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万見
- PDB-7nbw: Crystal structure of PqsR (MvfR) ligand-binding domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nbw
タイトルCrystal structure of PqsR (MvfR) ligand-binding domain in complex with a pyridin agonist
要素Transcriptional regulator MvfR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / QUORUM SENSING / LYSR-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PSEUDOMONAS / 2 QUINOLONE SIGNALING SYSTEM / LTTR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transmembrane transport / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U7Q / Multiple virulence factor regulator MvfR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Schmelz, S. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Divergent synthesis and biological evaluation of 2-(trifluoromethyl)pyridines as virulence-attenuating inverse agonists targeting PqsR.
著者: Schutz, C. / Hodzic, A. / Hamed, M. / Abdelsamie, A.S. / Kany, A.M. / Bauer, M. / Rohrig, T. / Schmelz, S. / Scrima, A. / Blankenfeldt, W. / Empting, M.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9942
ポリマ－25,7001
非ポリマー2941
水25214
1
A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9894
ポリマ－51,4002
非ポリマー5882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.386, 121.386, 114.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator MvfR


分子量: 25700.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 / 遺伝子: mvfR, PA1003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X0
#2: 化合物 ChemComp-U7Q / ~{N}-[3-(4-fluorophenyl)prop-2-ynyl]-2-(trifluoromethyl)pyridin-4-amine


分子量: 294.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10F4N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 198mM MgCl2 34.7% MPD 0.1M Tris pH 7.25 10mg/ml PqsR + 1.5 mM 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE 0.39 mM Amaranth (CAS 915-67-3) Cryo: + 20% 2,3- RR- Butandiol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.4769 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.4769 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→105.124 Å / Num. obs: 15066 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 56.4 % / Biso Wilson estimate: 72.55 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 753 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.667 / % possible all: 86.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.17 Å105.12 Å
Translation6.17 Å105.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc5_4047精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2q7v

2q7v


解像度: 2.28→25.62 Å / SU ML: 0.2831 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.0471
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 1500 9.98 %
Rwork0.2438 13527 -
obs0.2458 15027 64.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→25.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 0 21 14 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94932252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0607257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9421230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.350.4267140.5773130X-RAY DIFFRACTION7.01
2.36-2.440.4975320.5466285X-RAY DIFFRACTION15.52
2.44-2.540.4058460.4698407X-RAY DIFFRACTION21.89
2.54-2.650.3714630.4085575X-RAY DIFFRACTION30.58
2.65-2.790.3986990.4093889X-RAY DIFFRACTION47.59
2.79-2.970.38091700.35231530X-RAY DIFFRACTION81.46
2.97-3.20.30872100.32751892X-RAY DIFFRACTION99.76
3.2-3.520.30792100.29691891X-RAY DIFFRACTION99.95
3.52-4.020.28082120.23721916X-RAY DIFFRACTION99.95
4.02-5.060.20982170.19011956X-RAY DIFFRACTION99.91
5.06-25.620.24542270.22012056X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.833701866161.223397481150.857672625728.89378413515-0.2612595713355.40356833558-0.201622632019-0.089377733272-0.8065652127250.08777871338350.2365521772260.5987640920230.503393977947-0.0126354140499-0.00324831037980.367704452320.05680847792940.06432581693820.288309233447-0.1409958004010.549830229503-52.8346235179-20.1295540466-4.60426532496
23.62448634121-1.732084920230.8429147069624.9266604465-0.4788150076235.48199584014-0.1644940441340.4046303950330.140333360553-0.5494266443130.2630161635210.321095025482-1.02540226799-0.246196434814-0.1980921820610.76641269773-0.0115547374891-0.05313640892780.402932932732-0.1173741677750.399772512473-54.64567498050.780358664405-13.3215485962
33.72038223812-1.414293461490.891619042747.77004368606-1.267893811565.382556670.04000287343070.247195353118-0.266253961472-0.6276737219950.245976696398-0.267626180934-0.04785721718880.629984055502-0.2266402540640.39734529438-0.0288190310251-0.004839654395570.377246348788-0.2173548049070.374541119268-48.394121575-6.53361055556-10.5066860751
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 92 through 157 )92 - 1571 - 66
22chain 'A' and (resid 158 through 207 )158 - 20767 - 114
33chain 'A' and (resid 208 through 298 )208 - 298115 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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