PDB-7ncr: Cryo-EM structure of Pepper cryptic virus 1 VLP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ncr

タイトル

Cryo-EM structure of Pepper cryptic virus 1 VLP

要素

Coat protein

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / Partitivirus / Capsid

機能・相同性

viral capsid / membrane => GO:0016020 / Coat protein

機能・相同性情報

生物種

Pepper cryptic virus 1 (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Byrne, M.J. / Sainsbury, F. / Ranson, N.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Pepper Cryptic Virus 1 VLP
著者: Byrne, M.J. / Sainsbury, F. / Ranson, N.A. / Kashyap, A. / Esquirol, L.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

ムービー	生物学的単位 - author_defined_assembly Jmolによる作画ダウンロード登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-12270 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-12270 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

ムービー

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分子:

Molmil

Jmol/JSmol

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PDB形式	pdb7ncr.ent.gz	104.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ncr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ncr_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ncr_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7ncr_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	7ncr_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	12270MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3es5-1 7d3r-1 3iym-1 6la6-1 7bzu-1 7ebr-1 7d3m-1 6h2b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coat protein

B: Coat protein

95.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coat protein

B: Coat protein

x 60

登録者が定義した集合体
根拠: microscopy
5.72 MDa, 120 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Coat protein / Putative coat protein 分子量: 47626.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pepper cryptic virus 1 (ウイルス) 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: F8VBM8

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Pepper cryptic virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Pepper cryptic virus 1 (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
ウイルスについての詳細	中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液	pH: 7 詳細: 20 mM MOPS, pH 7.0 with 140 mM NaCl and 5% (v/v) glycerol
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 1.12 e/Å² / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90000 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	5756
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.643	7852
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	20.42	762
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.047	848
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	1000

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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