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万見
- PDB-7mu9: Solution NMR structure of the XVIPCD region from the T4SS effecto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mu9
タイトルSolution NMR structure of the XVIPCD region from the T4SS effector X-Tfe(XAC2609) from Xanthomonas citri
要素VirD4 interacting protein conserved domain
キーワードTRANSPORT PROTEIN / bacterial toxin / bacterial competition / type IV secretion system / VirD4 binding module
機能・相同性PGBD superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / carboxypeptidase activity / Lysozyme-like domain superfamily / Carboxypeptidase
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Oka, G.U. / Salinas, R.K. / Farah, C.S.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/17303-7 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/09277-9 ブラジル
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural basis for effector recognition by an antibacterial type IV secretion system.
著者: Oka, G.U. / Souza, D.P. / Cenens, W. / Matsuyama, B.Y. / Cardoso, M.V.C. / Oliveira, L.C. / da Silva Lima, F. / Cuccovia, I.M. / Guzzo, C.R. / Salinas, R.K. / Farah, C.S.
履歴
登録2021年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VirD4 interacting protein conserved domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4811
ポリマ－11,4811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 VirD4 interacting protein conserved domain / carboxypeptidase / VIPCD


分子量: 11480.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: XAC2609 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP / 参照: UniProt: Q8PJC6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
191anisotropic13D HN(CA)CB
1101anisotropic13D CBCA(CO)NH
1111anisotropic13D HNCA
1121anisotropic13D HN(CO)CA
1131anisotropic13D HNCO
1141anisotropic1HN(CA)CO
1151isotropic13D-(H)CCH
1161anisotropic13D-H(C)CH
1171anisotropic13D (H)CCH-TOCSY
1181anisotropic13D (H)CCH-TOCSY
1191anisotropic13D 15N NOESY-HSQC
1201anisotropic13D 13C NOESY-HSQC
1211anisotropic12D 1H-1H NOESY
1221anisotropic12D AROMATIC 13C NOESY-HSQC
1231anisotropic13D (D2O) H(C)CH-TOCSY
1241anisotropic13D (D2O) (H)CCH-TOCSY
1251anisotropic13D (D2O) 13C NOESY-HSQC
1261anisotropic13D (D2) 15N NOESY-HSQC
1271anisotropic12D 1H-13C HSQC
1281anisotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] XAC2609(311-411), 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.1 % v/v glycerol, 0.05 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2O
Label: 15N/13C / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMXAC2609(311-411)[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 % v/vglycerolnatural abundance1
0.05 % w/vsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl mM / Label: condition_1 / pH: 8 / PH err: 0.1 / 圧: 1016 mbar / Pressure err: 10 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr Analysis2.3CCPNchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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