PDB-7n6f: Co-complex CYP46A1 with compound 3f

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n6f

タイトル

Co-complex CYP46A1 with compound 3f

要素

Cholesterol 24-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cyp46a1 / ch24h / sbdd / drug discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Lane, W. / Gay, S.C.

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design and synthesis of aryl-piperidine derivatives as potent and selective PET tracers for cholesterol 24-hydroxylase (CH24H)
著者: Ikeda, S. / Kajita, Y. / Miyamoto, M. / Matsumiya, K. / Ishii, T. / Nishi, T. / Gay, S.C. / Lane, W. / Constantinescu, C.C. / Alagille, D. / Papin, C. / Tamagnan, G. / Kuroita, T. / Koike, T.

履歴

登録	2021年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n6f.cif.gz	122.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n6f.ent.gz	87.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7n6f_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n6f_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7n6f_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	7n6f_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/7n6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/7n6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lrlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cholesterol 24-hydroxylase

ヘテロ分子

56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.943, 63.585, 123.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Cholesterol 24-hydroxylase / CH24H / Cholesterol 24-monooxygenase / Cholesterol 24S-hydroxylase / Cytochrome P450 46A1 分子量: 54434.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP46A1, CYP46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6A2, cholesterol 24-hydroxylase

-
非ポリマー , 5種, 322分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-0I1 / (3-fluoroazetidin-1-yl){1-[4-(4-fluorophenyl)pyrimidin-5-yl]piperidin-4-yl}methanone 分子量: 358.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀F₂N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4M CaCl2, 10-20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 81954 / % possible obs: 90.42 % / 冗長度: 6.4 % / R_pim(I) all: 0.02 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 31.95
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 5294 / CC_1/2: 0.869 / R_pim(I) all: 0.227 / R_sym value: 0.521 / % possible all: 55.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LRL

7lrl

解像度: 1.4→30.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 0.948 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1847	4097	4.999 %
R_work	0.1597	77857	-
all	0.161	-	-
obs	-	81954	90.42 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.014 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3511	0	109	312	3932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.903	1.685	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.526	1.596	8680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.781	5	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.817	20.766	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.974	15	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.219	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.178	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.75	1.733	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.736	1.732	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.525	2.598	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.527	2.598	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.947	2.101	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.947	2.102	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.523	2.993	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.522	2.995	2977
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.803	20.941	4465
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.803	20.95	4466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.247	197	0.24	3606	X-RAY DIFFRACTION	57.1193
1.436-1.476	0.259	239	0.225	4280	X-RAY DIFFRACTION	70.2581
1.476-1.518	0.23	263	0.204	5213	X-RAY DIFFRACTION	86.9068
1.518-1.565	0.2	263	0.182	5143	X-RAY DIFFRACTION	88.856
1.565-1.616	0.191	279	0.171	5085	X-RAY DIFFRACTION	90.4858
1.616-1.673	0.2	270	0.169	5038	X-RAY DIFFRACTION	92.4739
1.673-1.736	0.174	267	0.159	4911	X-RAY DIFFRACTION	93.8554
1.736-1.807	0.18	238	0.161	4855	X-RAY DIFFRACTION	95.2853
1.807-1.887	0.181	248	0.15	4712	X-RAY DIFFRACTION	96.9507
1.887-1.979	0.169	246	0.148	4513	X-RAY DIFFRACTION	97.0234
1.979-2.086	0.178	198	0.149	4390	X-RAY DIFFRACTION	98.118
2.086-2.213	0.184	183	0.144	4171	X-RAY DIFFRACTION	97.9528
2.213-2.365	0.17	213	0.141	3901	X-RAY DIFFRACTION	98.5625
2.365-2.554	0.188	199	0.146	3658	X-RAY DIFFRACTION	98.8974
2.554-2.797	0.196	180	0.161	3391	X-RAY DIFFRACTION	99.222
2.797-3.127	0.187	185	0.163	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.4798
3.127-3.608	0.164	135	0.157	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.3176
3.608-4.415	0.161	131	0.146	2329	X-RAY DIFFRACTION	98.994
4.415-6.223	0.192	113	0.159	1828	X-RAY DIFFRACTION	98.7284
6.223-30.8	0.234	50	0.209	991	X-RAY DIFFRACTION	89.3562

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関連情報:EMDBヘッダ

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