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- PDB-7n29: Structure of NAD kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n29
タイトルStructure of NAD kinase
要素NAD kinase 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / NAD / ATP / kinase / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / Nicotinate metabolism / NAD+ metabolic process / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
NAD kinase 2, mitochondrial / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD kinase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Du, J. / Estrella, M.A. / Jeffrey, P.D. / Korennykh, A.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM110161 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structure of human NADK2 reveals atypical assembly and regulation of NAD kinases from animal mitochondria.
著者: Du, J. / Estrella, M. / Solorio-Kirpichyan, K. / Jeffrey, P.D. / Korennykh, A.
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD kinase 2, mitochondrial
B: NAD kinase 2, mitochondrial
C: NAD kinase 2, mitochondrial
D: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,9038
ポリマ－181,2504
非ポリマー2,6544
水3,639202
1
A: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9524
ポリマ－90,6252
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
2
B: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子

C: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9524
ポリマ－90,6252
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
3
D: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子

D: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9524
ポリマ－90,6252
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area4340 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area29580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.129, 185.115, 188.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...
21(CHAIN B AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...
31(CHAIN C AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...
41(CHAIN D AND (RESID 58 THROUGH 85 OR RESID 108 THROUGH 342 OR RESID 352 THROUGH 441 OR RESID 545))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A58
121(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A266
131(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A288
141(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A0
151(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A57 - 442
161(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A57 - 442
171(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A57 - 442
181(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A57 - 442
191(CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 241 OR RESID 266...A57 - 442
211(CHAIN B AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...B58
221(CHAIN B AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...B108
231(CHAIN B AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...B56 - 441
241(CHAIN B AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...B56 - 441
251(CHAIN B AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...B56 - 441
261(CHAIN B AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...B56 - 441
311(CHAIN C AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...C58
321(CHAIN C AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...C108
331(CHAIN C AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...C58 - 441
341(CHAIN C AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...C58 - 441
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361(CHAIN C AND (RESID 58 THROUGH 85 OR (RESID 108...C58 - 441
411(CHAIN D AND (RESID 58 THROUGH 85 OR RESID 108 THROUGH 342 OR RESID 352 THROUGH 441 OR RESID 545))D58
421(CHAIN D AND (RESID 58 THROUGH 85 OR RESID 108 THROUGH 342 OR RESID 352 THROUGH 441 OR RESID 545))D108
431(CHAIN D AND (RESID 58 THROUGH 85 OR RESID 108 THROUGH 342 OR RESID 352 THROUGH 441 OR RESID 545))D352
441(CHAIN D AND (RESID 58 THROUGH 85 OR RESID 108 THROUGH 342 OR RESID 352 THROUGH 441 OR RESID 545))D545

-
要素

#1: タンパク質
NAD kinase 2, mitochondrial / Mitochondrial NAD kinase / NAD kinase domain-containing protein 1 / mitochondrial


分子量: 45312.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NADK2, C5orf33, MNADK, NADKD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4G0N4, NAD+ kinase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Magnesium Chloride, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.79 Å / Num. obs: 42223 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 591288 / Scaling rejects: 1
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.909 / Num. measured all: 64868 / Num. unique obs: 4427 / CC1/2: 0.932 / Rpim(I) all: 0.245 / Rrim(I) all: 0.942 / Net I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
SHELXCD位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.79 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2021 4.79 %
Rwork0.191 40156 -
obs0.193 42177 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 230.84 Å2 / Biso mean: 53.4 Å2 / Biso min: 13.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10490 0 176 202 10868
Biso mean--51.85 40.15 -
残基数----1340
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A6112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B6112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
13C6112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
14D6112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8-2.870.26291220.194428622984
2.87-2.950.29851420.19428342976
2.95-3.030.26671340.198328552989
3.03-3.130.25831420.187428352977
3.13-3.240.25691270.195928442971
3.24-3.370.25341340.184628642998
3.37-3.530.26441530.178128202973
3.53-3.710.23941400.169428733013
3.71-3.940.22861530.167628392992
3.94-4.250.24051460.166728553001
4.25-4.670.20711580.147228673025
4.67-5.350.23121790.170828503029
5.35-6.720.23771360.222529413077
6.73-29.790.29841550.265930173172
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9105-0.7825-1.24425.91881.35635.8079-0.42280.0858-0.45050.01040.17450.811.32210.56950.24970.8833-0.00150.14080.41580.0320.382444.9099-6.76230.4821
22.27970.9224-0.94551.7341-0.6284.1846-0.1264-0.4522-0.20580.0659-0.03090.02910.73260.17530.11470.4720.09580.0390.2707-0.03580.260248.46562.653328.9056
32.6137-0.6513-0.37082.98540.08744.62390.0450.3081-0.0483-0.1217-0.11230.2782-0.2838-0.24080.0680.1823-0.0069-0.02840.1561-0.04250.210250.033410.13565.5653
44.1871-1.9683-1.51294.96512.37292.5981-0.2388-0.0015-0.4049-0.11270.2327-0.76290.61551.51840.15510.32090.18150.12850.81770.00520.612776.6906-3.65423.3029
52.7155-0.61-0.36732.60660.17864.94390.00540.10620.2112-0.0825-0.09430.0074-0.38180.14690.07610.2519-0.02090.00560.1256-0.0280.266553.021612.338510.1382
64.53860.9439-0.68964.01150.05385.5444-0.06950.12520.1889-0.37530.3681-0.3453-0.06890.4157-0.17540.2084-0.03030.01010.3824-0.03590.255781.740745.552712.1325
71.8424-0.35030.28371.254-0.28313.1379-0.0230.1659-0.0273-0.20140.06940.1117-0.025-0.0654-0.04950.1544-0.06570.00390.20850.03090.271164.106243.4168-2.6749
83.5888-0.1801-0.18116.8557-2.36935.81390.0070.24090.6192-1.17290.1741-0.0240.0996-0.1462-0.14640.47280.0303-0.02510.72430.05760.297624.926456.180940.3626
92.6697-0.2147-0.84336.9612-0.26075.8830.2499-0.08950.4148-0.2201-0.16050.2353-0.6641-0.1351-0.07470.30620.0539-0.04510.60240.03730.246523.889451.808744.7145
102.32960.5005-0.07242.0243-0.65372.91750.1385-0.0139-0.1267-0.2758-0.1915-0.3470.22460.56980.01240.32160.16560.03640.40720.07420.313229.977437.718324.3385
111.7458-1.1861.64155.72280.28967.8497-0.2191-0.78320.0744-0.3654-0.19990.45160.2173-1.07870.27510.3437-0.07540.04660.61360.09710.3583-0.958533.51716.3446
121.62750.4554-0.27531.1093-0.17563.3258-0.010.011-0.1745-0.2584-0.1319-0.3160.5590.55010.11640.35860.19450.0420.45740.07240.347329.259234.953425.0574
136.95432.39340.35642.2045-0.43071.5711-0.3624-0.0687-0.4098-0.3923-0.0671-0.33790.30810.54670.40970.35110.15210.09090.40350.07690.284656.898988.460717.6206
142.0779-0.1850.4221.90471.22451.74610.17330.36240.0431-0.72590.34910.03640.24230.3255-0.22550.64230.2346-0.12510.49740.06560.167148.698588.338410.54
151.65261.5750.09322.10120.11091.2747-0.08860.7946-0.586-0.31190.21630.0170.0585-0.11380.0623-0.00630.02770.21290.3106-0.10880.524262.653985.837620.2652
160.54491.29440.43683.15240.58842.5708-0.47680.48860.0173-0.40940.02460.5542-0.3979-0.27210.0850.3414-0.0943-0.05850.46810.10370.440156.085599.367412.7749
171.54751.2588-1.9232.6219-1.42812.5949-0.13310.0249-0.0738-0.07520.5172-0.20270.43290.3003-0.33070.16960.05390.00280.4-0.18190.577165.14188.645234.1017
180.3063-0.37070.22520.85840.01240.37220.1983-0.5403-0.22910.41050.32130.23540.3471-1.094-0.20720.251-0.06850.12140.88570.03220.58561.210494.572352.361
191.0562-0.8638-0.34670.79110.51461.2273-0.0870.0826-0.6143-0.01690.1683-0.08430.36110.58240.0683-0.21580.24460.2217-0.02440.01610.420549.5527111.201641.8224
200.8449-0.48351.9232.74270.86387.0003-0.50140.22240.0413-0.1940.23550.33680.1705-0.48170.1650.0832-0.10670.00050.10370.02420.628160.3714102.643841.8021
211.24041.1081-2.66492.7383-3.57226.5224-0.47140.2387-0.50420.26790.0787-0.11270.10440.1440.38270.32060.14010.00990.819-0.19980.447262.515393.51149.8178
222.71093.1217-2.44563.9169-4.27198.5781-0.1233-0.2379-0.6788-0.06220.0208-0.250.1660.0880.10730.22210.04170.05750.3534-0.02990.656264.395890.761836.6378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 57 THROUGH 132 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 133 THROUGH 228 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 229 THROUGH 327 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 328 THROUGH 364 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 365 THROUGH 442 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 56 THROUGH 195 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 196 THROUGH 441 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 58 THROUGH 107 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 108 THROUGH 211 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 212 THROUGH 327 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 328 THROUGH 364 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 365 THROUGH 441 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'D' AND (RESID 58 THROUGH 107 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 108 THROUGH 132 )D0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 133 THROUGH 182 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESID 183 THROUGH 211 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'D' AND (RESID 212 THROUGH 276 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'D' AND (RESID 277 THROUGH 305 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 306 THROUGH 364 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 365 THROUGH 391 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 392 THROUGH 407 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 408 THROUGH 442 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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