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万見
- PDB-7n45: Solution NMR structure of the N-terminal globular domain of the e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n45
タイトルSolution NMR structure of the N-terminal globular domain of the endemic HKU1 coronavirus nucleocapsid protein
要素Nucleoprotein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Nucleocapsid / N-terminal domain / RNA binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Coronavirus nucleocapsid
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human coronavirus HKU1 (ウイルス)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Caruso, I.P. / Marques, A.L. / Santana-Silva, M.C. / Almeida, F.C.L. / Amorim, G.C.
資金援助 ブラジル, 5件
組織認可番号国
Fundacao Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)255940 ブラジル
Fundacao Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)239016 ブラジル
Fundacao Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)239229 ブラジル
Fundacao Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)248462 ブラジル
Fundacao Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)34567 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of the N-terminal globular domain of the endemic HKU1 coronavirus nucleocapsid protein.
著者: Caruso, I.P. / Marques, A.L. / Santana-Silva, M.C. / Almeida, F.C.L. / Amorim, G.C.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4721
ポリマ－15,4721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 150000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 15471.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus HKU1 (ウイルス)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: U3NAH8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D HNCA
151isotropic23D HN(CA)CB
181isotropic23D CBCA(CO)NH
171isotropic23D HNCO
161isotropic23D HN(CA)CO
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY (H)CCH
1111isotropic23D (H)CCH-TOCSY (H)CCH
1101isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1121isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1131isotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 250 uM [U-13C; U-15N] Nucleocapsid protein NTD, 50 mM sodium phosphate, 3 mM sodium azide, 3 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 500 uM PMSF, 95% H2O/5% D2O
Label: 15N-13C_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
250 uMNucleocapsid protein NTD[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
3 mMsodium azidenatural abundance1
3 mMEDTAnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
500 uMPMSFnatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150000 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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