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- PDB-7n02: X-ray crystallographic structure model of Lactococcus lactis prol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n02
タイトルX-ray crystallographic structure model of Lactococcus lactis prolidase mutant D36S
要素Aminopeptidase P family protein
キーワードHYDROLASE / proline-specific / allosteric behaviour / substrate inhibition / dipeptidase / lactic acid bacteria / debittering of fermented foods
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptidase M24 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Xu, S. / Grochulski, P. / Tanaka, T.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-06209-2016 カナダ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2017
タイトル: Crystallographic structure of recombinant Lactococcus lactis prolidase to support proposed structure-function relationships.
著者: Kgosisejo, O. / Chen, J.A. / Grochulski, P. / Tanaka, T.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase P family protein
B: Aminopeptidase P family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1906
ポリマ－79,9712
非ポリマー2204
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.120, 87.270, 119.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aminopeptidase P family protein / M24 family metallopeptidase / Peptidase M24 family protein / Prolidase / Xaa-Pro dipeptidase


分子量: 39985.289 Da / 分子数: 2 / 変異: D36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌)
遺伝子: pepQ, AMHIJAGA_00052, BW151_08640, FNJ58_07375, GTP06_13345
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WBX8, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane, 12-15% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.5215 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5215 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→43.64 Å / Num. obs: 36748 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.47 Å / 冗長度: 6.48 % / Num. unique obs: 3603 / CC1/2: 0.517 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZNG

4zng


解像度: 2.35→43.635 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 1777 5.01 %
Rwork0.2122 33726 -
obs0.2152 35503 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.21 Å2 / Biso mean: 57.6394 Å2 / Biso min: 34.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→43.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5608 0 4 178 5790
Biso mean--52.26 56.28 -
残基数----724
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.35-2.41360.7671790.7253152358
2.4136-2.48460.45771380.4064259898
2.4846-2.56480.41381400.3321264299
2.5648-2.65640.48441390.35922642100
2.6564-2.76280.42821390.317263099
2.7628-2.88850.3021410.26082665100
2.8885-3.04070.32181390.23562653100
3.0407-3.23120.27511420.23942703100
3.2312-3.48060.30111400.22752668100
3.4806-3.83070.25381410.2106268899
3.8307-4.38450.26951430.17882716100
4.3845-5.52230.1771450.14492739100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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