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- PDB-7n08: Crystal structure of the 3D6 antibody fragment bound to the HIV-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n08
タイトルCrystal structure of the 3D6 antibody fragment bound to the HIV-1 gp41 immunodominant region
要素
  • Fab 3D6 heavy chain
  • Fab 3D6 light chain
  • HIV-1 gp41 immunodominant region
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / anti-HIV / gp41
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cook, J.D. / Lee, J.E.
資金援助 カナダ, 5件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-115066 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-173301 カナダ
Ontario Early Researcher AwardsER-13-09-116 カナダ
Canada Research Chairs950-231672 カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Conformational plasticity of the HIV-1 gp41 immunodominant region is recognized by multiple non-neutralizing antibodies.
著者: Cook, J.D. / Khondker, A. / Lee, J.E.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: HIV-1 gp41 immunodominant region
H: Fab 3D6 heavy chain
F: HIV-1 gp41 immunodominant region
E: HIV-1 gp41 immunodominant region
L: Fab 3D6 light chain
B: Fab 3D6 light chain
A: Fab 3D6 heavy chain
D: Fab 3D6 light chain
C: Fab 3D6 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,5349
ポリマ－154,5349
非ポリマー00
水21,8521213
1
G: HIV-1 gp41 immunodominant region
D: Fab 3D6 light chain
C: Fab 3D6 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5113
ポリマ－51,5113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
2
H: Fab 3D6 heavy chain
F: HIV-1 gp41 immunodominant region
L: Fab 3D6 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5113
ポリマ－51,5113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
3
E: HIV-1 gp41 immunodominant region
B: Fab 3D6 light chain
A: Fab 3D6 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5113
ポリマ－51,5113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.825, 77.825, 218.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド HIV-1 gp41 immunodominant region


分子量: 1590.798 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
#2: 抗体 Fab 3D6 heavy chain


分子量: 26649.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab 3D6 light chain


分子量: 23270.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 20% (w/v) PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 0.59 mM n-undecyl-beta-D-maltoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.492 Å / Num. obs: 98127 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.75 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0320.668977648710.5510.6130.9091.598.6
10.95-42.492.10.02211825530.9980.0190.02925.890.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7N07

7n07


解像度: 2→42.492 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 2017 2.06 %
Rwork0.1654 96035 -
obs0.1662 98052 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.4 Å2 / Biso mean: 32.2365 Å2 / Biso min: 7.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→42.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10254 0 0 1213 11467
Biso mean---34.71 -
残基数----1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09514391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9793736
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0001-2.05010.28981440.2538692199
2.0501-2.10550.28791450.2377686998
2.1055-2.16750.25291460.2222692699
2.1675-2.23740.28031330.2201687599
2.2374-2.31740.26241420.2066685898
2.3174-2.41020.26441400.1983689799
2.4102-2.51980.23421490.1886696599
2.5198-2.65270.22841440.1823688399
2.6527-2.81880.21021470.1723687798
2.8188-3.03640.221480.1666688098
3.0364-3.34190.19611380.158683297
3.3419-3.82520.1661440.1354671996
3.8252-4.81830.14121520.1146679897
4.8183-42.4920.17671450.1449673596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.752-0.102-3.83721.1923-0.49384.33360.2708-0.4221-0.3762-0.2968-0.3222-0.028-0.00880.57250.09590.30480.0589-0.01860.26450.05340.248754.033-108.86136.393
24.46811.78664.46352.04712.07026.76860.18850.1169-0.18260.0579-0.0579-0.11730.63780.2397-0.1610.20580.05450.03430.17860.00890.209656.776-73.301-22.118
31.5321-0.27261.10530.7113-0.30754.3542-0.0459-0.00080.0147-0.00110.01210.0188-0.0533-0.04590.04110.1605-0.0011-0.00060.16210.01020.196753.744-64.984-24.032
40.58590.1661-1.14821.8608-0.77314.806-0.2134-0.2551-0.17410.0944-0.0081-0.00810.20960.25890.2340.1409-0.0223-0.03310.1491-0.01490.18448.583-71.08412.834
53.29981.5015-1.92111.0482-1.34394.0175-0.01140.09990.0141-0.04190.02480.06980.1002-0.0594-0.02250.1592-0.00640.0010.1422-0.010.166644.739-74.2519.009
62.32530.6417-3.31542.15950.28126.9503-0.1907-0.0766-0.16340.10670.0114-0.02350.50460.18580.19450.10960.0121-0.01460.19290.02940.212245-79.13417.293
72.99574.39844.12836.47836.37059.6396-0.05240.10480.07340.03980.20130.0435-0.15350.2756-0.09240.17390.02250.00350.27270.05640.235550.691-60.773-39.007
84.3935-3.1646-3.57726.95924.75256.48740.07060.11940.3185-0.15260.28130.0095-0.0412-0.4653-0.340.244-0.0096-0.04920.23550.06670.230174.039-74.371-67.011
92.17353.7565-2.1076.6403-2.85865.823-0.0083-0.4568-0.0065-0.0156-0.23290.0208-0.11-0.09380.23650.15990.0915-0.01460.25-0.05070.239531.655-56.423-14.533
103.02290.2626-0.31362.0276-1.02673.1959-0.09130.20250.1095-0.08290.11270.1588-0.0003-0.3255-0.02580.13780.0182-0.03070.24660.0020.223534.87-60.946-24.147
110.29860.08830.10060.2276-0.12912.14290.03350.01020.0274-0.0022-0.00310.0679-0.0393-0.3346-0.05450.1787-0.0019-0.00120.2163-0.0030.265636.453-62.899-5.859
128.05150.67175.94350.36970.65745.74140.06960.4469-0.03650-0.02520.0966-0.140.0552-0.03640.2077-0.02960.05130.21560.01690.231138.828-60.78711.307
132.88092.71844.16586.9346.62897.6675-0.03610.10280.11890.0879-0.0712-0.0287-0.0525-0.04720.07440.2703-0.05040.03180.23990.04450.249945.645-55.32512.979
144.64350.26982.59551.71360.59414.5423-0.13140.11480.16750.1026-0.00710.0876-0.2145-0.21040.12740.1661-0.01610.04450.14330.02920.178739.431-60.78713.062
159.5741-3.71236.75186.9504-3.64328.54710.1872-0.4588-0.68410.4739-0.02690.24680.0609-0.5793-0.11380.2912-0.06650.07770.234-0.00040.278840.57-60.58825.966
162.3445-0.65720.7735.3414-1.22863.99410.2196-0.3155-0.160.5339-0.10020.51050.1735-0.60410.07480.2561-0.11250.01930.337-0.00140.248363.997-88.857-40.959
171.5377-0.06650.56983.9304-1.643.9720.08740.0569-0.1858-0.21320.00250.17040.4327-0.342-0.10090.2103-0.0575-0.01380.207-0.02370.202167.825-88.599-50.924
180.3405-0.04120.64460.32920.16472.39720.1359-0.0582-0.0641-0.0171-0.0328-0.01420.3981-0.1993-0.10520.2005-0.0337-0.0030.17150.01160.268774.104-87.426-31.153
190.1847-0.1374-0.08574.81944.29797.2025-0.00630.04460.0436-0.10790.0480.2271-0.0924-0.4365-0.02070.21120.009-0.03570.25580.06850.280272.934-81.826-15.126
202.52622.7612.68053.66023.07732.9119-0.0661-0.04190.0918-0.3050.13410.0422-0.0872-0.0721-0.11330.30860.0142-0.0110.26290.05140.238778.278-83.56-16.575
212.931-0.7649-0.15950.6091-1.05932.9796-0.2624-0.06730.09080.0499-0.17380.59580.463-0.8740.42180.1959-0.06610.04930.45270.00750.339767.796-85.489-10.113
225.16021.12073.17567.57242.80899.2699-0.1874-0.5398-0.29320.30170.4424-0.3480.3351-0.2223-0.22540.3010.13270.0620.42320.02910.278875.822-83.153-1.427
233.5547-2.8257-1.53794.42141.44824.30220.0991-0.28580.01250.2122-0.0312-0.4703-0.1210.2919-0.14420.2036-0.0966-0.04110.29230.0290.259690.872-73.513-45.427
242.15360.41240.5141.3619-0.12644.7028-0.0467-0.0986-0.02010.0802-0.0387-0.0994-0.25440.12310.07220.1701-0.0123-0.02150.1352-0.00290.194882.364-74.562-54.232
257.2502-0.3704-3.54713.14521.22267.01160.0996-0.09940.15130.1751-0.22120.0658-0.7004-0.0730.05270.27380.0083-0.0560.1411-0.00670.172283.153-67.035-53.959
261.52580.75511.29281.6560.50724.91060.0112-0.10870.05660.0701-0.0962-0.0726-0.14480.05470.09010.147-0.00060.00710.1699-0.00360.183781.085-75.336-51.907
270.6507-0.67140.65441.9348-1.92926.23730.0509-0.06790.0060.2501-0.00470.0277-0.21540.2905-0.05190.13880.0240.01940.201-0.00170.194887.467-82.097-14.383
281.046-0.31630.78672.2097-1.53872.4121-0.09320.10810.0792-0.08140.0714-0.1970.06450.25680.00160.1863-0.0117-0.00980.2603-0.02150.143988.935-83.722-22.631
290.43730.6605-0.85856.6022-3.11983.244-0.1536-0.0202-0.0012-0.02510.1087-0.05140.16010.13660.0610.19070.0216-0.02350.3125-0.01870.18191.834-88.196-15.703
301.4990.4426-1.89941.8048-2.01246.5172-0.0973-0.119-0.13960.1067-0.0497-0.0477-0.05260.47790.19360.17420.0373-0.06230.33330.00560.264990.446-86.818-6.88
315.6384-1.41715.02410.6847-0.62055.68730.11310.7397-0.3888-0.17090.1299-0.11660.55890.3349-0.08210.4201-0.080.06050.24-0.08370.305339.5-122.29512.697
325.6479-0.27591.87473.1535-1.65234.7467-0.05050.0336-0.20470.1111-0.0311-0.20510.2066-0.03370.07090.202-0.02510.03770.1341-0.02420.160141.769-116.31820.111
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359.2355.3818-2.14283.956-2.31555.0119-0.24020.60440.3778-0.38190.31960.1288-0.44050.0039-0.12390.2313-0.0130.06630.2365-0.00110.223842.693-105.315-22.328
364.53051.0739-1.46950.9073-1.05262.8808-0.0562-0.1242-0.24560.1115-0.1454-0.25760.0150.40840.20640.15210.0077-0.01670.30290.02180.343.732-115.421-13.007
372.28140.9813-1.33852.9873-0.69553.52490.0679-0.0346-0.0263-0.04-0.1548-0.3841-0.1890.22550.03740.1351-0.0077-0.01610.26440.04290.227240.976-114.862-14.073
386.60321.6695-1.33868.8251-5.01783.0730.07270.4350.399-0.6216-0.2406-0.5960.44390.21110.14650.31170.03290.05210.3667-0.04110.277342.064-114.998-26.986
393.828-1.0347-1.00714.6102-0.20026.16280.23910.04490.6918-0.0942-0.0091-0.1594-0.75850.3307-0.2620.261-0.0576-0.06610.15660.02320.217251.06-93.09813.236
403.48140.8058-3.62134.8574-2.65225.35410.0922-0.17580.2230.5420.1167-0.0092-0.75340.0699-0.19050.3121-0.0375-0.0490.2042-0.03670.215147.882-95.39527.561
411.11410.5353-0.08521.301-1.2484.2857-0.08230.00020.06050.00310.0178-0.054-0.05520.24320.08030.19740.0042-0.00370.2089-0.0130.210752.437-102.64421.333
423.79542.01984.02782.45192.00055.5788-0.14260.04570.0978-0.0485-0.0739-0.0534-0.46370.36060.13390.2172-0.07280.01070.26020.02050.185240.654-101.48-16.146
434.4452-0.10191.74791.3768-0.89063.5246-0.0667-0.1556-0.0140.1694-0.0824-0.0394-0.5530.02690.16040.3241-0.0244-0.00940.2142-0.00580.200138.561-99.094-8.135
445.20950.0279-0.38411.4241-0.26870.9177-0.12690.14070.26580.1309-0.09950.0457-0.45020.0440.19580.275-0.0318-0.01870.1645-0.00960.167133.323-98.319-15.611
452.47382.47662.26288.54746.34985.2130.05560.05950.1106-0.1698-0.36450.0628-0.53150.16470.15510.376-0.0146-0.00540.26530.08620.226335.775-100.785-24.614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN G AND RESID 600:610 )G600 - 610
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 2:33 )H2 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 34:109 )H34 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 110:134 )H110 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 135:188 )H135 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 189:221 )H189 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN F AND RESID 600:610 )F600 - 610
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 600:610 )E600 - 610
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 1:18 )L1 - 18
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 19:69 )L19 - 69
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN L AND RESID 70:126 )L70 - 126
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 127:148 )L127 - 148
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 149:161 )L149 - 161
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 162:202 )L162 - 202
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 203:212 )L203 - 212
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 1:18 )B1 - 18
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 19:75 )B19 - 75
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 76:126 )B76 - 126
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 127:161 )B127 - 161
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 162:186 )B162 - 186
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 187:202 )B187 - 202
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN B AND RESID 203:212 )B203 - 212
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN A AND RESID 1:17 )A1 - 17
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN A AND RESID 18:59 )A18 - 59
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN A AND RESID 60:75 )A60 - 75
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN A AND RESID 76:111 )A76 - 111
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN A AND RESID 112:145 )A112 - 145
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN A AND RESID 146:175 )A146 - 175
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN A AND RESID 176:203 )A176 - 203
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN A AND RESID 204:221 )A204 - 221
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN D AND RESID 1:18 )D1 - 18
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN D AND RESID 19:48 )D19 - 48
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN D AND RESID 49:99 )D49 - 99
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN D AND RESID 100:111 )D100 - 111
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN D AND RESID 112:126 )D112 - 126
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN D AND RESID 127:161 )D127 - 161
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN D AND RESID 162:202 )D162 - 202
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN D AND RESID 203:212 )D203 - 212
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN C AND RESID 2:17 )C2 - 17
40X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN C AND RESID 18:33 )C18 - 33
41X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN C AND RESID 34:111 )C34 - 111
42X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN C AND RESID 112:145 )C112 - 145
43X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN C AND RESID 146:175 )C146 - 175
44X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN C AND RESID 176:203 )C176 - 203
45X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN C AND RESID 204:220 )C204 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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