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- PDB-7n9i: 1.4A Structure of Drosophila melanogaster Frataxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n9i
タイトル1.4A Structure of Drosophila melanogaster Frataxin
要素Frataxin homolog, mitochondrial
キーワードMETAL TRANSPORT / Oxidoreductase / FREIDREICH'S ATAXIA / IRON TRANSPORT / MITOCHONDRIAL / DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ecdysteroid biosynthetic process / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Complex III assembly / positive regulation of heart contraction / iron chaperone activity / steroid biosynthetic process / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / positive regulation of oxidative phosphorylation / response to iron ion ...positive regulation of ecdysteroid biosynthetic process / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Complex III assembly / positive regulation of heart contraction / iron chaperone activity / steroid biosynthetic process / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / positive regulation of oxidative phosphorylation / response to iron ion / heme biosynthetic process / iron-sulfur cluster assembly / axonal transport of mitochondrion / ferroxidase / ferroxidase activity / lipid catabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / axon cytoplasm / ferric iron binding / adult locomotory behavior / determination of adult lifespan / response to hydrogen peroxide / ferrous iron binding / iron ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Frataxin / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Frataxin homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Stemmler, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01DK068139 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Drosophila melanogaster frataxin: protein crystal and predicted solution structure with identification of the iron-binding regions.
著者: Rodrigues, A.V. / Batelu, S. / Hinton, T.V. / Rotondo, J. / Thompson, L. / Brunzelle, J.S. / Stemmler, T.L.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frataxin homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0382
ポリマ－20,9421
非ポリマー961
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.904, 38.506, 46.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

21A-409-

HOH

31A-410-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Frataxin homolog, mitochondrial / Dfh


分子量: 20941.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: fh, CG8971 / プラスミド: pET 101/D-TOPO vector DNA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9W385, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1:1 ratio of 7.2 mg/mL protein with 0.1M Citric Acid, pH5.0 and 1.6M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日 / 詳細: Be Lens
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→37.11 Å / Num. obs: 21840 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 13.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.405→1.441 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Num. unique obs: 1293 / % possible all: 83.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EKG

1ekg


解像度: 1.4→37.11 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1804 1118 5.12 %
Rwork0.1617 --
obs0.1627 21835 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→37.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数975 0 5 129 1109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7671505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.955159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.470.28371210.26112378X-RAY DIFFRACTION88
1.47-1.550.22681470.21752556X-RAY DIFFRACTION96
1.55-1.640.23111490.18092581X-RAY DIFFRACTION97
1.64-1.770.2031210.17082636X-RAY DIFFRACTION97
1.77-1.950.1931200.15752647X-RAY DIFFRACTION98
1.95-2.230.17161620.14472621X-RAY DIFFRACTION97
2.23-2.810.17761570.15242631X-RAY DIFFRACTION97
2.81-37.110.15651410.15292667X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.79552.20891.39275.3645-0.59952.27150.1253-0.0555-0.35960.2222-0.1157-0.29340.12820.4962-0.0080.2908-0.02570.05010.6851-0.05210.401521.178818.383615.2568
23.63140.0723-0.81363.65192.36745.4874-0.0741-0.0522-0.0840.194-0.05460.06760.1744-0.15310.10360.064-0.0079-0.00990.0694-0.00640.093125.26847.59711.2186
37.46893.4557-4.84647.4383-0.99178.2566-0.08670.5628-0.07380.10850.65-0.2628-0.0677-0.0336-0.45260.5843-0.01670.04430.5985-0.14360.476231.14862.167-18.2757
42.71690.4107-1.03083.68610.14533.51140.01130.3487-0.2131-0.2556-0.0648-0.09010.25570.25830.0710.10390.0267-0.0060.1432-0.01220.101736.93318.4261-7.4926
53.8303-1.04-1.11161.555-0.26012.22540.048-0.03520.19420.0360.02830.0413-0.10460.0147-0.06850.09030.001-0.00930.0387-0.0020.094128.251318.78493.2701
65.01955.21773.59355.77865.01227.5822-0.28410.15650.10870.48480.4043-0.01220.03810.4757-0.12150.26610.0406-0.03430.22540.00160.318428.37529.0506-0.1386
75.566-0.7317-2.57412.19222.27226.7490.03720.59970.1648-0.1423-0.0989-0.0435-0.1904-0.11340.03820.13050.0287-0.02060.17750.03910.117426.672817.764-10.4375
83.5366-0.0934-3.13032.27210.56777.3701-0.07430.6086-0.1308-0.3868-0.0920.22250.0087-0.46540.19060.1550.0147-0.04880.2376-0.01420.142620.581412.1281-9.2266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 66:69)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 70:92)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 93:98)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 99:123)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 124:157)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 158:161)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 162:176)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 177:190)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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