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- PDB-7nea: Crystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nea
タイトルCrystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase from Thermobaculum terrenum (M3 mutant).
要素Branched-chain-amino-acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / transaminase / aminotransferase / BCAT / IV-fold type / PLP-dependent enzymes / branched-chain amino acid aminotransferases
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / : / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / : / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobaculum terrenum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Petrova, T. / Nikolaeva, A.Y. / Zeifman, Y.S. / Rakitina, T.V. / Suplatov, D.A. / Popov, V.O. / Bezsudnova, E.Y.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-14-00164 ロシア
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Probing the role of the residues in the active site of the transaminase from Thermobaculum terrenum.
著者: Bezsudnova, E.Y. / Nikolaeva, A.Y. / Bakunova, A.K. / Rakitina, T.V. / Suplatov, D.A. / Popov, V.O. / Boyko, K.M.
履歴
登録2021年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8989
ポリマ－36,3831
非ポリマー5158
水4,792266
1
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,38654
ポリマ－218,2996
非ポリマー3,08748
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area34010 Å2
ΔGint-405 kcal/mol
Surface area60470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.497, 146.497, 143.776
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

21A-744-

HOH

31A-754-

HOH

41A-763-

HOH

51A-764-

HOH

61A-765-

HOH

71A-766-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Branched-chain-amino-acid aminotransferase / BCAT


分子量: 36383.184 Da / 分子数: 1 / 変異: G40V, R42S, Y100F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobaculum terrenum (strain ATCC BAA-798 / YNP1) (バクテリア)
株: ATCC BAA-798 / YNP1 / 遺伝子: ilvE, Tter_1720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D1CCW1, branched-chain-amino-acid transaminase

-
非ポリマー , 5種, 274分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: HEPES 0.1M pH 7.5; Sodium chloride 3.4M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→95.13 Å / Num. obs: 58749 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 166757 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.782.80.897887132000.4010.6231.102198.2
9.09-95.132.60.01511724440.9990.010.01847.995.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GKR

6gkr


解像度: 2→95.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.718 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 1991 5 %RANDOM
Rwork0.1614 ---
obs0.1634 37506 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.57 Å2 / Biso mean: 31.195 Å2 / Biso min: 12.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.06 Å2-0 Å2
2--0.13 Å2-0 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→95.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2481 0 27 267 2775
Biso mean--45.83 38.86 -
残基数----309
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0132644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0311.6493578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5331.5715513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6275312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.39520.184163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.1515424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7741529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02665
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 143 -
Rwork0.198 2755 -
all-2898 -
obs--99.08 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.4361 Å / Origin y: 24.1403 Å / Origin z: 16.4951 Å
111213212223313233
T0.0306 Å2-0.0002 Å2-0.018 Å2-0.0479 Å2-0.011 Å2--0.0247 Å2
L0.8718 °20.4246 °20.2867 °2-0.4811 °20.0641 °2--0.4234 °2
S-0.0174 Å °-0.1672 Å °0.0304 Å °0.0376 Å °-0.0543 Å °0.0093 Å °-0.0209 Å °-0.112 Å °0.0717 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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