PDB-7nc8: Glutathione-S-transferase GliG mutant S24A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nc8

タイトル

Glutathione-S-transferase GliG mutant S24A

要素

Glutathione S-transferase GliG

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillus fumigatus / mycotoxin / glutathione-S-transferase / carbon-sulphur-bond / epidithiodioxopiperazine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / molecular function activator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Groll, M. / Huber, E.M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into C-S Bond Formation in Gliotoxin.
著者: Scherlach, K. / Kuttenlochner, W. / Scharf, D.H. / Brakhage, A.A. / Hertweck, C. / Groll, M. / Huber, E.M.

履歴

登録	2021年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nc8.cif.gz	590.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nc8.ent.gz	491.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nc8_validation.pdf.gz	482.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nc8_full_validation.pdf.gz	492.7 KB	表示
XML形式データ	7nc8_validation.xml.gz	52 KB	表示
CIF形式データ	7nc8_validation.cif.gz	71.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7nc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7nc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nc1C 7nc2C 7nc3SC 7nc5C 7nc6C 7nc9C 7ncbC 7ncdC 7nceC 7nclC 7ncmC 7ncnC 7ncoC 7ncpC 7nctC 7ncuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nc3-1 7nc3-3 7nct-3 7ncl-1 7ncd-3 7nct-1 7nc3-2 7ncn-3 7nco-2 7nce-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase GliG

C: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutathione S-transferase GliG

E: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.810, 105.350, 207.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase GliG 分子量: 28947.014 Da / 分子数: 6 / 変異: S24A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163) (カビ) 株: CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163 / 遺伝子: AFUB_075740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0Y813
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 25 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49 Å / Num. obs: 89697 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / R_merge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 11149

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NC3

7nc3

解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 14.073 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2377	4483	5 %	RANDOM
R_work	0.1902	-	-	-
obs	0.1926	85174	99.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.79 Å² / B_iso mean: 51.679 Å² / B_iso min: 26.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.28 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11332	0	24	438	11794
B_iso mean	-	-	47.18	51.1	-
残基数	-	-	-	-	1400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	11694
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	1.65	15867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.072	1.575	25531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.708	5	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.7	21.449	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.386	15	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.406	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	12898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.394	3	22717

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	329	-
R_work	0.254	6247	-
all	-	6576	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0865	0.0389	0.0373	0.0396	-0.0182	0.2408	0.0024	-0.0086	0.0062	0.0159	-0.0031	0.0015	0.014	-0.0038	0.0007	0.0782	-0.0015	-0.0019	0.0382	-0.0028	0.0075	-0.647	5.8642	-5.8385
2	0.1689	-0.0142	-0.0256	0.1589	-0.053	0.0835	-0.0003	-0.0257	-0.0123	-0.0128	0.0131	0.0018	-0.0053	0.0031	-0.0128	0.076	-0.0029	0.0006	0.0446	0.003	0.0084	1.1545	12.2846	28.1155
3	0.073	-0.0064	0.0524	0.054	-0.0115	0.1767	0.0086	0.0193	-0.001	-0.007	-0.003	-0.0022	0.0159	0.0114	-0.0056	0.0779	0.0024	-0.0018	0.0422	-0.003	0.007	1.7773	4.6565	-29.2891
4	0.091	-0.037	0.1018	0.208	-0.2053	0.2903	0.0139	-0.0026	0.0135	-0.0169	-0.002	0.0158	0.0409	-0.0007	-0.0119	0.0799	-0.0012	-0	0.0398	0.001	0.0066	-38.858	-5.3505	40.5424
5	0.1734	-0.0254	-0.0623	0.1634	0.0327	0.0657	-0.0048	-0.0785	0.0144	0.0233	0.0232	-0.0108	-0.0131	0.026	-0.0184	0.0673	-0.0041	-0.0013	0.0702	-0.003	0.0056	2.2135	21.7667	49.8061
6	0.5967	0.6368	-0.4751	1.202	-0.3468	1.4767	-0.0596	-0.0472	-0.0679	0.0272	0.0057	-0.1804	0.304	0.1761	0.0539	0.1424	0.0212	-0.0082	0.0349	-0.0016	0.0312	-41.0301	-10.0315	15.8732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 239
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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