[日本語] English
万見
- PDB-7n99: SDE2 SAP domain apo structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n99
タイトルSDE2 SAP domain apo structure
要素Isoform 2 of Replication stress response regulator SDE2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SAP Domain / SDE2 / Replication stress response regulator / ssDNA binding protein / apo
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA cis splicing, via spliceosome / snoRNA binding / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / protein processing / cellular response to UV / DNA replication / damaged DNA binding / protein ubiquitination ...endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA cis splicing, via spliceosome / snoRNA binding / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / protein processing / cellular response to UV / DNA replication / damaged DNA binding / protein ubiquitination / nuclear speck / cell division / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Vertebrate Splicing regulator sde2, N-terminal ubiquitin domain / : / Splicing regulator sde2, C-terminal / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing regulator SDE2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Paung, Y. / Weinheimer, A.S. / Rageul, J. / Khan, A. / Ho, B. / Tong, M. / Alphonse, S. / Seeliger, M.A. / Kim, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
American Cancer Society 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Extended DNA-binding interfaces beyond the canonical SAP domain contribute to the function of replication stress regulator SDE2 at DNA replication forks.
著者: Weinheimer, A.S. / Paung, Y. / Rageul, J. / Khan, A. / Lo, N. / Ho, B. / Tong, M. / Alphonse, S. / Seeliger, M.A. / Kim, H.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Replication stress response regulator SDE2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2951
ポリマ－8,2951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Replication stress response regulator SDE2


分子量: 8294.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDE2, C1orf55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IQ49

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13DHNCACO
131isotropic13D HN(CO)CA
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HN(COCA)CB
171isotropic23D C(CO)NH
181isotropic13D 1H-15N TOCSY
191isotropic12D 1H-13C HSQC
1101isotropic22D 1H-15N HSQC
1111isotropic23D 1H-15N NOESY
1121isotropic23D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] SDE2-DNA Binding protein, 90% H2O/10% D2O
詳細: Buffer condition: 0.05 M Na/K pH 6.5, 0.05 M NaCl, 1 mM DTT
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 300 uM / 構成要素: SDE2-DNA Binding protein / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: NMR_condition / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8502

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRFAM-SPARKYWoongHe, Leeデータ解析
PONDEROSAWoonghe, Leestructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
I-PINELee, Bahrami, Dashti, Eghbalnia, Tonelli, Westler and Markleychemical shift assignment
ARIAFabrice Allain, Fabien Mareuil, Herve Menager, Michael Nilges, Benjamin Bardiaux精密化
NMRFAM-SPARKYWoonghee, Leepeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る