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- PDB-7n7v: Crystal structure of TtnM, a Fe(II)-alpha-ketoglutarate-dependent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n7v
タイトルCrystal structure of TtnM, a Fe(II)-alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylase from the tautomycetin biosynthesis pathway in Streptomyces griseochromogenes at 2 A.
要素Predicted hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fe(II)-alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylase / tautomycetin / Structural Genomics / PSI-Biology / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性: / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / oxidoreductase activity / metal ion binding / : / Predicted hydroxylase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces griseochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Han, L. / Xu, W. / Ma, M. / Miller, M.D. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01-GM098248 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA217255 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of TtnM, a Fe(II)-alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylase from the tautomycetin biosynthesis pathway in Streptomyces griseochromogenes.
著者: Yang, D. / Yan, W. / Li, G. / Han, L. / Lui, Y.-C. / Ma, M. / Meng, S. / Xie, G. / Xu, W. / Miller, M.D. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted hydroxylase
B: Predicted hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3487
ポリマ－83,1292
非ポリマー2185
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration supports that TtnM runs as a dimer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.570, 84.516, 168.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 98 or resid 100...
21(chain B and (resid 4 through 98 or resid 100...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNASNASN(chain A and (resid 4 through 98 or resid 100...AA4 - 9840 - 134
12SERSERARGARG(chain A and (resid 4 through 98 or resid 100...AA100 - 138136 - 174
13ALAALAILEILE(chain A and (resid 4 through 98 or resid 100...AA140 - 208176 - 244
14ARGARGALAALA(chain A and (resid 4 through 98 or resid 100...AA210 - 268246 - 304
15GLYGLYALAALA(chain A and (resid 4 through 98 or resid 100...AA277 - 339313 - 375
16FE2FE2CLCL(chain A and (resid 4 through 98 or resid 100...AC - D401 - 402
21GLNGLNASNASN(chain B and (resid 4 through 98 or resid 100...BB4 - 9840 - 134
22SERSERARGARG(chain B and (resid 4 through 98 or resid 100...BB100 - 138136 - 174
23ALAALAILEILE(chain B and (resid 4 through 98 or resid 100...BB140 - 208176 - 244
24ARGARGALAALA(chain B and (resid 4 through 98 or resid 100...BB210 - 339246 - 375
25FE2FE2CLCL(chain B and (resid 4 through 98 or resid 100...BF - G401 - 402

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要素

#1: タンパク質 Predicted hydroxylase


分子量: 41564.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: from cosmid pBS13036
由来: (組換発現) Streptomyces griseochromogenes (バクテリア)
遺伝子: ttnM / プラスミド: pBS13039
詳細 (発現宿主): ttnM gene cloned into HindIII and EcoRI sites of pET28a(+)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C6ZCS6
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1743.35
2
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 31-ID10.9793
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.9794
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX225HE1CCD2015年7月22日
RAYONIX MX-3002CCD2015年11月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97941
反射解像度: 1.99→48.45 Å / Num. obs: 99754 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.029 % / Biso Wilson estimate: 40.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.803 / Net I/σ(I): 11.77
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.99-2.115.1671.5571.176970.5341.73295.6
2.11-2.267.361.0282.3875280.8581.105100
2.26-2.447.4780.6093.8170700.9430.654100
2.44-2.677.4730.3486.165330.9750.374100
2.67-2.997.4780.17210.6459210.9930.185100
2.99-3.457.4410.08419.5752350.9980.09100
3.45-4.227.3360.05529.6944980.9970.06100
4.22-5.967.1810.0535.2735150.9970.055100
5.96-48.456.5510.04436.2420040.9980.04896.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSOct 15, 2015データ削減
XDSデータスケーリング
RESOLVEモデル構築
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoSol1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→48.45 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 4277 4.53 %Random
Rwork0.1869 90193 --
obs0.1886 94470 98.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.36 Å2 / Biso mean: 55.796 Å2 / Biso min: 22.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4957 0 5 255 5217
Biso mean--46.63 47.52 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6236961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.77661935
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3018X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.639
12B3018X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.639
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.99-2.020.3849840.40962222230672
2.02-2.040.43161370.401830273164100
2.04-2.060.44021400.361830543194100
2.06-2.090.37641260.374230563182100
2.09-2.120.44481320.322330723204100
2.12-2.150.30531470.317430353182100
2.15-2.180.28141430.295430123155100
2.18-2.210.31041440.285630303174100
2.21-2.240.31061430.26730223165100
2.24-2.280.29211470.269530673214100
2.28-2.320.35981460.25830103156100
2.32-2.360.28711440.238430173161100
2.36-2.410.28731490.238530913240100
2.41-2.460.27421450.218129763121100
2.46-2.510.29871500.230830433193100
2.51-2.570.31411470.227730433190100
2.57-2.630.24711470.214930343181100
2.63-2.70.22151480.211930303178100
2.7-2.780.27121450.204630483193100
2.78-2.870.22551500.190130283178100
2.87-2.980.25641470.187330833230100
2.98-3.10.2171400.187830153155100
3.1-3.240.26451440.183930103154100
3.24-3.410.23361490.177830653214100
3.41-3.620.16461520.163430443196100
3.62-3.90.17891480.145430343182100
3.9-4.290.16621470.134930293176100
4.29-4.910.15371450.126430273172100
4.91-6.180.22541430.141830423185100
6.19-48.450.16631480.16652927307596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0840.48572.14972.33820.23954.2066-0.21970.3841-0.5212-0.39940.1135-0.00050.537-0.0125-0.01470.4572-0.06090.05020.3346-0.04780.463510.652-17.753372.6268
22.30030.32170.10572.8454-0.38794.78670.0349-0.0299-0.22240.0096-0.1858-0.10860.3559-0.00890.14010.2320.0203-0.00060.3201-0.06660.334718.2523-7.484680.0097
30.5928-0.0964-0.14834.6813-4.22744.9673-0.05150.14850.0885-0.01510.24170.2521-0.2847-0.6353-0.26440.3380.0237-0.0460.4442-0.09410.3327.66284.139869.4222
42.20410.0041.84222.2251-0.08898.5935-0.20120.22510.19090.1007-0.1498-0.1145-0.91290.44520.33450.558-0.0606-0.04850.34760.01140.383120.346116.611670.1049
54.7232.26692.834.08510.53716.1805-0.2215-0.06270.48320.2159-0.0126-0.0124-1.1256-0.15630.23170.72580.140.0110.3905-0.05790.405913.615522.368172.8522
61.08620.64690.49933.1396-1.12973.4909-0.04970.13750.01780.08430.070.1216-0.2049-0.2803-0.06690.33840.0451-0.00280.3789-0.060.325712.80731.168673.0648
73.1036-1.69462.25716.1409-2.6896.62480.06250.39820.1394-0.1588-0.4264-0.50760.04850.90040.26950.2703-0.0815-0.0380.4968-0.00320.435430.56746.32376.4264
84.9711-1.2544-2.06864.9845-0.27422.7019-0.0295-0.5424-0.51820.0247-0.1221-0.53140.69011.52340.31070.35090.112-0.02310.6209-0.00220.539233.8006-5.81780.2314
90.6822-1.2385-0.52684.6818-0.22450.94330.6375-0.2311-0.90290.46710.3244-0.46371.85830.3504-0.84690.79920.1185-0.0090.38020.0470.437112.4418-14.37925.0269
102.11070.16721.03172.02860.85625.70290.0159-0.0614-0.07760.07860.021-0.08640.59760.031-0.04530.3868-0.00880.04060.30090.04210.29438.1303-2.83823.5275
110.8321-0.21820.01224.5624.42946.5656-0.1685-0.0980.04640.11670.303-0.1619-0.01190.9325-0.22690.40910.041-0.01430.50040.04870.34719.50676.147534.3773
124.62760.20632.27823.1961-1.49516.3621-0.2475-0.05750.50070.0452-0.08010.0584-0.8053-0.22360.29110.53970.052-0.00590.3413-0.01460.33787.331819.951436.6765
135.9417-2.02642.70442.5058-0.95386.1403-0.20870.19730.3197-0.0809-0.11090.0203-1.20630.54310.38510.751-0.1355-0.0340.35710.03750.419614.327225.610334.6275
141.9087-0.0998-0.00882.38611.19747.0384-0.073-0.0379-0.0820.0380.1034-0.19220.15910.4849-0.07810.3743-0.00950.00160.35290.050.347413.60974.574831.469
154.23610.00073.02799.31263.24376.2182-0.0426-0.31540.27130.2024-0.42170.5751-0.5894-0.95640.41580.29590.09840.00210.5238-0.01950.41-3.345511.280428.826
166.2647-1.5352-4.09312.19951.23862.9344-0.16540.2443-0.4142-0.1841-0.22760.93150.5769-1.67340.44250.4318-0.0758-0.00230.6103-0.05130.447-7.2279-0.009423.2894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 27 )A-3 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 28 through 131) or (resid 401) )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 132 through 162 )A132 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 207 )A163 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 208 through 239 )A208 - 239
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 240 through 297 )A240 - 297
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 298 through 319 )A298 - 319
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 320 through 339 )A320 - 339
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 4 through 27 )B4 - 27
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and ((resid 28 through 131 ) or (resid 401) )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 132 through 162 )B132 - 162
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 163 through 207 )B163 - 207
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 208 through 239 )B208 - 239
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 240 through 297 )B240 - 297
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 298 through 319 )B298 - 319
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 320 through 339 )B320 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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