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- PDB-7naf: State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-M... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7naf
タイトルState E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-MTD local model
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 5
  • (60S ribosome ...) x 2
  • 25S rRNA
  • 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase
  • 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Nuclear GTP-binding protein NUG1
  • Nucleolar complex protein 2
  • Ribosomal RNA-processing protein 17
  • Ribosome biogenesis protein RLP24
  • UPF0642 protein YBL028C
キーワードRIBOSOME / ribosome biogenesis / DEAD-box ATPases / methyltransferase / nucleolus
機能・相同性
機能・相同性情報


25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / positive regulation of ATP-dependent activity ...25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / protein transport / ATPase binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain ...Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381 / : / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Domain of unknown function DUF2423 / YBL028C ribosome biogenesis factor, N-terminal domain / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Guanine nucleotide-binding protein-like 3, N-terminal domain / GNL3L/Grn1 putative GTPase / : / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL3 / 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase / UPF0642 protein YBL028C / Nucleolar complex protein 2 ...S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL3 / 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase / UPF0642 protein YBL028C / Nucleolar complex protein 2 / Nuclear GTP-binding protein NUG1 / 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Eukaryotic translation initiation factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Cruz, V.E. / Sekulski, K. / Peddada, N. / Erzberger, J.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135617-01 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
Robert A. Welch FoundationI-1897 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Sequence-specific remodeling of a topologically complex RNP substrate by Spb4.
著者: Victor Emmanuel Cruz / Kamil Sekulski / Nagesh Peddada / Carolin Sailer / Sahana Balasubramanian / Christine S Weirich / Florian Stengel / Jan P Erzberger /
要旨: DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular ...DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular roles, most notably in driving large-scale RNA remodeling steps during the assembly of ribonucleoproteins (RNPs). We describe cryo-EM structures of 60S ribosomal biogenesis intermediates that reveal how context-specific RNA unwinding by the DEAD-box ATPase Spb4 results in extensive, sequence-specific remodeling of rRNA secondary structure. Multiple cis and trans interactions stabilize Spb4 in a post-catalytic, high-energy intermediate that drives the organization of the three-way junction at the base of rRNA domain IV. This mechanism explains how limited strand separation by DEAD-box ATPases is leveraged to provide non-equilibrium directionality and ensure efficient and accurate RNP assembly.
履歴
登録2021年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 25S rRNA
5: Ribosomal RNA-processing protein 17
8: Nucleolar complex protein 2
V: 60S ribosomal protein L23-A
u: Ribosome biogenesis protein RLP24
w: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase
b: 60S ribosome biogenesis factor Nog1
d: 60S ribosomal protein L31-A
U: 60S ribosomal protein L22-A
R: 60S ribosome ribosomal protein L19A
c: 60S ribosomal protein L30
B: 60S ribosomal protein L3
z: UPF0642 protein YBL028C
s: Nuclear GTP-binding protein NUG1
y: Eukaryotic translation initiation factor 6
q: 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,69117
ポリマ－311,30716
非ポリマー3841
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area52520 Å2
ΔGint-359 kcal/mol
Surface area118940 Å2

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 1

#1: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 121655.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741

-
タンパク質 , 4種, 4分子 5uwy

#2: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 17


分子量: 13077.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#5: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 7786.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q07915
#6: タンパク質 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase / 2'-O-ribose RNA methyltransferase SPB1 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1 / S-adenosyl- ...2'-O-ribose RNA methyltransferase SPB1 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / Suppressor of PAB1 protein 1


分子量: 45405.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
参照: UniProt: P25582, 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase
#15: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12522

-
タンパク質・ペプチド , 4種, 4分子 8zsq

#3: タンパク質・ペプチド Nucleolar complex protein 2


分子量: 4749.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P39744
#13: タンパク質・ペプチド UPF0642 protein YBL028C


分子量: 646.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P38202
#14: タンパク質・ペプチド Nuclear GTP-binding protein NUG1 / Nuclear GTPase 1


分子量: 977.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40010
#16: タンパク質・ペプチド 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase / Nucleolar protein 2


分子量: 3821.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
参照: UniProt: P40991, 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase

-
60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 VdUcB

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14218.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX41
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 7025.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C2H8
#9: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L22-A


分子量: 2350.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#11: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L30


分子量: 4390.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 42452.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P14126

-
60S ribosome ... , 2種, 2分子 bR

#7: タンパク質 60S ribosome biogenesis factor Nog1


分子量: 8783.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase
#10: タンパク質 60S ribosome ribosomal protein L19A


分子量: 7490.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#17: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMBis-Tris-PropaneCH2[CH2NHC(CH2OH)3]21
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
310 mMMagnesium ChlorideMgCl21
41 mMTCEPC9H15O6PHCl1
50.01 % (w/v)NP-401
試料濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.05 sec. / 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4523

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 825096
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 54.46 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002319938
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.458928556
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03263503
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00312221
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.19145902

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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