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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mzq
タイトルCrystal structure of the UcaD lectin-binding domain in complex with fucose
要素Fimbrial adhesin UcaD
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / cell adhesion
機能・相同性Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Adhesion domain superfamily / pilus / beta-L-fucopyranose / Fimbrial adhesin
機能・相同性情報
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ve, T. / Lo, A.W. / Schembri, M.A. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Ucl fimbriae regulation and glycan receptor specificity contribute to gut colonisation by extra-intestinal pathogenic Escherichia coli.
著者: Hancock, S.J. / Lo, A.W. / Ve, T. / Day, C.J. / Tan, L. / Mendez, A.A. / Phan, M.D. / Nhu, N.T.K. / Peters, K.M. / Richards, A.C. / Fleming, B.A. / Chang, C. / Ngu, D.H.Y. / Forde, B.M. / ...著者: Hancock, S.J. / Lo, A.W. / Ve, T. / Day, C.J. / Tan, L. / Mendez, A.A. / Phan, M.D. / Nhu, N.T.K. / Peters, K.M. / Richards, A.C. / Fleming, B.A. / Chang, C. / Ngu, D.H.Y. / Forde, B.M. / Haselhorst, T. / Goh, K.G.K. / Beatson, S.A. / Jennings, M.P. / Mulvey, M.A. / Kobe, B. / Schembri, M.A.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fimbrial adhesin UcaD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3638
ポリマ－21,9861
非ポリマー3777
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area8910 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.472, 79.472, 70.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-595-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fimbrial adhesin UcaD


分子量: 21985.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 遺伝子: NCTC10975_02625 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X2BLR9
#2: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate buffer pH 4.5-5.5, 2-3 M NaCl / PH範囲: 4.5-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.74 Å / Num. obs: 34590 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 17.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1653 / CC1/2: 0.895 / Rpim(I) all: 0.187 / Rrim(I) all: 0.694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UcaD

解像度: 1.5→39.74 Å / SU ML: 0.1382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.1504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1761 1999 5.78 %
Rwork0.1626 32588 -
obs0.1634 34587 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1450 0 17 195 1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93612070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4473543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.23191370.19712266X-RAY DIFFRACTION97.01
1.54-1.580.2091400.1692317X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.630.19821460.17082332X-RAY DIFFRACTION99.96
1.63-1.680.18631380.16692298X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.740.23431460.1772349X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.810.20281460.16522311X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.90.19731430.15862335X-RAY DIFFRACTION100
1.9-20.1751410.14742309X-RAY DIFFRACTION100
2-2.120.16151420.15842327X-RAY DIFFRACTION99.96
2.12-2.280.17271420.15532345X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.510.22561450.17782319X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.880.20641410.17772341X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.620.15671440.15942360X-RAY DIFFRACTION99.96
3.63-39.740.14121480.15282379X-RAY DIFFRACTION99.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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