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- PDB-7n5b: Structure of AtAtm3 in the outward-facing conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n5b
タイトルStructure of AtAtm3 in the outward-facing conformation
要素ABC transporter B family member 25, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chlorophyll biosynthetic process / chloroplast organization / pollen development / root development / regulation of catalytic activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / chloroplast envelope / plastid / chromosome organization / ABC-type transporter activity ...regulation of chlorophyll biosynthetic process / chloroplast organization / pollen development / root development / regulation of catalytic activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / chloroplast envelope / plastid / chromosome organization / ABC-type transporter activity / response to cadmium ion / chloroplast / response to lead ion / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / VANADATE ION / ABC transporter B family member 25, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Fan, C. / Rees, D.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Glutathione binding to the plant Atm3 transporter and implications for the conformational coupling of ABC transporters.
著者: Chengcheng Fan / Douglas C Rees /
要旨: The ATP binding cassette (ABC) transporter of mitochondria (Atm) from (Atm3) has been implicated in the maturation of cytosolic iron-sulfur proteins and heavy metal detoxification, plausibly by ...The ATP binding cassette (ABC) transporter of mitochondria (Atm) from (Atm3) has been implicated in the maturation of cytosolic iron-sulfur proteins and heavy metal detoxification, plausibly by exporting glutathione derivatives. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined four structures of Atm3 in three different conformational states: two inward-facing conformations (with and without bound oxidized glutathione [GSSG]), together with closed and outward-facing states stabilized by MgADP-VO. These structures not only provide a structural framework for defining the alternating access transport cycle, but also reveal the paucity of cysteine residues in the glutathione binding site that could potentially form inhibitory mixed disulfides with GSSG. Despite extensive efforts, we were unable to prepare the ternary complex of Atm3 containing both GSSG and MgATP. A survey of structurally characterized type IV ABC transporters that includes Atm3 establishes that while nucleotides are found associated with all conformational states, they are effectively required to stabilize occluded, closed, and outward-facing conformations. In contrast, transport substrates have only been observed associated with inward-facing conformations. The absence of structures with dimerized nucleotide binding domains containing both nucleotide and transport substrate suggests that this form of the ternary complex exists only transiently during the transport cycle.
履歴
登録2021年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter B family member 25, mitochondrial
B: ABC transporter B family member 25, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,7208
ポリマ－163,5872
非ポリマー1,1336
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16650 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area52600 Å2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALASERA1 - 580
d_12ens_1ADPADPB
d_13ens_1VO4VO4C
d_21ens_1ALASERE1 - 580
d_22ens_1ADPADPF
d_23ens_1VO4VO4G

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999999273962, -0.000577624153425, 0.0010575569843), (0.000576318905846, -0.999999072427, -0.00123409919246), (0.00105826884884, -0.00123348880637, 0.999998679285) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999999273962, -0.000577624153425, 0.0010575569843), (0.000576318905846, -0.999999072427, -0.00123409919246), (0.00105826884884, -0.00123348880637, 0.999998679285)
ベクター: 256.521969469, 256.51432311, 0.0583788752338)

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter B family member 25, mitochondrial / ABC transporter ABCB.25 / AtABCB25 / ABC transporter of the mitochondrion 3 / AtATM3 / Iron-sulfur ...ABC transporter ABCB.25 / AtABCB25 / ABC transporter of the mitochondrion 3 / AtATM3 / Iron-sulfur clusters transporter ATM3 / Protein STARIK 1


分子量: 81793.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ABCB25, ATM3, STA1, At5g58270, MCK7.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LVM1
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AtAtm3 in detergent / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.14 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mMTris1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.7 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5631

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.15粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC2.15CTF補正
7PHENIX1.19モデルフィッティング
9PHENIX1.19モデル精密化
10cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.15分類
13cryoSPARC2.15３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1675302
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103161 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 49 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6PAR

6par


PDB chain-ID: A / Accession code: 6PAR / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 49.11 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00179280
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.469412556
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0351458
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00211584
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.09941278
Refine LS restraints NCSタイプ: NCS constraints / Rms dev position: 0.000703132306772 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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