0368058925948-0.07670722575160.0661425897498-0.0006077781172590.4633576217740.129054290301-0.0323660531679-0.183358934473-0.0173292741949-0.03789353170760.35281643164-1.35767196973E-50.197159962551-0.00544436249708-0.01460403742090.3530859823240.00100234704480.23127198117310.351422417630.030253388118.8575798725
40.5553736356990.6474181863160.5182986613760.517938932520.6145700444180.5461469014540.000335000997404-0.001472052453940.0729723972812-0.0778824629268-0.010559480614-0.00257440660966-0.08520421142390.01928672275546.04037789578E-50.1710668080050.000159746439533-0.01628114509590.243770322062-0.02107805362270.202415498061-1.3071406686829.682612767819.7210462563
50.1992268411310.016061996853-0.0603618253240.2389562809590.2187112024360.264475984216-0.199493673385-0.2829611020350.06914047192320.4220101992480.244646428967-0.2298292868510.1020737280980.328234738473-0.06060519741850.1938777336030.0858679159992-0.04486370383920.314076333712-0.0286208867920.260022366253.8503743182617.24034649417.2451147481
60.0648151344372-0.04472267697260.004410644606840.156400435060.05994939809610.0502975568745-0.09543166361110.267027213791-1.377926771750.372942550110.1281472191250.2870816342490.2637072704290.424708901813-0.00105377779320.2163278808930.03789226424930.016154388820.330072423087-0.04841802780260.36933370056-2.3890787375114.479626406114.8895311857
70.433758487157-0.3415235210040.02465302787620.205120082174-0.2999541957551.51161123699-0.05065518144860.177984464099-0.265816875270.003511184719940.040433003121-0.0224058760883-0.024598924572-0.0276513584145-0.04843293472430.127486459054-0.004713576758670.01160697999950.266637265686-0.04537720833060.241076174915-4.7335451982820.09576267017.16513511856
80.21685745739-0.617279273179-0.3636769655581.944104070541.271343206070.9290217245290.2300873895210.701444410193-0.25857605662-0.794829446014-0.1589757059780.167426657324-0.115871236336-0.360170108278-0.02024194697330.1414872341350.00230716702596-0.00758619911310.410189000163-0.08801139693470.289221179995-5.9795767549317.5428702109-2.3315139775
90.5596944333750.08359595819210.1861944153331.662891012330.5978206561510.8369628409330.05049711374410.537785361311-0.186248109314-0.853577864283-0.01174448604880.0333255709829-0.1144653734710.145221423012-0.03000817520510.2448135630160.03448147237180.05742371228810.391689540076-0.02242762394780.3259211050841.9939369573818.3201521751-4.43324272151
100.1529713950050.1467696379449.0879637098E-50.180819897573-0.0495602995960.0212164501256-0.0715745900803-0.701031796857-0.444790708683-0.1854382773320.156703425766-0.1635080420060.359480112233-0.03609578258590.001134375743950.184633064516-0.02266181897190.01986989518130.3457884874910.02919424303790.240559514577-11.185218928423.672521589422.221741438
110.336472793758-0.206537553788-0.1304790366340.388850344030.4251868285440.512158728012-0.682861051240.0922528828725-0.361379974644-0.0541767544469-0.353687019860.2966064610790.299759912843-0.128119483521-0.03102212425320.5675245021120.1827797557550.1086491509330.4963007984350.05989749836680.441872022359-19.0070093516.4209926362123.5755238657
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 53 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 78 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 79 through 85 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 86 through 89 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 90 through 121 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 122 through 134 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 135 through 151 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 9 through 21 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 28 through 33 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 34 through 51 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 52 through 68 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 69 through 98 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 99 through 103 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 104 through 124 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 125 through 134 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 135 through 150 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る