PDB-7nl4: OsNIP2;1 silicon transporter from rice

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nl4

タイトル

OsNIP2;1 silicon transporter from rice

要素

Aquaporin NIP2-1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Aquaporin Membrane transporter Metalloids OsNIP2 / 1

機能・相同性

機能・相同性情報

silicate transmembrane transporter activity / silicic acid import across plasma membrane / Casparian strip / channel activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa subsp. japonica (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

van den Berg, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Silicic Acid Uptake by Higher Plants.
著者: van den Berg, B. / Pedebos, C. / Bolla, J.R. / Robinson, C.V. / Basle, A. / Khalid, S.

履歴

登録	2021年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nl4.cif.gz	643.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nl4.ent.gz	542 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nl4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nl4_validation.pdf.gz	505.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nl4_full_validation.pdf.gz	571 KB	表示
XML形式データ	7nl4_validation.xml.gz	66.9 KB	表示
CIF形式データ	7nl4_validation.cif.gz	90 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nl4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2evuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7nl4-2 7cjs-2 2abm-1 2abm-2 7cjs-1 2o9f-1 1rc2-1 3nkc-1 2d57-1 3nk5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Aquaporin NIP2-1

B: Aquaporin NIP2-1

C: Aquaporin NIP2-1

D: Aquaporin NIP2-1

E: Aquaporin NIP2-1

F: Aquaporin NIP2-1

G: Aquaporin NIP2-1

H: Aquaporin NIP2-1

ヘテロ分子

193 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aquaporin NIP2-1

B: Aquaporin NIP2-1

C: Aquaporin NIP2-1

D: Aquaporin NIP2-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Aquaporin NIP2-1

F: Aquaporin NIP2-1

G: Aquaporin NIP2-1

H: Aquaporin NIP2-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.888, 96.692, 99.787
Angle α, β, γ (deg.)	63.91, 71.16, 65.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Aquaporin NIP2-1 / Low silicon protein 1 / NOD26-like intrinsic protein 2-1 / OsNIP2 / 1 / Silicon influx transporter LSI1 分子量: 23981.000 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: NIP2-1, LSI1, SIIT1, Os02g0745100, LOC_Os02g51110, OJ1118_G04.16, OJ1734_E02.43, OsJ_008085 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q6Z2T3
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28-32% PEG400 1 mM CdCl2 30 mM MgCl2.6H2O 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.107 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.107 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.616→82.01 Å / Num. obs: 48853 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.616→2.91 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4644 / CC_1/2: 0.9 / R_sym value: 0.619 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EVU

2evu

解像度: 3→48.78 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2822	2157	4.79 %
R_work	0.2378	-	-
obs	0.24	44991	78.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→48.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12820	0	9	0	12829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	13179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.019	18020
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.023	1790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	2166
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	2204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.07	0.3447	71	0.3172	1191	X-RAY DIFFRACTION	33
3.07-3.15	0.3694	64	0.287	1500	X-RAY DIFFRACTION	41
3.15-3.23	0.3502	86	0.2966	1716	X-RAY DIFFRACTION	47
3.23-3.33	0.3565	93	0.2824	2061	X-RAY DIFFRACTION	57
3.33-3.43	0.3402	109	0.2992	2344	X-RAY DIFFRACTION	65
3.43-3.56	0.3427	137	0.305	2676	X-RAY DIFFRACTION	74
3.56-3.7	0.3012	165	0.2733	3083	X-RAY DIFFRACTION	86
3.7-3.87	0.31	157	0.2539	3543	X-RAY DIFFRACTION	97
3.87-4.07	0.2851	200	0.226	3536	X-RAY DIFFRACTION	99
4.07-4.33	0.2643	184	0.2148	3555	X-RAY DIFFRACTION	98
4.33-4.66	0.2738	160	0.2139	3554	X-RAY DIFFRACTION	98
4.66-5.13	0.2483	189	0.1987	3545	X-RAY DIFFRACTION	98
5.13-5.87	0.298	201	0.2322	3531	X-RAY DIFFRACTION	98
5.87-7.39	0.2892	153	0.2498	3559	X-RAY DIFFRACTION	98
7.39-48.78	0.2366	188	0.2215	3440	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7774	0.093	-0.1909	2.3287	-0.8615	1.7077	-0.1889	0.1905	0.1555	-0.2412	-0.0988	-0.5474	-0.6346	0.8504	0.1014	0.4057	-0.2696	0.0343	0.5232	0.0958	0.3472	-25.399	-18.221	-33.848
2	1.2158	0.7277	0.3317	1.1691	0.1274	0.9233	0.0473	0.1009	-0.0673	-0.294	0.1752	0.4272	0.5972	-0.7091	0.1941	0.8455	-0.6484	-0.1993	1.0238	0.0836	0.4678	-56.065	-42.888	-29.26
3	1.5695	-0.2374	-0.3623	1.0465	-0.0058	0.8083	-0.0066	0.1551	0.403	0.0465	0.2341	0.5524	-0.6675	-0.9558	-0.0813	0.62	0.4662	0.0505	0.8625	0.2243	0.6957	-52.659	-15.159	-28.278
4	1.6764	-0.3108	0.2137	1.906	0.4583	0.1595	-0.0065	0.495	-0.4293	-0.4109	0.0946	-0.4276	0.8049	0.5944	-0.3058	1.1485	0.2922	0.175	0.5776	-0.1904	0.579	-28.894	-46.147	-34.97
5	2.0016	-0.1839	-0.2141	2.1702	-0.1215	0.6186	0.1254	-0.0075	-0.4442	0.0719	-0.2454	-0.6314	0.982	0.8947	-0.0496	0.6652	0.3804	-0.1178	0.5991	0.0909	0.6064	-22.035	-50.6	11.266
6	0.9666	-0.1179	-0.0683	1.5927	0.6099	1.4001	0.0381	-0.2988	0.4811	0.5615	-0.0544	0.2338	-0.7456	-0.2944	0.0482	1.1752	0.2016	0.0842	0.3307	-0.1538	0.5441	-41.319	-16.276	17.029
7	1.6595	0.4309	0.1099	2.1783	-0.8439	2.2666	0.077	-0.0994	-0.1826	0.2633	0.2231	0.4915	0.3392	-1.2738	-0.3006	0.4138	-0.228	0.0039	0.593	0.0732	0.3203	-48.437	-43.6	17.091
8	1.7253	0.7142	0.3779	1.205	0.4805	0.851	-0.0891	0.005	0.102	0.1728	-0.1257	-0.4027	-0.607	0.9685	-0.0873	0.6622	-0.5203	-0.2584	0.9548	0.1343	0.6118	-14.786	-23.283	11.498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN E AND RESID 45:260 )	E	45 - 260
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN F AND RESID 45:260 )	F	45 - 260
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN G AND RESID 45:260 )	G	45 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 45:260 )	H	45 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 45:260 )	A	45 - 260
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 45:260 )	B	45 - 260
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 45:258 )	C	45 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 45:260 )	D	45 - 260

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)