PDB-7myd: Leishmania major dihydroorotate dehydrogenase in complex with 5-a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7myd

タイトル

Leishmania major dihydroorotate dehydrogenase in complex with 5-amino-2-(1H-pyrrol-1-yl)benzonitrile

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Leishmania major / neglected tropical disease / dihydroorotate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / fumarate metabolic process / dihydroorotate dehydrogenase activity / ciliary plasm / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / nucleotide binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Pinheiro, M.P. / Cardoso, I.A. / Hunter, W.N. / Nonato, M.C.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Leishmania major dihydroorotate dehydrogenase in complex with 5-amino-2-(1H-pyrrol-1-yl)benzonitrile
著者: Pinheiro, M.P. / Cardoso, I.A. / Hunter, W.N. / Nonato, M.C.

履歴

登録	2021年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7myd.cif.gz	254.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7myd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7myd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7myd_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7myd_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7myd_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	7myd_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7myd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7myd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gyeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

BBB: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.071, 143.071, 68.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / Dihydroorotate oxidase 分子量: 38245.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: DHODH, LMJF_16_0530 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q4QEW7, dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

#1: タンパク質

Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / Dihydroorotate oxidase

分子量: 38245.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: DHODH, LMJF_16_0530 / プラスミド: pET28A / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q4QEW7, dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

-
非ポリマー , 5種, 343分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SNQ / 5-azanyl-2-pyrrol-1-yl-benzenecarbonitrile 分子量: 183.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₉N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 1.3 M lithium sulfate, 0.30 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.437 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.437 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→35.77 Å / Num. obs: 43015 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.137 / R_sym value: 0.137 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6253 / R_sym value: 0.803 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3GYE

3gye

解像度: 2.15→35.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 4.971 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	2164	5.031 %
R_work	0.1781	40847	-
all	0.18	-	-
obs	-	43011	97.852 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.055 Å²	-0.028 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.055 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4612	0	109	334	5055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4905
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	1.641	6660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.273	1.57	10564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.394	5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.423	22.603	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.042	15	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.64	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	387
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.421	2.729	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.415	2.729	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.217	4.088	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.218	4.088	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.724	2.897	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.723	2.898	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.763	4.273	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.762	4.274	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.964	32.639	5743
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.928	32.586	5721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.206	0.31	197	0.256	2974	X-RAY DIFFRACTION	98.3866
2.206-2.266	0.307	162	0.266	2920	X-RAY DIFFRACTION	97.8723
2.266-2.332	0.229	147	0.217	2851	X-RAY DIFFRACTION	97.846
2.332-2.404	0.277	107	0.211	2826	X-RAY DIFFRACTION	98.7875
2.404-2.483	0.257	148	0.202	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.9662
2.483-2.57	0.24	143	0.185	2574	X-RAY DIFFRACTION	97.5583
2.57-2.667	0.219	138	0.171	2471	X-RAY DIFFRACTION	97.3144
2.667-2.775	0.199	142	0.166	2382	X-RAY DIFFRACTION	97.3015
2.775-2.899	0.234	123	0.178	2315	X-RAY DIFFRACTION	97.559
2.899-3.04	0.215	109	0.172	2213	X-RAY DIFFRACTION	97.0736
3.04-3.204	0.22	111	0.177	2092	X-RAY DIFFRACTION	97.2198
3.204-3.399	0.213	116	0.174	1996	X-RAY DIFFRACTION	97.8231
3.399-3.633	0.182	90	0.171	1889	X-RAY DIFFRACTION	97.4877
3.633-3.924	0.192	86	0.16	1758	X-RAY DIFFRACTION	98.874
3.924-4.298	0.178	84	0.131	1653	X-RAY DIFFRACTION	98.6932
4.298-4.805	0.159	77	0.133	1477	X-RAY DIFFRACTION	99.044
4.805-5.547	0.203	67	0.163	1304	X-RAY DIFFRACTION	98.3501
5.547-6.79	0.238	48	0.183	1122	X-RAY DIFFRACTION	97.7444
6.79-9.588	0.214	46	0.169	857	X-RAY DIFFRACTION	97.5162
9.588-35.77	0.248	23	0.221	480	X-RAY DIFFRACTION	94.3715

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関連情報:EMDBヘッダ

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