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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mss | ||||||
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タイトル | Human E105Qa GTP-specific succinyl-CoA synthetase complexed with succinate, magnesium ion and CoA | ||||||
要素 | (Succinate--CoA ligase ...) x 2 | ||||||
キーワード | LIGASE / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate metabolic process / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / succinyl-CoA catabolic process ...succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate metabolic process / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / succinyl-CoA catabolic process / Citric acid cycle (TCA cycle) / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / GDP binding / mitochondrial matrix / nucleotide binding / protein-containing complex binding / GTP binding / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, J. / Fraser, M.E. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022 タイトル: The structure of succinyl-CoA synthetase bound to the succinyl-phosphate intermediate clarifies the catalytic mechanism of ATP-citrate lyase 著者: Huang, J. / Fraser, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mss.cif.gz | 269.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mss.ent.gz | 216.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mss.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mss_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mss_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7mss_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mss_validation.cif.gz | 40.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/7mss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/7mss | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7msrC 7mstC 5caeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Succinate--CoA ligase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33526.363 Da / 分子数: 1 / 変異: E105Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUCLG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P53597, succinate-CoA ligase (GDP-forming), succinate-CoA ligase (ADP-forming) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42627.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUCLG2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96I99, succinate-CoA ligase (GDP-forming) |
-非ポリマー , 6種, 281分子
#3: 化合物 | ChemComp-COA / | ||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-SIN / | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 22.5% (w/v) PEG3350, 100 mM Ammonium succinate pH 7.5, 100 mM Tris-HCl 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月28日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→56.32 Å / Num. obs: 66677 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30.28 Å2 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 215571 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CAE 解像度: 1.75→53.01 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.84 Å2 / Biso mean: 42.4354 Å2 / Biso min: 18.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→53.01 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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