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万見
- PDB-7nh9: structure of the full-length CmaX protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nh9
タイトルstructure of the full-length CmaX protein
要素CmaX protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / divalent transport / zinc transporter / CorA family / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transmembrane transporter activity / nickel cation transport / cobalt ion transport / zinc ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Divalent cation transporter CmaX
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Stetsenko, A. / Stehantsev, P. / Guskov, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.011
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical characterization of a novel ZntB (CmaX) transporter protein from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Artem Stetsenko / Pavlo Stehantsev / Natalia O Dranenko / Mikhail S Gelfand / Albert Guskov /
要旨: The 2-TM-GxN family of membrane proteins is widespread in prokaryotes and plays an important role in transport of divalent cations. The canonical signature motif, which is also a selectivity filter, ...The 2-TM-GxN family of membrane proteins is widespread in prokaryotes and plays an important role in transport of divalent cations. The canonical signature motif, which is also a selectivity filter, has a composition of Gly-Met-Asn. Some members though deviate from this composition, however no data are available as to whether this has any functional implications. Here we report the functional and structural analysis of CmaX protein from a pathogenic Pseudomonas aeruginosa bacterium, which has a Gly-Ile-Asn signature motif. CmaX readily transports Zn, Mg, Cd, Ni and Co ions, but it does not utilize proton-symport as does ZntB from Escherichia coli. Together with the bioinformatics analysis, our data suggest that deviations from the canonical signature motif do not reveal any changes in substrate selectivity or transport and easily alter in course of evolution.
履歴
登録2021年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12321
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CmaX protein
B: CmaX protein
C: CmaX protein
D: CmaX protein
E: CmaX protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,8255
ポリマ－206,8255
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17930 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area73420 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
CmaX protein


分子量: 41365.020 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His tag and thrombin cleavage site
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: cmaX, PA1773 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD00
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CmaX protein pentamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 243386 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00713385
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74118150
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.2347990
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431990
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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