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- PDB-7msl: Structure of anti-CRISPR AcrIIC4 from Haemophilus parainfluenzae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7msl
タイトルStructure of anti-CRISPR AcrIIC4 from Haemophilus parainfluenzae
要素AcrIIC4
キーワードVIRAL PROTEIN / Anti-CRISPR proteins / AcrIIC4 / a Haemophilus parainfluenzae prophage
機能・相同性IODIDE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Pan, C. / Maxwell, K.L. / Moraes, T.F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-06546 カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural and Mechanistic Insight into CRISPR-Cas9 Inhibition by Anti-CRISPR Protein AcrIIC4 Hpa.
著者: Hwang, S. / Pan, C. / Garcia, B. / Davidson, A.R. / Moraes, T.F. / Maxwell, K.L.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AcrIIC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7124
ポリマ－10,3321
非ポリマー3813
水59433
1
A: AcrIIC4
ヘテロ分子

A: AcrIIC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4258
ポリマ－20,6632
非ポリマー7616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area10780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.450, 82.450, 27.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-233-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AcrIIC4


分子量: 10331.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌)
遺伝子: NCTC10672_00033, NCTC10672_02354 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A377JKY9
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 35% PEG 600, 0.1M NaHPO4/citric acid pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→36.87 Å / Num. obs: 10268 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.55 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.32
反射 シェル解像度: 1.73→1.8 Å / Num. unique obs: 990 / CC1/2: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.73→36.87 Å / SU ML: 0.2102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.2669 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1027 10.01 %
Rwork0.2388 9235 -
obs0.2422 10262 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→36.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数700 0 3 33 736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5361958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0343105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8706447
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.830.36621420.34261281X-RAY DIFFRACTION99.93
1.83-1.940.31171430.29791287X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.090.2741440.23911289X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.30.26591460.21941310X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.630.26181440.20751301X-RAY DIFFRACTION99.93
2.63-3.320.26321490.23791337X-RAY DIFFRACTION100
3.32-36.870.26841590.23391430X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.10030179824-3.25033988178-0.1039612511487.569715267240.90928964680.993998905680.0158176529181-0.08297499594870.007732911538380.1097949470510.1281866724170.363377635534-0.0189401005403-0.0289225651548-0.1373626559280.137128977054-0.01444170622910.007846591363040.177209709165-0.03494083104430.12824174801950.629000562613.8565334718.23527487937
25.92730205848-5.000081375111.2857062254.49960404196-1.223662702830.9912640070320.2568030459630.12579064962-0.631391426821-0.755935036408-0.2422289764940.4502704985390.1704151800420.05430308698960.001767813554480.2061708786280.002603201673270.005932750370480.204303027316-0.02239025158690.19609104946129.016358010356.93348331476.17170003157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:49)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 50:88)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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