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- PDB-7nb0: Structure of the DNA-binding domain of SEPALLATA 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nb0
タイトルStructure of the DNA-binding domain of SEPALLATA 3
要素Developmental protein SEPALLATA 3
キーワードPLANT PROTEIN / Transcription factor / MADS family / DNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


specification of floral organ number / mucilage extrusion from seed coat / specification of floral organ identity / seed coat development / plant ovule development / flower development / cell fate specification / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity ...specification of floral organ number / mucilage extrusion from seed coat / specification of floral organ identity / seed coat development / plant ovule development / flower development / cell fate specification / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, K-box / K-box region / K-box domain profile. / : / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS
類似検索 - ドメイン・相同性
Developmental protein SEPALLATA 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zubieta, C. / Nanao, M.H.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE92-0023 フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG)13317 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The intervening domain is required for DNA-binding and functional identity of plant MADS transcription factors.
著者: Lai, X. / Vega-Leon, R. / Hugouvieux, V. / Blanc-Mathieu, R. / van der Wal, F. / Lucas, J. / Silva, C.S. / Jourdain, A. / Muino, J.M. / Nanao, M.H. / Immink, R. / Kaufmann, K. / Parcy, F. / ...著者: Lai, X. / Vega-Leon, R. / Hugouvieux, V. / Blanc-Mathieu, R. / van der Wal, F. / Lucas, J. / Silva, C.S. / Jourdain, A. / Muino, J.M. / Nanao, M.H. / Immink, R. / Kaufmann, K. / Parcy, F. / Smaczniak, C. / Zubieta, C.
履歴
登録2021年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Developmental protein SEPALLATA 3
B: Developmental protein SEPALLATA 3
C: Developmental protein SEPALLATA 3
D: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4154
ポリマ－26,4154
非ポリマー00
水1,18966
1
A: Developmental protein SEPALLATA 3
C: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2072
ポリマ－13,2072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area6800 Å2
手法PISA
2
B: Developmental protein SEPALLATA 3
D: Developmental protein SEPALLATA 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2072
ポリマ－13,2072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.404, 67.436, 122.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-120-

HOH

21B-115-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Developmental protein SEPALLATA 3 / Agamous-like MADS-box protein AGL9


分子量: 6603.718 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SEP3, AGL9, At1g24260, F3I6.19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22456
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: potassium sodium tartrate tetrahydrate (0.2M), bis-tris propane (0.1M, pH 7.5) and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48 Å / Num. obs: 16555 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 1188 / CC1/2: 0.564 / Rrim(I) all: 1.3 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KOV

3kov


解像度: 2.1→47.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 13.161 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23592 1651 10 %RANDOM
Rwork0.20351 ---
obs0.20683 14874 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0 Å20 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1814 0 0 66 1880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9272445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0482.9384160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6615221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.37422.09981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26315371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5781520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5373.326894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.523.324893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7164.9651113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7154.9661114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0933.669938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0933.669938
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7775.3611333
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.00338.1842062
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.9538.0952057
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 115 -
Rwork0.328 1069 -
obs--95.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22430.1155-0.75485.09971.51375.5102-0.1275-0.04840.0328-0.02230.3561-0.2017-0.21590.1949-0.22860.18650.0640.01720.0795-0.02090.01659.96712.5277.036
24.52190.6782.0742.4166-0.34755.57460.3337-0.1448-0.25190.018-0.1675-0.01490.2079-0.315-0.16620.25530.0595-0.00220.05750.01880.02221.228-10.05423.583
33.2303-0.21780.22055.01751.4324.9216-0.1076-0.08140.0752-0.07860.22930.1547-0.3066-0.1856-0.12180.23290.09580.01960.11520.00720.01743.13915.5996.474
45.2071-0.16852.45242.7650.51714.94290.1467-0.19140.2207-0.078-0.15360.0035-0.1835-0.3940.00690.30610.09030.01390.0610.00650.022118.146-2.8824.066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3C19 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4D19 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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