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- PDB-7n9x: CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n9x
タイトルCA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions
要素
  • (Nanobody) x 3
  • Capsid protein
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / hexamer / nanobody / CypA / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / viral process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / viral nucleocapsid / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / host cell cytoplasm / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / virion membrane / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) ...Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag polyprotein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.511 Å
データ登録者Gerber, E.E. / Digianantonio, K.M. / Tripler, T.N. / Smaga, S.S. / Summers, B.J. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50GM082251 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F32 GM131426 01A1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions
著者: Gerber, E.E. / Digianantonio, K.M. / Tripler, T.N. / Smaga, S.S. / Summers, B.J. / Xiong, Y.
履歴
登録2021年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: Capsid protein
CCC: Capsid protein
AAA: Capsid protein
FFF: Nanobody
EEE: Nanobody
DDD: Nanobody
GGG: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
HHH: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
III: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,5119
ポリマ－164,5119
非ポリマー00
水00
1
BBB: Capsid protein
CCC: Capsid protein
AAA: Capsid protein
FFF: Nanobody
EEE: Nanobody
DDD: Nanobody
GGG: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
HHH: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
III: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

BBB: Capsid protein
CCC: Capsid protein
AAA: Capsid protein
FFF: Nanobody
EEE: Nanobody
DDD: Nanobody
GGG: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
HHH: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
III: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 329 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,02318
ポリマ－329,02318
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.950, 137.850, 313.832
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11BBB
21CCC
32BBB
42AAA
53CCC
63AAA
74FFF
84EEE
95FFF
105DDD
116EEE
126DDD
137GGG
147HHH
158GGG
168III
179HHH
189III

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROCYSCYSBBBA1 - 2181 - 218
221PROPROCYSCYSCCCB1 - 2181 - 218
332PROPROGLNGLNBBBA1 - 2191 - 219
442PROPROGLNGLNAAAC1 - 2191 - 219
553PROPROCYSCYSCCCB1 - 2181 - 218
663PROPROCYSCYSAAAC1 - 2181 - 218
774ASPASPTHRTHRFFFD1 - 1101 - 113
884ASPASPTHRTHREEEE1 - 1101 - 111
995VALVALVALVALFFFD2 - 1112 - 114
10105VALVALVALVALDDDF2 - 1111 - 113
11116VALVALTHRTHREEEE2 - 1102 - 111
12126VALVALTHRTHRDDDF2 - 1101 - 112
13137ASNASNLEULEUGGGG3 - 1643 - 164
14147ASNASNLEULEUHHHH3 - 1643 - 164
15158METMETGLUGLUGGGG1 - 1651 - 165
16168METMETGLUGLUIIII1 - 1651 - 165
17179ASNASNLEULEUHHHH3 - 1643 - 164
18189ASNASNLEULEUIIII3 - 1643 - 164

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12
7Local NCS retraints between domains: 13 14
8Local NCS retraints between domains: 15 16
9Local NCS retraints between domains: 17 18

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 24542.164 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 133-354 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 抗体 Nanobody


分子量: 12373.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 Nanobody


分子量: 12116.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 抗体 Nanobody


分子量: 12284.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.8, 15% PEG3350, 200 mM sodium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0711 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0711 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 33153 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.216 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 109451
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.5-3.563.31.17916760.380.7481.4051.01298.7
3.56-3.633.31.01416820.4570.6451.211.0298.4
3.63-3.693.30.91616870.4040.58211.05898.9
3.69-3.773.30.77716540.6330.4910.9260.97298
3.77-3.853.30.78216750.6580.4940.9310.99997.2
3.85-3.943.10.60316470.690.390.7241.15796.3
3.94-4.043.10.51316390.7780.3270.6131.00595.2
4.04-4.153.10.40914710.8690.2520.4850.96486.4
4.15-4.273.30.34716650.8990.2140.410.96997.7
4.27-4.413.40.27916830.930.1720.331.0499.1
4.41-4.573.40.22317100.9550.1370.2630.99698.6
4.57-4.753.40.19116770.970.1180.2261.02397.7
4.75-4.973.30.17117000.9760.1070.2030.97597.9
4.97-5.233.20.18516510.9640.1180.2210.96795.9
5.23-5.553.20.16715060.9680.1030.1981.00287.2
5.55-5.983.50.1617100.9680.0980.1891.0197.6
5.98-6.583.50.11916850.9830.0730.1411.02197.6
6.58-7.533.30.08316860.9890.0520.0991.08995.6
7.53-9.483.30.05116140.9950.0310.060.89990.4
9.48-503.30.04517350.9960.0270.0530.93193.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 5O2U & 3H47

5o2u

3h47


解像度: 3.511→49.581 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 97.604 / SU ML: 0.616 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.593 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 1668 5.033 %
Rwork0.2449 31474 -
all0.246 --
obs-33142 94.389 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 180.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å2-0 Å2
2--2.014 Å20 Å2
3----2.414 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.511→49.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11458 0 0 0 11458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01211689
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.0940.0115267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.63915797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.00851475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.92622.687588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.578151984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9191570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.25166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.28133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3140.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.390.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.21810.2275938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.90415.3247401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.57510.2835750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.72115.2928396
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it19.575195.14447452
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1580.056265
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1580.056305
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1520.056307
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.1940.052874
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.2310.052716
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.220.052690
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_70.180.054376
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_80.1960.054483
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_90.1840.054400
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.158240.05006
12CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.158240.05006
23BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.157580.05006
24AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.157580.05006
35CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.151990.05006
36AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.151990.05006
47FFFX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.194480.05006
48EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.194480.05006
59FFFX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.231190.05005
510DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.231190.05005
611EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.220440.05005
612DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.220440.05005
713GGGX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.179810.05007
714HHHX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.179810.05007
815GGGX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.196380.05007
816IIIX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.196380.05007
917HHHX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.184360.05007
918IIIX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.184360.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.511-3.6020.359900.35519110.35525380.5310.5378.84160.351
3.602-3.70.3731340.35123010.35224740.6240.63298.42360.347
3.7-3.8070.3561240.31222820.31424490.7040.71598.24420.306
3.807-3.9230.341030.32121690.32223370.7710.76597.21870.306
3.923-4.0510.3291030.27920920.28222950.7980.83495.64270.265
4.051-4.1920.25900.26118410.26121980.8810.88187.85260.239
4.192-4.3490.2761260.24119740.24321370.8770.89198.26860.221
4.349-4.5250.269970.22719350.22920500.9130.90799.12190.203
4.525-4.7250.253950.21618440.21819780.9010.91898.02830.191
4.725-4.9530.243900.20417790.20619160.9170.92797.5470.182
4.953-5.2180.274860.22216690.22518120.8970.90696.85430.193
5.218-5.5310.342810.26214110.26617050.8280.88187.50730.225
5.531-5.9070.282640.25815020.25916200.830.87896.66670.225
5.907-6.3730.303780.24813920.25115080.890.90797.48010.211
6.373-6.970.247610.25513000.25514020.9010.90897.07560.233
6.97-7.7730.256680.23111230.23312650.9210.92294.15020.22
7.773-8.9390.229530.189460.18211430.9470.95787.40160.187
8.939-10.8610.195530.1638990.1659790.9660.96997.24210.178
10.861-15.0040.209470.1846910.1857840.9580.96494.13270.203
15.004-49.5810.197250.2744130.2685010.970.93887.42510.326
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40980.33930.14510.8341-0.63041.8346-0.0074-0.2698-0.0101-0.157-0.0435-0.10710.2185-0.03370.05080.9030.01110.15450.95360.12760.793660.43243.36640.9131
25.6617-2.1672-1.17066.2437-0.40135.39370.2974-0.5725-0.27040.224-0.03310.4526-0.23570.1626-0.26420.5118-0.19690.33641.04750.20430.717732.484348.146364.1631
31.841-0.61340.06490.7290.03881.8666-0.122-0.0986-0.15610.0014-0.07010.02220.2198-0.22560.19210.7431-0.08330.1051.1193-0.01930.803340.129759.20340.7232
42.6273-0.2054-1.44326.12511.57141.4695-0.1617-0.0945-0.26650.01430.1742-0.0268-0.1322-0.4466-0.01260.59780.23690.06991.2374-0.14240.628929.849785.878563.7466
50.7386-0.17990.28062.29610.30643.6956-0.1131-0.1154-0.0342-0.1018-0.1097-0.04-0.2559-0.20150.22280.66280.05940.00021.0938-0.19270.781443.638284.810640.8524
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73.9545-0.0358-1.62293.9301-1.71574.67860.471-0.2270.2698-0.132-0.27640.4698-0.75780.7475-0.19451.1008-0.399-0.33930.7812-0.18210.544783.1609122.448968.8116
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91.55571.18531.74140.94181.10183.89580.2134-0.68121.02440.1959-0.44980.980.002-0.66660.23640.08370.02670.37111.036-0.28121.94926.847354.668564.7761
100.40650.0682-1.40850.4532-0.32236.5672-0.5694-0.2050.06310.12210.1730.2611.59780.84160.39641.48950.41440.25960.5170.13820.660370.897916.991616.6553
111.0471-0.62670.13810.75411.24897.7742-0.0611-0.23820.56320.224-0.218-0.32582.0937-1.5630.2791.1923-0.76790.14681.1464-0.20170.345523.366136.797716.4156
120.5411.053-0.8462.4411-0.5917.127-0.0211-0.0141-0.15530.1261-0.1566-0.5305-0.2159-1.97630.17770.41960.4145-0.14861.9671-0.23020.300915.675889.030816.6355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA1 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA146 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3ALLBBB1 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB146 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5ALLCCC1 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6ALLCCC146 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7ALLFFF1 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8ALLEEE1 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9ALLDDD2 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10ALLGGG1 - 165
11X-RAY DIFFRACTION11ALLHHH3 - 165
12X-RAY DIFFRACTION12ALLIII1 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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