PDB-7mx6: Leishmania major dihydroorotate dehydrogenase in complex with [4-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mx6

タイトル

Leishmania major dihydroorotate dehydrogenase in complex with [4-(1H-pyrrol-1-yl)phenyl]methanol

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Leishmania major / neglected tropical disease / dihydroorotate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / fumarate metabolic process / dihydroorotate dehydrogenase activity / ciliary plasm / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / nucleotide binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Pinheiro, M.P. / Hunter, W.N. / Cardoso, I.A. / Nonato, M.C.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Leishmania major dihydroorotate dehydrogenase in complex with [4-(1H-pyrrol-1-yl)phenyl]methanol
著者: Pinheiro, M.P. / Hunter, W.N. / Cardoso, I.A. / Nonato, M.C.

履歴

登録	2021年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mx6.cif.gz	256.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mx6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mx6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mx6_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mx6_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7mx6_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	7mx6_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/7mx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/7mx6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gyeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

BBB: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

ヘテロ分子

71.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.195, 142.195, 68.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / Dihydroorotate oxidase 分子量: 34779.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: DHODH, LMJF_16_0530 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q4QEW7, dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

-
非ポリマー , 5種, 395分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SNU / 4-(1H-pyrrol-1-yl)aniline / 4-(1H-ピロ-ル-1-イル)アニリン分子量: 158.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 1.3 M lithium sulfate, 0.30 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.437 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.437 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35.24 Å / Num. obs: 73441 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 10637 / R_sym value: 0.704 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3GYE

3gye

解像度: 1.8→35.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.106 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1844	3702	5.043 %	5.04
R_work	0.1627	69707	-	-
all	0.164	-	-	-
obs	-	73409	99.969 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.497 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4626	0	128	382	5136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.645	6787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.37	1.572	10782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.061	5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.914	22.655	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.002	15	804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.539	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	4905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.084	2.034	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.076	2.034	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.683	3.043	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.684	3.043	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.588	2.269	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.587	2.26	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.465	3.333	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.465	3.319	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.939	25.088	5877
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.88	24.99	5851

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.332	269	0.289	5096	0.291	5367	0.851	0.87	99.9627	0.282
1.847-1.897	0.228	261	0.228	4990	0.228	5253	0.909	0.911	99.9619	0.214
1.897-1.952	0.217	252	0.198	4885	0.198	5138	0.924	0.93	99.9805	0.178
1.952-2.012	0.205	249	0.184	4686	0.185	4935	0.933	0.94	100	0.163
2.012-2.078	0.209	242	0.17	4590	0.171	4832	0.937	0.95	100	0.15
2.078-2.15	0.189	244	0.162	4413	0.164	4657	0.95	0.957	100	0.142
2.15-2.231	0.177	228	0.156	4253	0.157	4482	0.959	0.962	99.9777	0.137
2.231-2.322	0.181	228	0.148	4138	0.149	4367	0.957	0.965	99.9771	0.129
2.322-2.425	0.162	224	0.147	3910	0.148	4134	0.964	0.967	100	0.128
2.425-2.542	0.171	196	0.145	3804	0.147	4000	0.962	0.967	100	0.127
2.542-2.679	0.177	190	0.144	3589	0.146	3779	0.961	0.969	100	0.128
2.679-2.84	0.176	187	0.147	3411	0.149	3598	0.962	0.969	100	0.133
2.84-3.035	0.182	151	0.154	3232	0.155	3383	0.96	0.965	100	0.14
3.035-3.276	0.183	148	0.155	2995	0.157	3143	0.958	0.965	100	0.146
3.276-3.586	0.178	146	0.149	2758	0.15	2904	0.964	0.97	100	0.146
3.586-4.004	0.171	142	0.146	2481	0.147	2624	0.967	0.973	99.9619	0.147
4.004-4.614	0.142	116	0.139	2234	0.139	2350	0.977	0.977	100	0.147
4.614-5.626	0.177	106	0.17	1880	0.17	1986	0.967	0.97	100	0.178
5.626-7.857	0.217	80	0.201	1485	0.202	1565	0.956	0.954	100	0.202
7.857-35.242	0.203	43	0.2	877	0.2	923	0.945	0.957	99.675	0.229

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