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万見
- PDB-7mwh: Crystal structure of BAZ2A with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mwh
タイトルCrystal structure of BAZ2A with DNA
要素
  • Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*TP*AP*(5CM)P*AP*TP*TP*CP*CP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / MBD / TAM / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression ...NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif ...Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Liu, K. / Dong, A. / Li, Y. / Loppnau, P. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Heliyon / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the BAZ2B TAM domain.
著者: Feng, Y. / Chen, S. / Zhou, M. / Zhang, J. / Min, J. / Liu, K.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
C: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*TP*AP*(5CM)P*AP*TP*TP*CP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,29216
ポリマ－35,2924
非ポリマー012
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.140, 72.140, 259.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / Transcription termination factor I-interacting protein 5 / TTF-I-interacting protein 5 / Tip5 / hWALp3


分子量: 13975.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2A, KIAA0314, TIP5 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3727.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*TP*AP*(5CM)P*AP*TP*TP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3612.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→39.87 Å / Num. obs: 19242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.28-2.3621.31.11918210.8910.2471.119100
8.83-39.8715.50.03443310.0090.03598.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C2I

3c2i


解像度: 2.28→36.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.346 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 940 5.3 %RANDOM
Rwork0.2182 ---
obs0.2197 16945 92.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.99 Å2 / Biso mean: 39.31 Å2 / Biso min: 14.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→36.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1748 487 12 24 2271
Biso mean--27.84 32.63 -
残基数----238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.553321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3341.7814465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2835224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.94719.052116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33715302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.931524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02581
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.336 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.504 14 -
Rwork0.292 1360 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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