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万見
- PDB-7nhz: NMR structure of Rv1813c from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nhz
タイトルNMR structure of Rv1813c from Mycobacterium tuberculosis
要素Uncharacterized protein Rv1813c
キーワードAPOPTOSIS / metabolism / mitochondria / effector
機能・相同性Domain of unknown function DUF4189 / Domain of unknown function (DUF4189) / Uncharacterized protein Rv1813c
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Barthe, P. / Cohen-Gonsaud, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Mycobacterium tuberculosis effector targets mitochondrion, controls energy metabolism and limits cytochrome c exit.
著者: Cohen-Gonsaud, M. / Barthe, P. / Mukamolova, G.V.
履歴
登録2021年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv1813c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7141
ポリマ－12,7141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 600target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Rv1813c


分子量: 12714.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv1813c, MTCY1A11.30, MTY16F9.01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WLS1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-15N TOCSY
132isotropic13D HNCA
142isotropic13D CBCA(CO)NH
152isotropic13D HN(CA)CB
162isotropic13D HNCO
172isotropic13D HN(CA)CO
183isotropic12D NOESY
193isotropic12D TOCSY
1103isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.0 mM [U-15N] Rv1813c, 90% H2O/10% D2Owith 25 mM NaCitrate15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.9 mM [U-13C; U-15N] Rv1813c, 90% H2O/10% D2Owith 25 mM NaCitrate13C_sample90% H2O/10% D2O
solution30.8 mM Rv1813c, 100% D2Owith 25 mM NaCitrateD2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMRv1813c[U-15N]1
0.9 mMRv1813c[U-13C; U-15N]2
0.8 mMRv1813cnatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CINDYPadillachemical shift assignment
GifaDelsucpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD procedure
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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