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- PDB-7nei: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL7) in the unliganded state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nei
タイトルPolyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL7) in the unliganded state
要素Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7)
キーワードHYDROLASE / PETase / Cutinase / Polyethylene terephthalate
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Richter, P.K. / Strater, N.
引用ジャーナル: ChemSusChem / 年: 2022
タイトル: Low Carbon Footprint Recycling of Post-Consumer PET Plastic with a Metagenomic Polyester Hydrolase.
著者: Sonnendecker, C. / Oeser, J. / Richter, P.K. / Hille, P. / Zhao, Z. / Fischer, C. / Lippold, H. / Blazquez-Sanchez, P. / Engelberger, F. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Oeser, T. / Lihanova, Y. / ...著者: Sonnendecker, C. / Oeser, J. / Richter, P.K. / Hille, P. / Zhao, Z. / Fischer, C. / Lippold, H. / Blazquez-Sanchez, P. / Engelberger, F. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Oeser, T. / Lihanova, Y. / Frank, R. / Jahnke, H.G. / Billig, S. / Abel, B. / Strater, N. / Matysik, J. / Zimmermann, W.
履歴
登録2021年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32022年11月23日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7)
B: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1594
ポリマ－58,1132
非ポリマー462
水15,349852
1
A: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0792
ポリマ－29,0561
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0792
ポリマ－29,0561
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.350, 97.680, 101.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 9 or resid 11...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 9 or resid 11...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAPROA1 - 8
d_12ens_1PROTHRA12 - 13
d_13ens_1SERALAA19 - 22
d_14ens_1ARGALAA24 - 28
d_15ens_1ALAALAA32 - 41
d_16ens_1GLYGLYA45 - 74
d_17ens_1GLUGLUA78
d_18ens_1ILEGLYA80 - 110
d_19ens_1GLNASNA112 - 123
d_110ens_1VALARGA125 - 134
d_111ens_1ALAHISA138 - 142
d_112ens_1METLEUA146 - 152
d_113ens_1ALATHRA156 - 161
d_114ens_1LEUTHRA165 - 176
d_115ens_1LYSLYSA180
d_116ens_1TRPPROA182 - 214
d_117ens_1ASPTYRA218 - 223
d_118ens_1GLUASNA227 - 237
d_119ens_1PROASPA239 - 270
d_120ens_1PHEALAA272 - 273
d_121ens_1SERSERA277
d_122ens_1ARGPHEA284 - 289
d_21ens_1ALAPROC1 - 8
d_22ens_1PROTHRC10 - 11
d_23ens_1SERALAC18 - 21
d_24ens_1ARGALAC25 - 29
d_25ens_1ALAALAC33 - 42
d_26ens_1GLYGLYC46 - 75
d_27ens_1GLUGLUC77
d_28ens_1ILEGLYC81 - 111
d_29ens_1GLNASNC115 - 126
d_210ens_1VALARGC131 - 140
d_211ens_1ALAHISC144 - 148
d_212ens_1METLEUC152 - 158
d_213ens_1ALATHRC162 - 167
d_214ens_1LEUTHRC169 - 180
d_215ens_1LYSLYSC182
d_216ens_1TRPPROC186 - 218
d_217ens_1ASPTYRC220 - 225
d_218ens_1GLUASNC229 - 239
d_219ens_1PROASPC243 - 274
d_220ens_1PHEPHEC277
d_221ens_1ALAALAC280
d_222ens_1SERSERC284
d_223ens_1ARGPHEC289 - 294

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999992023971, -0.00269336690579, -0.00294919800375), (-0.00293486802642, 0.996359197138, 0.085204089268), (0.00270897468095, 0.0852120651847, -0.996359154825) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999992023971, -0.00269336690579, -0.00294919800375), (-0.00293486802642, 0.996359197138, 0.085204089268), (0.00270897468095, 0.0852120651847, -0.996359154825)
ベクター: 56.2477289988, 4.38350856439, -53.9374882301)

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要素

#1: タンパク質 Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7)


分子量: 29056.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: metagenomic analysis / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate 20 % (w/v) PEG 4,000 20 % (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→56.35 Å / Num. obs: 127681 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 1548512 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.3-1.3271.40437540.5510.5651.5256.5
7.12-49.21911.90.0279560.9990.0080.02899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
MxCuBEデータ収集
XDS20200417データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 1.3→49.22 Å / SU ML: 0.1159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1594 6202 4.86 %
Rwork0.1316 121375 -
obs0.133 127577 92.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3920 0 2 852 4774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93615785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0778649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.16261565
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.617492344085 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.31231240.26182360X-RAY DIFFRACTION54.21
1.31-1.330.26971480.25382558X-RAY DIFFRACTION60
1.33-1.350.26931680.23722833X-RAY DIFFRACTION66.15
1.35-1.360.26641610.22683118X-RAY DIFFRACTION72.43
1.36-1.380.26631330.21633310X-RAY DIFFRACTION76.05
1.38-1.40.26521660.20633588X-RAY DIFFRACTION82.91
1.4-1.420.23192020.20383810X-RAY DIFFRACTION88.04
1.42-1.440.23461840.18334029X-RAY DIFFRACTION92.88
1.44-1.460.21411980.16784168X-RAY DIFFRACTION95.77
1.46-1.490.2152060.15754231X-RAY DIFFRACTION98.12
1.49-1.510.18442170.13884329X-RAY DIFFRACTION99.78
1.51-1.540.16522420.13064288X-RAY DIFFRACTION99.96
1.54-1.570.17242090.12694302X-RAY DIFFRACTION99.6
1.57-1.60.15792240.12214314X-RAY DIFFRACTION99.69
1.6-1.640.1481950.12044370X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.680.16172370.12154325X-RAY DIFFRACTION99.98
1.68-1.720.14172280.12214313X-RAY DIFFRACTION99.34
1.72-1.760.17812030.1274358X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.820.15242360.12414341X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.870.16382380.12344334X-RAY DIFFRACTION99.61
1.87-1.940.15792290.12174345X-RAY DIFFRACTION99.98
1.94-2.020.14832220.12374334X-RAY DIFFRACTION99.58
2.02-2.110.1522340.12594319X-RAY DIFFRACTION99.78
2.11-2.220.13742740.11554335X-RAY DIFFRACTION99.72
2.22-2.360.13692030.1144396X-RAY DIFFRACTION99.76
2.36-2.540.15131990.11244400X-RAY DIFFRACTION99.89
2.54-2.80.12732420.12074411X-RAY DIFFRACTION99.91
2.8-3.210.14991810.12754448X-RAY DIFFRACTION99.63
3.21-4.040.16812350.13014491X-RAY DIFFRACTION99.83
4.04-49.220.14562640.13474617X-RAY DIFFRACTION99.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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