PDB-7nh6: Crystal structure of human carbonic anhydrase II with 3-(3-((1-(2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nh6

タイトル

Crystal structure of human carbonic anhydrase II with 3-(3-((1-(2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl)ureido)benzenesulfonamide

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / inhibitor / metalloenzyme / sulfonamide

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mechanisms of the Antiproliferative and Antitumor Activity of Novel Telomerase-Carbonic Anhydrase Dual-Hybrid Inhibitors.
著者: Plyasova, A.A. / Berrino, E. / Khan, I.I. / Veselovsky, A.V. / Pokrovsky, V.S. / Angeli, A. / Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Pokrovskaya, M.V. / Alexandrova, S.S. / Gladilina, Y.A. / ...

履歴

登録	2021年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nh6.cif.gz	77.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nh6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nh6_validation.pdf.gz	764.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nh6_full_validation.pdf.gz	766.3 KB	表示
XML形式データ	7nh6_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7nh6_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nh6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ypwC 4fikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lv4-d 7joc-d 6nm0-d 1g45-d 1i9m-d 4pxx-d 1fqm-d 5tfx-d 1g53-d 3ryj-d 3m1q-d 3rg4-d 6luv-d 1caj-d 5sz6-d 3ibl-d 6oto-d 1caz-d 4zx0-d 7k6i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.304, 41.199, 72.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.319, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-UDE / 3-(3-((1-(2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl)ureido)benzenesulfonamide / 1-[[1-[(2~{S},3~{S},5~{R})-2-(hydroxymethyl)-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]oxolan-3-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-3-(3-sulfamoylphenyl)urea 分子量: 520.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₈O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.0001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→41.2 Å / Num. obs: 62015 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 2964 / CC_1/2: 0.972 / R_pim(I) all: 0.139 / R_rim(I) all: 0.217 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.28→39.966 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 0.58 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1754	3152	5.084 %
R_work	0.1525	58848	-
all	0.154	-	-
obs	-	62000	99.634 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.394 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.211 Å²	0 Å²	-0.228 Å²
2-	-	-0.221 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.111 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→39.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2041	0	43	249	2333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.994	1.63	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.481	1.597	4603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.052	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.315	23.704	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.709	15	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.596	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.278	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.551	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.453	1.294	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.414	1.29	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.068	1.94	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.067	1.945	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.584	1.588	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.583	1.588	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.908	2.295	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.907	2.295	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.519	16.147	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.518	16.145	2427

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.28-1.314	0.197	219	0.192	4258	X-RAY DIFFRACTION	98.6775
1.314-1.35	0.199	236	0.174	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.389	0.194	239	0.172	4110	X-RAY DIFFRACTION	99.9311
1.389-1.431	0.186	200	0.162	4005	X-RAY DIFFRACTION	100
1.431-1.478	0.164	220	0.151	3875	X-RAY DIFFRACTION	99.9756
1.478-1.53	0.166	195	0.152	3747	X-RAY DIFFRACTION	99.9746
1.53-1.588	0.171	182	0.146	3641	X-RAY DIFFRACTION	99.8955
1.588-1.653	0.16	194	0.143	3482	X-RAY DIFFRACTION	99.8913
1.653-1.726	0.177	198	0.145	3316	X-RAY DIFFRACTION	99.9715
1.726-1.81	0.173	175	0.147	3207	X-RAY DIFFRACTION	99.8819
1.81-1.908	0.19	141	0.149	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.7509
1.908-2.024	0.183	157	0.153	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.738
2.024-2.164	0.184	156	0.155	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.683
2.164-2.337	0.171	136	0.146	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.5524
2.337-2.56	0.192	127	0.15	2336	X-RAY DIFFRACTION	99.6359
2.56-2.861	0.177	104	0.151	2110	X-RAY DIFFRACTION	99.6848
2.861-3.303	0.17	102	0.155	1856	X-RAY DIFFRACTION	99.1895
3.303-4.043	0.146	65	0.134	1604	X-RAY DIFFRACTION	98.699
4.043-5.708	0.154	64	0.149	1232	X-RAY DIFFRACTION	98.9313
5.708-39.966	0.206	42	0.202	706	X-RAY DIFFRACTION	98.2917

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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