+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n8y | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Oxidized PheRS G318W from Salmonella enterica serovar Typhimurium | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / LIGASE / synthetase / tRNA-binding protein / tetrameric / oxidized | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||||||||
![]() | Srinivas, P. / Dunham, C.M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Oxidation alters the architecture of the phenylalanyl-tRNA synthetase editing domain to confer hyperaccuracy. 著者: Pooja Srinivas / Rebecca E Steiner / Ian J Pavelich / Ricardo Guerrero-Ferreira / Puneet Juneja / Michael Ibba / Christine M Dunham / ![]() 要旨: High fidelity during protein synthesis is accomplished by aminoacyl-tRNA synthetases (aaRSs). These enzymes ligate an amino acid to a cognate tRNA and have proofreading and editing capabilities that ...High fidelity during protein synthesis is accomplished by aminoacyl-tRNA synthetases (aaRSs). These enzymes ligate an amino acid to a cognate tRNA and have proofreading and editing capabilities that ensure high fidelity. Phenylalanyl-tRNA synthetase (PheRS) preferentially ligates a phenylalanine to a tRNAPhe over the chemically similar tyrosine, which differs from phenylalanine by a single hydroxyl group. In bacteria that undergo exposure to oxidative stress such as Salmonella enterica serovar Typhimurium, tyrosine isomer levels increase due to phenylalanine oxidation. Several residues are oxidized in PheRS and contribute to hyperactive editing, including against mischarged Tyr-tRNAPhe, despite these oxidized residues not being directly implicated in PheRS activity. Here, we solve a 3.6 Å cryo-electron microscopy structure of oxidized S. Typhimurium PheRS. We find that oxidation results in widespread structural rearrangements in the β-subunit editing domain and enlargement of its editing domain. Oxidization also enlarges the phenylalanyl-adenylate binding pocket but to a lesser extent. Together, these changes likely explain why oxidation leads to hyperaccurate editing and decreased misincorporation of tyrosine. Taken together, these results help increase our understanding of the survival of S. Typhimurium during human infection. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 488.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 377.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36799.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pheS / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 87484.883 Da / 分子数: 2 / Mutation: G318W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pheT / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: apo-PheRS tetramer structure / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 64.67 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 204902 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|