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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7my5 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of wild type PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with SJ000988503 | ||||||
要素 | Polymerase acidic protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Hydrolase/Inhibitor / NUCLEASE / INFLUENZA / INHIBITOR RESISTANCE / Hydrolase-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å | ||||||
データ登録者 | Cuypers, M.G. / Slavish, J.P. / Rankovic, Z. / White, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of wild type PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with SJ000988503 著者: Cuypers, M.G. / Slavish, J.P. / Rankovic, Z. / White, S.W. #1: ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Chemical scaffold recycling: Structure-guided conversion of an HIV integrase inhibitor into a potent influenza virus RNA-dependent RNA polymerase inhibitor designed to minimize resistance potential. 著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / ...著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / Min, J. / Webby, R.J. / Rankovic, Z. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7my5.cif.gz | 112.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7my5.ent.gz | 71 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7my5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7my5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7my5_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7my5_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7my5_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7my5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7my5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7lm4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 8||||||||||||
単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23148.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: C3W5S0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 17分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-Y5V / | #4: 化合物 | ChemComp-QQ4 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM MNCL2, 10 MM MGCL2, 0.5% PVP K15 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→74.32 Å / Num. obs: 11227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.025 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.003 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1150 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.443 / Χ2: 0.95 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LM4 解像度: 2.38→66.54 Å / SU ML: 0.3624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0953 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→66.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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