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万見
- PDB-7myv: Plasmodium falciparum HAD5/PMM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7myv
タイトルPlasmodium falciparum HAD5/PMM
要素Phosphomannomutase
キーワードHYDROLASE / phosphomannomutase / HAD Superfamily / Rossmannoid fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of GDP-mannose / phosphomannomutase / phosphomannomutase activity / GDP-mannose biosynthetic process / mannose metabolic process / protein N-linked glycosylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphomannomutase / Phosphomannomutase, cap domain / Eukaryotic phosphomannomutase / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphomannomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Frasse, P.M. / Odom John, A.R. / Goldberg, D.E.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI103280 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI123808 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI130584 米国
Wellcome Trust 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Enzymatic and structural characterization of HAD5, an essential phosphomannomutase of malaria-causing parasites.
著者: Frasse, P.M. / Miller, J.J. / Polino, A.J. / Soleimani, E. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Jez, J.M. / Goldberg, D.E. / Odom John, A.R.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphomannomutase
B: Phosphomannomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8924
ポリマ－57,8442
非ポリマー492
水00
1
A: Phosphomannomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9462
ポリマ－28,9221
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphomannomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9462
ポリマ－28,9221
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.255, 161.255, 109.738
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Phosphomannomutase


分子量: 28921.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1017400 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q8IJM5, phosphomannomutase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2ul drops containing 1:1 mixture of protein (6mg/mL) and crystallization buffer (0.1M bis -tris-propane pH 6.5, 0.1 M calcium acetate, 16% (w/v) PEG 8000, and 2% (v/v) benzamidine hydrochloride)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→40.3164 Å / Num. obs: 11030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 32.1 % / Rsym value: 0.334 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 30.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 543 / Rsym value: 1.43 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CFR

6cfr


解像度: 3.51→40.31 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3071 1096 10 %
Rwork0.2544 9860 -
obs0.2593 10956 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.07 Å2 / Biso mean: 86.4114 Å2 / Biso min: 44.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.51→40.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3947 0 2 0 3949
Biso mean--70.62 --
残基数----477
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.51-3.670.35771360.316112151351100
3.67-3.860.32821300.299511881318100
3.86-4.10.33831350.27812111346100
4.1-4.420.29351360.252812221358100
4.42-4.860.26241360.216912271363100
4.86-5.560.26951380.24412401378100
5.56-70.36921400.288112541394100
7.01-40.310.29591450.22791303144897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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