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- PDB-7mxf: CD1c with antigen analogue 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mxf
タイトルCD1c with antigen analogue 2
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1c, T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / lipid / CD1c / antigen-presenting / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding ...glycolipid binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / lysosome / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / MALONIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate / Chem-ZQ4 / T-cell surface glycoprotein CD1b / T-cell surface glycoprotein CD1c / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cao, T.P. / Shahine, A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Rational design of a hydrolysis-resistant mycobacterial phosphoglycolipid antigen presented by CD1c to T cells.
著者: Reijneveld, J.F. / Marino, L. / Cao, T.P. / Cheng, T.Y. / Dam, D. / Shahine, A. / Witte, M.D. / Filippov, D.V. / Suliman, S. / van der Marel, G.A. / Moody, D.B. / Minnaard, A.J. / Rossjohn, J. ...著者: Reijneveld, J.F. / Marino, L. / Cao, T.P. / Cheng, T.Y. / Dam, D. / Shahine, A. / Witte, M.D. / Filippov, D.V. / Suliman, S. / van der Marel, G.A. / Moody, D.B. / Minnaard, A.J. / Rossjohn, J. / Codee, J.D.C. / Van Rhijn, I.
履歴
登録2021年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1c, T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3558
ポリマ－44,6152
非ポリマー1,7406
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.224, 71.363, 100.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1c, T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein


分子量: 31998.793 Da / 分子数: 1 / 変異: N52Q, N57Q, K108G, N128Q, Y242G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1C, CD1B / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29017, UniProt: P29016
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 12616.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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糖 , 1種, 1分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 142分子

#4: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZQ4 / 2,6-anhydro-1-deoxy-1-[(S)-hydroxy{[(4R,8S,12R,16R,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl]oxy}phosphoryl]-D-glycero-D-galacto-heptitol


分子量: 707.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H79O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#7: 化合物 ChemComp-ZP7 / (2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate / 1-O-パルミトイル-L-グリセロ-ル


分子量: 330.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H38O4
#8: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: 100 mM CHES, 1.05 M sodium citrate, 25 mM triglycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9322 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.67 Å / Num. obs: 27417 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02746 / Rpim(I) all: 0.02746 / Rrim(I) all: 0.03883 / Net I/σ(I): 12.26
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3289 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 2711 / CC1/2: 0.779 / CC star: 0.936 / Rpim(I) all: 0.3289 / Rrim(I) all: 0.4651 / % possible all: 99.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7MX4

7mx4


解像度: 2→43.67 Å / SU ML: 0.2224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4862
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1346 4.91 %
Rwork0.2045 26063 -
obs0.2064 27409 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 117 137 3306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00773255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04864401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0587457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.0494475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.070.29641240.26092587X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.150.2841240.24732567X-RAY DIFFRACTION99.96
2.15-2.250.25531630.23442525X-RAY DIFFRACTION99.96
2.25-2.370.31161160.23812603X-RAY DIFFRACTION99.96
2.37-2.520.30761380.24172563X-RAY DIFFRACTION99.96
2.52-2.710.26871320.23572581X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.990.25411300.23162610X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.420.2681400.20122603X-RAY DIFFRACTION99.96
3.42-4.310.21441320.17012657X-RAY DIFFRACTION100
4.31-43.670.19711470.18392767X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.5939469441 Å / Origin y: -17.8764475509 Å / Origin z: 16.728618256 Å
111213212223313233
T0.20810070861 Å20.00380271429469 Å20.0109326865843 Å2-0.232464926942 Å2-0.0132511950215 Å2--0.242850012997 Å2
L0.667652126237 °2-0.228617745936 °20.205900132955 °2-0.900009251517 °2-0.406845672406 °2--0.835256755955 °2
S-0.0480260182577 Å °0.0600243342613 Å °-0.0409846020864 Å °0.0461736219682 Å °-0.0283238728084 Å °-0.0363387976083 Å °0.0257795543129 Å °0.0561474857105 Å °0.0821933696796 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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