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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7myd | ||||||
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タイトル | Leishmania major dihydroorotate dehydrogenase in complex with 5-amino-2-(1H-pyrrol-1-yl)benzonitrile | ||||||
要素 | Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (フマル酸) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Leishmania major / neglected tropical disease / dihydroorotate dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (フマル酸) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / fumarate metabolic process / dihydroorotate dehydrogenase activity / ciliary plasm / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / nucleotide binding / 核質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania major (大形リーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Pinheiro, M.P. / Cardoso, I.A. / Hunter, W.N. / Nonato, M.C. | ||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Leishmania major dihydroorotate dehydrogenase in complex with 5-amino-2-(1H-pyrrol-1-yl)benzonitrile 著者: Pinheiro, M.P. / Cardoso, I.A. / Hunter, W.N. / Nonato, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7myd.cif.gz | 254.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7myd.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7myd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7myd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7myd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3gyeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 38245.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: DHODH, LMJF_16_0530 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q4QEW7, ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (フマル酸) |
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-非ポリマー , 5種, 343分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SNQ / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 1.3 M lithium sulfate, 0.30 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.437 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.437 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→35.77 Å / Num. obs: 43015 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6253 / Rsym value: 0.803 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3GYE 解像度: 2.15→35.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.971 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.369 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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